Создание регулярных частей Красной армии из краснопартизанских отрядов встречало упорное сопротивление со стороны большинства командиров этих отрядов, зараженных духом анархизма в период их самостоятельных действий. Они выступали против строгой воинской дисциплины, считая дисциплину насилием над волей людей. «Защищая свой ложный авторитет, они противопоставляли себя старшим командирам, не желали никому подчиняться и тем возбуждали дух неповиновения среди бойцов», – писал Буденный.
«В результате вражеской работы скрытых контрреволюционеров и анархического поведения отдельных командиров взбунтовалась Волжская дивизия, созданная из партизанских отрядов рабочих и служащих Волжского пароходства. Дивизия самовольно снялась с фронта и ушла в Дубовку. […] Аналогичный бунт произошел в полку грузолесов. Этот полк, созданный из грузчиков порта и главным образом из рабочих лесосплава, так же как и Волжская дивизия, отказался идти на фронт. Пришлось прибегнуть к силе, чтобы обезоружить бунтовщиков и арестовать предателей».
Эти примеры подтверждали слова председателя cоветского правительства Ульянова (Ленина), что отсутствие единоначалия в военном деле «сплошь и рядом ведет неизбежно к катастрофе, хаосу, панике, многовластию, поражению».
То же происходило и в белых армиях. Генерал Краснов отмечал, что «после февральской революции всю Россию охватило пренебрежение к военной науке. То, что веками считалось непреложными истинами, теперь смело отметалось новаторами военного искусства: Гучковыми, Керенскими, Крыленко и другими, стремившимися демократизировать армию. Стройная система обращалась в хаос, полки заменялись отрядами, партизанство и добровольчество вводилось в систему. Не избежало этого и войско Донское в печальные дни своего развала. Каледину не удалось восстановить старые полки и дивизии, и ему пришлось хвататься за отряды и дружины, за партизан Чернецова и Тихона Краснянского, за гимназические дружины Семилетова, за станичные дружины есаулов Назарова и Бокова. Попутно с ними формировались отряды “Стеньки Разина”, “белого дьявола” и т. п., о чем объявлялось в газетах и распубликовывалось в специальных объявлениях, расклеиваемых по городу».
Ценой огромных усилий и потерь организация регулярной системы войск была создана. Вместе с ней неизбежно возвращались и многие «старые порядки». После недолгого периода «демократизации» вместо самоорганизованных отрядов красногвардейцев были восстановлены иерархическая структура (взвод-рота-батальон-полк-дивизия-армия-фронт) и строгая воинская дисциплина с единоначалием. Хотя и под присмотром комиссаров.
Революционный военный совет республики (РВС), созданный в сентябре 1918 года, завершил централизацию руководства Советскими Вооруженными Силами.
Вместе с образованием Реввоенсовета была возвращена должность Главнокомандующего всеми сухопутными и морскими вооруженными силами страны.
