После большевистской революции он был арестован, но быстро освобожден и вскоре вновь возглавил Артиллерийское управление, а также Управление снабжения РККА.
Во многом именно ему большевики обязаны созданием своей артиллерии и организации системы снабжения армии боеприпасами.
Погиб генерал А.А. Маниковский в январе 1920 года при крушении поезда.
Самым серьезным изменением в армии стала отмена военных священников. Марксистская теория, как известно, провозгласила безбожие (атеизм). Неудивительно, что борьба с «пережитками прошлого», включая религиозное мировоззрение, началась сразу же после революции. В первую очередь «рассадник мракобесия» начали искоренять в армии, от которой зависит прочность любой власти.
Хотя надо признать, что отношение к священникам в армейской среде стало заметно ухудшаться еще в последние имперские месяцы, и в особенности после Февральской революции.
С одной стороны, Временное правительство сохраняло военное духовенство и желало продолжения войны до победного конца, с другой стороны – вводило гибельные для армии демократические формы управления и даже финансировало агитаторов, которые призывали солдат возвращаться в свои деревни, чтобы поделить помещичьи земли. Таким образом, при официальной поддержке духовенства в первые месяцы новой революционной власти постепенно начинались притеснения, которые вскоре превратились в гонения.
Был распущен старый состав Святейшего Правительствующего Синода. Временное правительство отстранило 12 архиереев, которые подозревались в нелояльности новой власти. Фактически во всех епархиях власть передавалась от архиереев к церковно-епархиальным советам.
Судьба кадровых священнослужителей Военного и Морского ведомств после окончания Первой мировой войны сложилась по-разному. Часть из них оказалась в эмиграции. Многие погибли в годы гражданской войны (Алексий Ставровский, Николай Яхонтов, главный священник армий Юго-Западного фронта Василий Грифцов). Многие священнослужители были репрессированы уже в советское время. Некоторые священники, оставаясь в Церкви, дожили до глубокой старости.
Небольшая часть военного духовенства продолжила свою службу в армиях А.И. Деникина, П.Н. Врангеля, А.В. Колчака в годы гражданской войны.
27 ноября 1918 года приказом генерала А.И. Деникина для Добровольческой армии была введена должность протопресвитера военного и морского духовенства. В это время в Добровольческой армии насчитывалось около 50 священников (из 5 тысяч, служивших в Императорской армии).
Штат Управления главного священника армии и флота правительства адмирала А.В. Колчака состоял из 10 человек. Отдел военного духовенства существовал в Северо-Западной армии генерала Н.Н. Юденича. Военное духовенство также присутствовало в ряде других белых формирований, например, атамана Г.М. Семенова.
В белых армиях бывали случаи разлада между командованием и военным духовенством. Например, атаман партизанской дивизии вооруженных сил адмирала Колчака Б.В. Анненков писал корпусному благочинному, что
В революционном 1917 году «в целях совершенствования политико-воспитательной работы с военнослужащими» Временное правительство приказом № 36 ввело институт военных комиссаров и создало Политическое управление, которому были переподчинены издательский и кинематографический отделы, а также кинофабрика в Москве. В то же время военно-духовное ведомство было вынуждено сокращать штат православных армейских пастырей.
16 января 1918 года был подписан приказ Народного комиссариата по военным делам «О расформировании всех управлений духовного ведомства». Все имущество и средства передавались полковым комитетам. Однако войсковым комитетам предоставлялось право оставлять у себя священнослужителей на собственном содержании. И некоторое время в частях Красной армии сохранялись полковые священники.
Но было очевидно, что институт военного и морского духовенства в армии будет ликвидирован. В новой армии их были призваны заменить другие «пастыри» – комиссары.
Первые политико-воспитательные органы в Красной армии были созданы в 1918 году. Сначала институт военных комиссаров, а затем политруков рот. Их главной задачей считалось
