Утро 1 июня встретило соединение Ямамото серой мглой. Погода была отвратительная, хотя дождь к этому времени уже прекратился. Низко нависшие облака делали видимость настолько плохой, что с мостика «Ямато» едва можно было различить смутные очертания эскадренных миноносцев, которые шли впереди на расстоянии 1500 метров в качестве охранения. Наконец, настало время встречи с танкерами для приема топлива. Однако в точке рандеву танкеров не оказалось. На поиски их с «Хосё» выслали самолеты. Из-за плохой видимости поиски прошли безуспешно. Но в это время на «Ямато» была получена радиограмма с танкеров, в которой сообщалось их новое место. Теперь мы могли встретиться с танкерами, но радиомолчание было нарушено, и, вполне возможно, противник уже знал о местонахождении Главных сил.
Предположение, что американские силы уже обнаружили наши соединения или во всяком случае подозревали об их продвижении к о. Мидуэй, подтвердилось в тот же день. Радиоразведка установила заметное оживление работы радиостанций противника в районе Гавайских островов, а из 180 перехваченных донесений 72 были с грифом «срочно». Случайная встреча в 50 милях северо-северо-восточнее атолла Вотье японского разведывательного самолета с американской летающей лодкой показала, что радиус воздушного патрулирования авиации, базирующейся на о. Мидуэй, увеличен до 700 миль. Имелись также донесения, в которых сообщалось об обнаружении в 500 милях к северо-востоку и северо-северо-востоку от о. Уэйк подводных лодок противника, что почти наверняка свидетельствовало о существовании завес американских подводных лодок примерно в 600 милях юго-западнее о. Мидуэй.
В это время транспорты с войсками находились почти в 1000 миль к западу от о. Мидуэй и продолжали двигаться северо-восточным курсом. Таким образом, уже 3 июня, то есть за два дня до намеченного воздушного налета на остров авиации соединения Нагумо, конвой, делавший 240 миль в сутки, должен был войти в зону действия американских патрульных самолетов с о. Мидуэй. Становилось совершенно очевидным, что транспорты продвигались быстрее, чем требовалось для их безопасности.
2 июня в районе местонахождения соединения Ямамото удерживалась облачная погода с кратковременными дождями. Прием топлива, начавшийся после запоздалой встречи с танкерами, возобновился утром, но вскоре был прекращен, так как видимость еще больше ухудшилась.
Тем временем был нарушен еще один пункт плана операции. Задержавшийся с выходом из Японии 5-й отряд подводных лодок, который должен был 2 июня развернуться и завесу «В» к северо-западу от Гавайских островов, не сумел вовремя это сделать. Подводные лодки 3-го отряда, выделенные в завесу «А», которую предполагалось развернуть к западу от Гавайских островов, также не смогли из-за задержки вследствие срыва «операции К» в намеченный срок занять свои позиции. Фактически подводные лодки прибыли
Так как завесы подводных лодок развернуты не были, адмирал Ямамото и его штаб находились в полном неведении относительно действий оперативного соединения противника. Правда, 2 июня от подводной лодки «I-168», которая вела разведку у о. Мидуэй, были получены некоторые сведения об обстановке в этом районе. В донесении говорилось, что, кроме дозорного корабля, обнаруженного южнее Санд-Аиленд, других кораблей противника не замечено; что противник, по всей вероятности, интенсивно ведет воздушное патрулирование в юго-западном направлении в радиусе примерно 600 миль от о. Мидуэй; что американцы, по-видимому, держат свои силы в полной боевой готовности, что большое количество истребителей круглосуточно барражирует и что на острове, очевидно, ведутся большие строительные работы, так как замечено много строительных кранов.
Это донесение было единственным важным разведывательным материалом, полученным от подводных лодок за всю операцию по захвату о. Мидуэй, хотя штаб Объединенного флота возлагал на них большие надежды.
2 июня соединение Нагумо, которое продвигалось в 600 милях впереди Главных сил, вошло в зону густого тумана. Облака низко нависали над океаном. Начал моросить дождь. Видимость стала настолько плохой, что соседние корабли едва различали друг друга.