Преданность и рвение Ф.Л.Шакловитого были высоко оценены царевной Софьей. 21 марта 1689 г. его жалуют чином окольничего. Возможно, за столь высокой оценкой деятельности г. лавы Стрелецкого приказа стояли и личные мотивы. По свидетельству современника — князя Б.И.Куракина, «в отбытие кн. Василия Голицына с полками в Крым Федор Шакловитый весьма в амуре при царевне Софье профитовал, и уже в тех плезирах ночных был в большой конфиденции при ней, нежели князь Голицын…». Но для самого фаворита, безусловно, решающим являлось другое обстоятельство. «Всем обязанный Софье, он погибал с ее падением; худородного подьячего, произведенного милостию царевны в окольничие, не спасет знатный род, знатные родственники; обязанность бьггь верным благодетельнице красила расчеты себялюбия», — писал по этому поводу С.М.Соловьев.
Складывающиеся обстоятельства вынуждали сторонников царевны Софьи торопиться. В январе 1689 г, состоялась свадьба царя Петра, которому мать-царица подыскала невесту-красавицу Евдокию Лопухину. По тогдашним понятиям, женившись, государь становился полноправным правителем и в опекунстве больше не нуждался. Из стана Нарышкиных все более отчетливо зазвучали голоса о необходимости отстранения Софьи от власти. По свидетельству П.И.Гордона, «все предвидели ясно открытый разрыв, который, вероятно, разрешится величайшим раздражением и озлоблением».
Назревавший кризис разразился в ночь с 7 на 8 августа 1689 г. От-кудд-то появилось подметное письмо, извещавшее о намерении Петра в эту ночь явиться с «потешными» в Москву и побить Софью, царя Ивана и многих других. По приказу Шакловитого в Кремль были стянуты дополнительные отряды стрельцов. Тем временем в селе Преображенском, где находился Петр, узнав о событиях в столице, начался переполох. В панике юный государь бросился наутек и укрылся за стенами Троице-Сергиева монастыря. Началось бескровное противостояние, длившееся почти месяц. Софья не стремилась предпринимать каких-либо активных действий против брата и надеялась, что поддержка ее со стороны стрельцов поможет ей примириться с Петром. Однако стрельцы, повинуясь царским указам, присылаемым из Троицы, оставили царевну. С каждым днем все большее и большее их число покидало город и присоединялось к приверженцам государя.
Развязка наступила 6 сентября. В Кремль явилась большая толпа стрельцов с челобитной о выдаче им Федьки Шакловитого. Получив отказ царевны, стрельцы стали шуметь и грозить бунтом. Оказавшись в одиночестве и осознав свое поражение, Софья смирилась и выдала стрельцам своего фаворита. На следующий день бывшего главу Стрелецкого приказа доставили в Троицу, где вскоре ему был вынесен смертный приговор. 12 сентября у стен монастыря Ф.Л.Шакловитому отсекли голову.
Царский указ о назначении нового главы Стрелецкого приказа был оглашен еще 8 сентября21. На эту ответственную должность был поставлен боярин князь Иван Борисович Троекуров, который сразу же предпринял необходимые меры по чистке стрелецких рядов от наиболее активных сторонников царевны Софьи. В ходе розыска по делу Федьки Шакловитого были казнены либо сосланы в Сибирь несколько десятков его единомышленников. Также был заменен целый ряд командиров московских стрелецких полков. В дальнейшем деятельность боярина на посту начальника Стрелецкого приказ вплоть до конца 90-х годов мало чем отличалась от традиционных обязанностей его предшественников. Среди обычных административных дел, розысков и наказаний по различным уголовным делам, разбиравшихся в Стрелецком приказе наиболее любопытен случай, произошедший в 1695 г, о котором поведал И.А.Желябужский.
30 апреля «закричал мужик караул, и сказал за собою государево слово, и приведен в Стрелецкий приказ и расспрашивал, а в расспросе сказал, что он, сделав крылья, станет летать, как журавль. И по указу великих государей сделал себе крылья слюдные, а стали те крылья в 18 рублев из государевой казны. И боярин князь Иван Борисович Троекуров с товарищи и с иными прочими вышед стал смотреть; и тот мужик, те крылья устроя, по своей обыкности перекрестился, и стал мехи надымать, и хотел лететь, да не поднялся и сказал, что он те крылья сделал тяжелы. И боярин на него кручинился, и тот мужик бил челом, чтоб ему сделать другие крылья ирше-ные [род замши]; и на тех не полетел, а другие крылья стали в 5 рублев, И за то ему учинено наказанье: бит батогами, снем рубашку, и те деньги велено доправить на нем и продать животы его и остатки»22.
