Армия была разделена на семь штурмующих колонн: четыре колонны (две Дерфельдена и две П. Потемкина) наступали с севера, три колонны Ферзена — с востока. При каждой колонне находилось 128 стрелков, 472 рабочих и 30 человек с шанцевым инструментом.
Наступила ночь, мглистая и темная, но тихая. В русских лагерях горели огни, солдаты молились. В два часа ночи снялась с места седьмая колонна, которая стояла дальше от Праги; в три часа — остальные. Войска встали на позиции в гробовой тишине, ожидая сигнальной ракеты. Она взвилась в небо в пять часов, и колонны ускоренным шагом двинулись на штурм. Солдаты вспоминали резню русских в Варшаве и, несмотря на суворовский приказ, переговаривались между собой: «Смотри, братцы, никому пощады».
Поляки ожидали нападения по какому-то ложному сообщению несколькими днями позже. В то время, как русские войска выходили на позиции, в польском штабе шло препирательство между Вавржецким и Зайончеком. Первый настаивал на том, что нужно отвести войска из города и капитулировать, второй возражал, что, даст Бог, русские найдут здесь свою могилу. За этим спором их застали первые выстрелы. Генералы немедленно разъехались на линии обороны.
Первые две колонны Дерфельдена, состоящие из измаильских ветеранов, накрыли волчьи ямы плетнями, закидали ров фашинником и полезли на вал. На этом участке оборону возглавлял генерал Ясинский, заявлявший, что он вернется в Варшаву или победителем, или мертвым. Он сдержал свое обещание: задав русским жару, он пал с саблей в руке. Остатки его отряда отступили.
Третья и четвертая колонны (Исленьева и Буксгевдена) долго шли по зыбучему песку; от усталости солдаты побросали плетни и через волчьи ямы перебирались с помощью лестниц. Когда они бросились на ретрашементы, в тылу у них появилась польская кавалерия. Два батальона атаковали ее на «ура» в штыки; кавалеристы обратились в бегство, и вал был взят. При дальнейшем продвижении четвертая колонна задержалась возле огражденного частоколом зверинца, где встретила упорное сопротивление одного из польских полков, состоящего из евреев. 500 солдат этого полка дрались с замечательной храбростью и полегли все, за исключением полковника.
Колонны Ферзена также успешно преодолели вал и ретрашементы. Рабочие команды расширяли проходы для кавалерии, которая перехватывала бегущих поляков. Штурм велся очень быстро, и польскому командованию было трудно принимать решения. Зайончек в самом начале штурма был ранен в живот и увезен. Вавржецкий по пути на позиции уже встретил поляков, бегущих оттуда в полном расстройстве. Его приказы остановиться и атаковать не выполнялись даже офицерами. Польскому главнокомандующему доложили, что русские продвигаются к мосту. В тревоге за участь Варшавы Вавржецкий поскакал туда и пришел в ужас, увидев, что мост совершенно беззащитен — его покинули даже караулы. Варшавский берег был тоже пуст, и только в окнах и на крышах домов виднелись испуганные жители, наблюдавшие за резней. Под пулями подходивших русских егерей Вавржецкий проскакал через мост и, набрав в ближайших домах укрывшихся солдат, попытался разрушить его, но был отогнан подоспевшей русской артиллерией. К удивлению и облегчению поляков русские не стали переходить Вислу, а выставили заслон.
Наблюдая за штурмом с холма, Суворов видел и слышал нараставшее напряжение боя по мере продвижения русских войск по Праге. Кровь лилась рекою; стоны, вопли, проклятия, мольбы, ружейный треск, барабанный бой и пушечная пальба слились в один несмолкающий гул. «Страшное было кровопролитие, — вспоминал Александр Васильевич, — каждый шаг на улицах покрыт был побитыми; все площади были устланы телами, а последнее и самое страшное истребление было на берегу Вислы, в виду варшавского народа». До появления русских у моста немногие польские солдаты и жители Праги успели уйти в Варшаву, после — уже никто. Побоище усугублялось тем, что пражский гарнизон укрывался в домах обывателей и продолжал сопротивление оттуда. Обезумевшие от отчаяния женщины кидали на головы русских солдат цветочные горшки и мебель, и солдаты, врываясь в дом, били всех, кто попадался под руку. Жители толпами стекались к мосту и, видя, что он занят, набивались в лодки, бросались вплавь, тонули и гибли под пулями.
Разгром польской столицы не входил в планы Суворова, поэтому он велел заслонам не пропускать через мост разъяренных солдат. Однако выполнять этот приказ с каждой минутой становилось все труднее — прибывающие к мосту все новые и новые части русских войск уже грозили смять караулы. Тогда Суворов приказал разрушить мост, и он запылал, подожженный сначала с русской, а потом и с варшавской стороны (Вавржецкому уже не мешали). Огонь перекинулся на дома и постройки, и вскоре Прага превратилась в огненное море.