Суворов получил приказание Панина прибыть к себе в Москву, куда приехал на несколько дней из Молдавии повидать жену и отца. Суворов немедленно выехал — в одном кафтане, без багажа, в открытой почтовой телеге. 24 августа он прибыл в село Ухолово (между Шацком и Переславлем-Рязанским), где представился начальству. В тот же день с 50 казаками он выехал по направлению к Саратову. Екатерина II, извещенная П. Паниным о расторопности Суворова, выслала ему вдогонку 2 тысячи червонцев на обзаведение экипажем и багажом.
Суворову приходилось ехать по разоренному, еще волнуемому мятежом краю. Он не чинил нигде ни казней, ни расправ и не вступал в стычки с бродившими разбойными шайками. Александр Васильевич не скрывал, что несколько раз ему даже пришлось назвать себя Пугачевым, о чем, пишет он, «сказать мне не стыдно», ибо сделано это было из-за «опасности бесчеловечной и бесчестной смерти».
Но как Суворов не спешил, он непоправимо опаздывал. В Саратове Александр Васильевич узнал, что Пугачев разбит Михельсоном выше Черного Яра в день, когда он представлялся Панину в Ухолове. Слава усмирителя бунта невозвратимо исчезала. Оставалась надежда лично схватить Пугачева, искавшего укрытия в заволжских степях.
От схваченного Михельсоном сподвижника Пугачева, яицкого казака Тарнова, узнали, что Пугачев с 50 казаками, из которых вооружены были только 20, ушел в степь и, «отскакав на несколько верст со своими сообщниками, весьма плакал и молился Богу, потом вообще, посоветовав, решили бежать степью безводным местом 70 верст к каким-то камышам», где добыть воду, охотиться на зверей и скрываться неделю. Беглецы побывали в городке Завальном на Ахтубе, верстах в 40 от Царицына, где взяли хлеб и показали жителям «две хари, из которых одну назвали Петром Федоровичем, а другую Емельяном Пугачевым».
2 сентября Суворов выступил из Царицына с 200 казаками, 300 пехотинцами, посаженными на лошадей, и двумя эскадронами кавалерии. Вначале отряд шел вверх по Волге, а затем углубился в степь — мертвую пустыню. Дорог не было, идти приходилось, ориентируясь по солнцу и звездам. Хлеба было мало, основную пищу солдат и самого Суворова составляло соленое мясо.
12 сентября на реке Малый Узень Суворова постиг новый удар: он узнал, что Пугачев схвачен своими же казаками, которые повезли его в Яицк спасать его головой свои жизни. И это произошло в каких-нибудь 40 верстах от Суворова (в селе Александровский Гай)! Александр Васильевич и позже не переставал жаловаться на неблагосклонную судьбу, помешавшую ему называться если не победителем Пугачева, так хотя бы его поимщиком. Он даже выдвигал довольно странные претензии к соратникам Пугачева: «Чего же ради они его прежде не связали? Почто не отдали мне?» — и сам же объяснял: «Потому что я был им неприятель, и весь разумный свет скажет, что в Уральске уральцы имели больше приятелей, как и на форпостах оного» (это обвинение, отчасти справедливое, не относится к коменданту Яика полковнику Симонову).
Надежда все еще не покидала Суворова. С предельной скоростью он бросился к Яицку, разогнав по пути несколько калмыцких и киргизских орд, а затем продолжил путь с доброконной частью отряда. За девять суток было пройдено 600 верст — и напрасно: когда 16 сентября Суворов въехал в Яицк, Пугачев уже находился в руках у Симонова.
Суворов сделал все, что мог. Однако его действия, безупречные в военно-политическом отношении, содержали в себе одну характерную странность, на которой стоит остановиться. Суворов хотел не просто усмирения бунта; от поимки Пугачева он ожидал
После поимки Пугачева на долю Суворова оставалось доставить его в Москву, что представлялось Александру Васильевичу делом нелегким. Два дня он провел в Яицке, ожидая, пока рабочие смастерят для пленника нечто вроде клетки на колесах. Когда клетка была готова, Суворов двинулся в путь, сопровождаемый отрядом в 500 человек с двумя пушками. Александр Васильевич не отходил от клетки; ночью вокруг нее зажигались факелы. Предосторожности оказались не лишними — отряд несколько раз подвергался нападениям кочевников. В схватках один адъютант Суворова был ранен, другой убит.
Пугачеву не нравилась езда в клетке. Он беспрестанно буянил, и Суворов приказал привязать его к телеге. 1 октября преступник был благополучно сдан в Симбирске Панину.