Великим уроком для всех было и смирение батюшки. Монахиня Елена вспоминала: «Он всегда говорил о себе: “Я в новоначалии, я учусь, я утратил всякий смысл. Я кормлю лишь крохами одними, а батюшка Анатолий целыми хлебами”. Или: “Я наистарший в обители летами, больше пятидесяти лет в обители прожил, а наименьший по добродетели”. Все, помню, батюшка ходил на исповедь в монастырскую больницу к архимандриту Агапиту, и мы иногда его провожали. Он был слаб, уставал, и, помню, ему однажды сказали: “Батюшка, вы бы палочку взяли, вам бы легче было ходить с палочкой”. Батюшка ответил: “У меня нет еще на это благословения”. Этим он показал, что даже на такую мелочь он спрашивал благословения духовного отца - архимандрита Агапита <...> Однажды батюшка сказал мне, что ему очень тяжело, что он уныл и скорбен и утратил молитву, прося помолиться о нем и передать о том и матушке игумении. Я подумала, что он обо мне говорит. “Неужели, батюшка, у вас бывает тягота на душе? Я думала, что вы всегда в молитве и в духе радости”. Батюшка сказал на это, что случаются ошибки: “Иной раз скажешь что от себя, неправильно решишь вопрос чужой жизни, иногда строго взыщешь на исповеди или, наоборот, не дашь епитимии, когда следовало ее дать, и за все это бывает наказание, благодать Божия наказывает - отступает на время, и мы страдаем”. Батюшка всегда просил молиться за него - учил смирению».
В 1914 году началась Великая война. Около пятидесяти Оптинских братий были призваны на военную службу. Произошли перемены и в духовном начальстве - место почившего настоятеля схиархимандрита Ксенофонта занял иеромонах Исаакий (Бобраков, 1865-1938). Еще в 1884 году ему было предсказано, что он станет последним настоятелем Оптинской обители и погибнет. Безусловно, наплывавшие на Россию грозные события были открыты старцу Нектарию задолго до того, как они начались в реальности. На что-то он даже намекал ближним: так, летом 1916-го начал носить на груди красный бант. Все недоумевали, но лишь до марта 1917-го, когда после свержения монархии красные банты нацепила на себя большая часть населения страны...
Воспоминания протоиерея Сергия Сидорова запечатлели его общение со старцем в декабре 1916 года: «На стук послышались шаги, медленные и шаркающие, и дверь открылась. На пороге келлии стоял старец с белыми красивыми прядями волос, с бородой редкой с желтизной, с большими серыми глазами. Это был отец Нектарий. Я попросил его благословения, сказал, что послан к нему отцом Анатолием. Старец благословил меня и с улыбкой веселой сказал: “Ну, вот и хорошо, что к батюшке Анатолию попал в руководство. Некоторые меня ищут как старца, а я, как вам сказать, все равно что пирожок без начинки. Ну а батюшка отец Анатолий все равно как пирожок с начинкой”. Сказав это, он благословил меня трижды и удалился в келлию.
На следующий день, 8 декабря, я был у отца Нектария. Был один. Я нашел дверь в келлии отпертой и прошел прямо в кабинет старца. Это была небольшая комната, увешанная иконами. На стене висел портрет митрополита Московского Филарета и какие-то фотографии неизвестных мне духовных лиц. Старца не было в кабинете, но он скоро вышел из соседней комнаты. Старец был одет в серый подрясник, подпоясанный голубым шнурком. Он узнал меня и ласково благословил. Я не имел намерения утруждать старца беседой, так как находился под руководством отца Анатолия и не стремился обращаться к мужам духовно опытным за руководством. Но когда я, получив благословение, хотел удалиться, отец Нектарий удержал меня. “Вы не потрудитесь ли почитать мне?” -сказал он, подавая книгу. Это были стихотворения Пушкина. Я открыл маленький томик суворинского издания и стал читать: “Когда для смертного умолкнет шумный день.” Потом старец поблагодарил меня и сказал: “Многие говорят, что не надо читать стихов, а вот батюшка Амвросий любил стихи, особенно басни Крылова. Я полагаю, что читать стихи не только можно, но и должно. А вот теперь помолимся”.
Он стал перед образом Царицы Небесной на колени и, велев мне стать рядом с ним, стал читать акафист Владычице. И была тишина, но не жуткая тишина, звучащая шорохами и вздохами, а мирная, светлая, точно сотканная из золотистых нитей вечного блаженного покоя».
В феврале 1917 года старца посетил приехавший с фронта Василий Шустин. Во время общения отец Нектарий сказал ему буквально следующее:
