По молитвам отца Алексея множество людей получали исцеление от болезней. В конце 1914 года тяжело заболела Наталья Герасимовна Фишер. Врачи в голос заявили, что у нее рак брюшины. Хорошо знакомый с больной отец Симон рассказал об этом старцу, но тот отнесся к известию невнимательно и лишь сказал: «Ничего, не тревожьтесь, все уладится». Когда отец Симон попытался объяснить, что болезнь неизлечима, старец с досадой повторил: «Да все уладится». И действительно, вскоре выяснилось, что у больной вовсе не рак, и ее успешно прооперировали. Когда в марте 1915 года тяжело заболел сын преподавателя Костромского реального училища М. Н. Дурново, тот письмом попросил отца Алексия молиться о выздоровлении. Двенадцать дней состояние мальчика ухудшалось, но вдруг 6 апреля он заснул и проснулся практически здоровым. Врачи не смогли дать никаких внятных объяснений происшедшему. И лишь потом выяснилось, что именно 6 апреля письмо отчаявшегося отца дошло до пустыни. Выздоровление мальчика совпало с началом молитвы о нем старца.
Ярчайшей чертой характера старца было глубокое смирение. Однажды его келейник, отец Макарий (Моржов, 1872-1931, прославлен в чине преподобномучеников в 2001 году), поставил в келии самовар и попросил батюшку проследить, чтобы тот не «убежал». Но к отцу Алексию как раз пришел очередной посетитель, и за беседой с ним старец «проглядел» самовар. Вернувшись, келейник укоризненно произнес:
- Батюшка, и это вы не могли исполнить! Теперь все мои труды насмарку, я ведь полдня чистил самовар!
В ответ на это старец упал монаху в ноги:
- Простите меня, отец Макарий, я нехорошо сделал!
...В августе 1914 года закончилась мирная жизнь. Россия вступила в войну, которую в то время называли Великой, Европейской или Второй Отечественной. На территории Зосимовой пустыни был устроен лазарет, многие из братии начали работать в нем братьями милосердия.
Одновременно год принес тяжелые испытания и для самого монастыря. Отец Владимир (Терентьев) так вспоминал этот период:
«Враг позавидовал нашей мирной жизни, узнали мирские о наших старцах и о нашей жизни и стали толпами приходить за наставлением к ним. Хотя они и приносили нам всё нужное для обители, но зато внесли и страшные смуты. Обитель стала шириться и богатеть, а богатство принесет ли кому что хорошее? Стали завидовать друг другу: у одного лучше одежда, у другого послушание лучше, у третьего больше денежные доходы. Тут же начались происки вражьи в монастыре, подсматривание друг за другом, а в конце концов и такие нашлись люди, которые говорили, что если бы они были начальством, они бы лучше все делали.
<...> Скорби великие постигли в то время наших старцев: отец Герман все плакал, а отец Алексий ходил как тень. С братией ни с кем нельзя было поговорить по душе, потому что уловляли на слове, кто к какой партии принадлежит. Для усмирения обители решено было перевести отца игумена в Махрищскую обитель <...> Мы, ученики отца Алексия, в эти дела не вмешивались, да и сам старец уклонялся от всего этого. Заступило новое начальство, говорили очень сладко, а на деле выходило и мутно, и нехорошо. Жизнь в монастыре стала очень тяжелая, мы не имели над собой Божия благословения: что ни делаем, все из рук выпадает. Церковные службы исполнялись кое-как, обитель стала пустеть. Хотя отец Алексий и поддерживал братию, но к новому начальству сердце его не лежало, он был в обители как чужой. Бывало, придешь к нему, а он стоит бледный, грустный. <...> Но вот наконец Господь смиловался и прекратил наши скорби. Игумена Германа возвратили из Махры в нашу обитель.
Раз прихожу я к отцу Алексию, а он стоит печальный в углу на клиросе. Я и говорю ему: “Батюшка, нашего игумена опять возвращают к нам в обитель”. - “Почему ты это знаешь?” - говорит он. “Сейчас, - говорю, - пришел ваш духовный сын из Духовного собора, говорит, что указ уже есть”. Отец Алексий, слыша эти слова, как бы воскрес. Он стал такой же веселый, как в первые дни своей монастырской жизни. Уж очень он любил и почитал отца Германа».
Добавим, что период отсутствия игумена Германа (Гомзина) в обители был очень недолгим - с 14 сентября по 4 ноября 1915 года. Особую роль в его возвращении сыграла великая княгиня Елизавета Федоровна.
