Здоровье отца Алексия между тем ухудшалось. В первый день Пасхи 1914 года он перенес тяжелый сердечный приступ, после которого постоянно чувствовал головокружение и головную боль. Число же посетителей не уменьшалось; принимать их «на скорую руку» батюшка не умел, расстраивался и нервничал из-за того, что не успевает помочь всем, отчего его состояние ухудшалось еще больше. Летом 1915-го приступ повторился, и после этого старец обратился к игумену с просьбой об удалении в полный затвор. «Если Антонию Великому и Арсению Великому необходимо было безмолвие - то как же нам, грешным и окаянным, спастись?» - повторял он. Отец Герман долго не давал на это своего благословения, но наконец согласился. Наместник Троице-Сергиевой лавры архимандрит Кронид (Любимов, 1859-1937, прославлен в лике преподобномучеников в 2000 году) привез в пустынь указ, согласно которому старцу разрешалось уйти в затвор 6 июня 1916 года. В обители об этом стало известно 3 июня. Проводы старца в затвор превратились в настоящее торжество, печальное и радостное одновременно...
С трех часов ночи до полудня 6 июня отец Алексий принимал народ. Затем был отслужен молебен Спасителю, Божией Матери, архангелу Рафаилу, преподобному Сергию Радонежскому, преподобному Зосиме Соловецкому и всем святым. Многочисленные богомольцы и братия монастыря со слезами на глазах молились о старце. Молился и он сам - на правом среднем клиросе, позади Смоленской иконы Божией Матери.
Затем отец Илия Четверухин обратился к старцу с речью:
- Дорогой батюшка, отец Алексий! Позвольте мне от лица всех здесь собравшихся духовных чад ваших сказать последнее, прощальное слово. Батюшка, духовный отец наш! Многие из нас уже давно знают вас и ездят к вам (я, например, знаю вас уже одиннадцатый год), и за это время мы делили с вами наши радости и горе, отдавали на суд ваш всю нашу жизнь со всеми ее житейскими мелочами. С самым нежным, с самым внимательным, прямо-таки материнским участием относились вы всегда ко всем нам. Вы нас окормляли, и назидали, и умудряли, и просветляли, и очищали, и укрепляли, и утешали, и согревали огнем своей веры и любви. Просто даже и не пересказать того, что мы от вас получали. Благодарим вас, батюшка, от всей души за всё, за всё, что вы для нас сделали. Никогда мы не забудем... Как видимые знаки любви и благодарности к вам примите от всех нас эту святую икону, эту просфору, из которой вынута на сегодняшней литургии частица о вашем здравии и спасении, и наш земной поклон.
Отец Илия и весь храм поклонились старцу в ноги. Тот ответил тем же. После того как отец Илия закончил речь, отец Алексий ответил:
- Без Мене не можете творити ничесоже... - невольно напрашиваются эти слова Спасителя. Если я сделал кому доброе, то это не я сделал, а сила Божия, которая мне помогла. Часто, например, мне задавались трудные и неудоборешимые вопросы, и я не знал, что мне сказать, но Господь в те минуты вразумлял меня и вкладывал в уста мои нужный ответ, так что я потом сам удивлялся тому, как вышел из затруднительного положения. Я всегда говорил и говорю, что без помощи Божией и без воли Божией ничего доброго не делается. Что касается меня, то я всегда старался обнять всех своей любовью (хотя, может быть, любви моей и не хватало) и каждого обращающегося ко мне удовлетворить, каждому найти доброе слово. Но это мне не всегда удавалось: недоставало либо времени, либо физических сил. Бывало, от утомления я дремал и, может быть, не всегда слышал все, что мне говорили, и отвечал невпопад и не то, что было нужно. Самые горькие минуты были те, когда я видел, что кто-нибудь уходил от меня неудовлетворенным, и только я один знал, что чувствовало тогда мое сердце. Искренно прошу прощения, если кого-нибудь из вас я когда-нибудь огорчил, как и я всех прощаю.
Отец Алексий до земли поклонился присутствующим. Плачущий храм ответил ему.
