Следственное заключение удовлетворило Годунова. Он подал его на рассмотрение патриарха и духовенства, которые полностью согласились с ним и заявили, что дело о самоубийстве не церковное, а земское.
Бояре тоже не противились. По распоряжению Годунова все Нагие были сосланы в отдаленные города, а царицу Марию насильно постригли в монахини под именем Марфы и сослали в монастырь св. Николая на Выксе под Череповцом. Над угличскими жителями совершили жестокую расправу: обвиненных в убийстве Битяговского с товарищами казнили, другим за смелые речи отрезали языки, третьих сослали в Сибирь для заселения недавно построенного города Пелыма. Историческое предание говорит о том, что «казнили» даже колокол, в который били в набат в час смерти Дмитрия (еще в конце XIX в. он находился в Тобольске).
Казалось, теперь Годунов должен был успокоиться. Но через год, в 1592 г., царица родила дочь, которую назвали Феодосией. При том образе жизни, который вел царь Федор, мало верится в то, что это могла быть ёго дочь. Однако достоверных исторических фактов, доказывающих или опровергающих подобное предположение, нет.
Борис выказал радость по поводу рождения племянницы и наследницы русского престола, именем царя Федора объявил амнистию для многих заключенных, раздавал милостыню духовенству. Но никто не поверил в искренность его радости, а когда спустя несколько месяцев маленькая царевна умерла, то в народе распространился слух о том, что именно Годунов отправил ее на тот свет.
Чем же занимался и как жил настоящий государь, сын Ивана Грозного? О дневном распорядке царя Федора рассказывает Н. Костомаров:
«Царь Федор Иванович был чужд всего соответственно своему малоумию. Вставал в четыре часа; приходил к нему духовник со святой водой и с иконой того святого, чья память праздновалась в тот день. Царь читал вслух молитвы, потом шел к царице, которая жила особо, вместе с нею ходил к заутрени, потом садился в кресло и принимал близких лиц, особенно монахов; в 9 часов утра шел к обедне, в одиннадцать часов обедал, потом спал, потом ходил к вечерне, иногда же перед вечернею — в баню. После вечерни царь до ночи проводил время в забавах: ему пели песни, сказывали сказки; шуты потешали его кривляньями. Федор очень любил колокольный звон и сам иногда хаживал звонить на колокольню. Часто он совершал благочестивые путешествия, ходил пешком по московским монастырям, посещал вместе
Но кроме таких благочестивых наклонностей Федор показывал и другие, напоминавшие нрав родителя: он любил смотреть на кулачные бои и битвы людей с медведями. Челобитники, обращавшиеся к нему, не видели от него участия: «избегая мирской суеты и докуки», он отсылал их к Борису. Царица Ирина от своего имени иногда давала милостивые повеления и в день своего ангела выпускала узников из темниц. Слабоумие Федора не внушало, однако, к нему презрения: по народному воззрению, малоумные считались безгрешными и потому назывались «блаженными». Монахи восхваляли благочестие и святую жизнь царя Федора: ему заживо приписывали дар прозрения и прорицания; рассказывали, между прочим, что во время нападения Казы-Гирея на Москву блаженный царь молился и предрек бегство крымцев».
Но болезненность стала причиной преждевременной смерти Федора: он умер 7 января 1598 г. на. сорок первом году жизни. Борис Годунов поспешил объявить народу, что перед смертью царь передал власть своей жене — царице Ирине, поручив «строить свою душу» патриарху Иову, своему шурину Борису и двоюродному брату Федору Никитичу Романову-Юрьеву.
Это был неслыханный обман и дерзость со стороны Годунова. Еще никогда женщина не правила державой, не оставаясь при этом опекуншей своих детей. К тому же в русском праве того времени не было такой статьи, по которой бы женщина могла занять престол. Единственным, что сохранилось с древних времен, — это воля Земли: для того, чтобы царица Ирина стала правительницей государства, ее должен был выбрать весь народ. Но такой поворот в тех условиях был нереален, и через девять дней Ирина постриглась в Новодевичьем монастыре под именем Александры.
17 февраля в Москве собрались выборные люди на земский собор. Они были подобраны так, что сторонников Годунова было больше. Однако даже при таком раскладе патриарх Иов не дал никому сказать и слова, а сразу предложил «молить Бориса Федоровича, чтоб он был на царстве». Сторонники Годунова пустили по Москве слух о том, что тот, кто будет против Бориса, заплатит по два рубля пени.
20 февраля патриарх и выборные люди в сопровождении огромной толпы москвичей двинулись к Новодевичьему монастырю.
«Если Борис Федорович не согласится, — говорил патриарх, — то мы со всем освященным собором отлучим его от церкви Божией, от причастия святых Тайн, сами снимем с себя святительские саны, и за ослушание Бориса Федоровича не будет в церквах литургии и учинится святыня в попрании, христианство в разорении, и воздвигнется междоусобная брань, и все это взыщет Бог на Борисе Федоровиче».
