Понимая, что лучшая оборона — это нападение, Шуйские в сговоре с митрополитом Дионисием созвали к себе влиятельных людей из знатных фамилий, купцов и служилых и уговорили подписаться под царской челобитной. В ней якобы от имени всего народа они просили Федора развестись с бездетной Ириной и выбрать себе другую жену, которая сможет родить наследника.
Заговорщики предполагали женить царя на княжне Мстиславской, дочери насильно постриженного в монахи князя Мстиславского. Однако Борис Годунов, узнав от своих лазутчиков о замысле, опередил их. Со всей кротостью и повиновением он обратился к митрополиту и представил дело так, что развод стал бы не только бесполезным, но и беззаконным. Он уповал на то, что Федор и Ирина еще слишком молоды и смогут иметь детей. Но даже если бы Ирина оказалась бесплодной, то у Федора есть брат Дмитрий.
Митрополит Дионисий купился на подобные заверения и стал уговаривать Шуйских отказаться от своих замыслов. Он и помыслить не мог, что и его участь уже предрешена. По поддельному доносу были арестованы и заключены под стражу Иван Петрович Шуйский, его сын Андрей, а также Василий Скопин-Шуйский, князья Татевы, Урусовы, Быковы, Колычевы и множество других купцов, служилых людей и гостей из числа сторонников Шуйских.
Многих знатных людей сослали в ссылки в отдаленные города, Федору Нагому отрубили голову, княжну Мстиславскую постригли в монахини, а митрополита Дионисия сослали в Хутынский монастырь. Вместо него Борис посадил на престол ростовского архиепископа Иова, 25 января 1589 г. посвященного в первые русские патриархи.
Но Годунов и после расправы с противниками не мог чувствовать себя в полной безопасности. Его воображение продолжали будоражить потомки по царской линии — царевич Дмитрий, а также Мария, дочь Владимира Андреевича, двоюродная племянница Ивана Грозного, вдова короля Магнуса, и ее малолетняя дочь Евфимия.
Расправу с Дмитрием он отложил до удобного случая и взялся за Марию. Еще в 1585 г. Борис Годунов поручил английскому купцу Горсею уговорить Марию Владимировну переехать с дочерью из Риги в Москву. Он обещал ей не только достойный прием, но и вотчины. Королева поверила и бежала из Риги в Москву. Поначалу Годунов принял ее, как обещал, одарил деньгами и вотчинами. Однако вскоре Марию разлучили с дочерью, насильно увезли и постригли в Пятницкий монастырь близ Троицы, а в 1589 г. ее малолетнюю дочь с королевскими почестями похоронили у Троицы. Все твердили, что Годунов отравил ребенка.
Но и после этого сердце Годунова не успокоилось. В Угличе в почетной ссылке подрастал царевич Дмитрий. Федор был бездетным, слаб здоровьем, и в случае его смерти царевич Дмитрий был бы провозглашен его преемником на престоле.
Для Годунова это означало неминуемую смерть. Нагие и сторонники Дмитрия не простили бы ему ни его прошлого величия, ни своего унижения и удаления от царя. До него уже тогда доходили слухи, что Дмитрий проявлял кровожадные наклонности отца и, играя со сверстниками, лепил из снега человекоподобные фигуры. Одну из них он называл именем Годунова, остальные — имена его ближайшего окружения. Он жестоко колотил их, рубил головы, ноги, руки и приговаривал: «Вот как будет, когда я стану царствовать!»
В 1591 г. Борис Годунов отправил в Углич присматривать за царицей Марией Нагой, ее окружением и царевичем Дмитрием своих преданных людей: дьяка Михаила Битяговского с сыном Данилой и племянником Качаловым.
Нагие не терпели этих людей и непрестанно ссорились с ними. И вот 15 мая 1591 г. в полдень пономарь соборной угличской церкви ударил в колокол. Со всех концов Углича во двор царицы сбежался народ и увидел мертвого царевича. У него было перерезано горло. В исступленных рыданиях Мария Нагая обвинила в убийстве сына приставленных Годуновым людей.
Без всякого разбирательства толпа тут же схватила и убила Михаила и Данилу Битяговских и Никиту Качалова. Сына царевичевой мамки Волоховой притащили в церковь и поставили перед царицей. Мария Нагая в гневе потребовала убить его, что разъяренная толпа и сделала с большим удовольствием прямо у нее на глазах. В тот же день по подозрению в сговоре с людьми Годунова было убито еще несколько человек.
Когда слух о смерти царевича Дмитрия дошел до Москвы, Борис назначил следственную комиссию, которую возглавили его сторонник окольничий Андрей Клешнин и его противник Василий Шуйский.
Расследование обстоятельств гибели царевича было проведено самым бессовестным образом. Шуйский хоть и принадлежал к противникам Годунова, был человеком хитрым и уклончивым. Он рассчитал, что если поведет следствие так, что Годунов будет им недоволен, то все равно ничего не сделает. Верховным судьей будет все тот же Годунов, и он подвергнет себя преследованию со стороны правителя. Поэтому он делал все так, чтобы Годунов остался доволен. Никто не производил осмотр тел, никто не допрашивал ни свидетелей, ни людей, убивших Битяговского с товарищами. Показания были подобраны так, что, в конце концов, выходило, будто царевич игрался с ножом и в припадке падучей зарезался сам.
