Своего любимца Морозова царь спас, сослав в дальний монастырь. После него самым влиятельным лицом при Алексее Михайловиче стал боярин Н. Одоевский, под руководством которого комиссии было поручено упорядочить русские законы. Так в октябре 1649 г. появилось на свет Соборное Уложение.
1669 г. выдался несчастливым для царской семьи. 2 марта после тяжелых родов умерла Марья Ильинична. Она родила девочку, которая умерла через два дня после рождения. Всего же царица подарила Алексею Михайловичу тринадцать детей — восемь девочек и пять мальчиков (их пяти выжило двое). За добрый и отзывчивый характер Марья Ильинична сыскала у современников любовь и почтение.
Спустя три месяца после смерти царицы семью постигла новая беда: умер царевич Симеон, а через несколько месяцев — царевич Алексей. Царь, нуждаясь в понимании и утешении, еще больше сблизился в это время с Артамоном Матвеевым. Этот человек был одним из тех немногих русских людей, которые сознавали пользу просвещения, любили читать и ценили искусство. Возглавляя Посольский приказ, Матвеев превратил его в подобие учебного заведения. Под его руководством там переводились и издавались книги: «Василиологион» — история древних царей; «Музы или семь свободных наук»; «Государственная большая книга» — изложение русской истории с приложением портретов государей и патриархов.
Любознательный по натуре, Матвеев много общался с иностранцами, был знаком с нравами и обычаями многих народов и находил их превосходство над русскими. Этому знакомству способствовало и то обстоятельство, что сам он был женат на шотландке Гамильтон, принявшей при православном крещении имя Авдотьи Григорьевны. По жене он находился в родстве с Нарышкиными, представителями старинного рода рязанских дворян, происходивших от крымского выходца. В XVII в. Нарышкины были наделены поместьями в Тарусе. Один из Нарышкиных, Федор Полуектович, был женат на племяннице жены Матвеева, тоже из рода Гамильтон, названной в крещении Авдотьей Петровной. Брат Федора, Кирилл Полуектович, стрелецкий голова, позже пожалованный в стольники, был женат на Анне Леонтьевне Леоновой. Кроме сыновей, у них была дочь Наталья, которая с одиннадцати лет воспитывалась в доме Матвеева.
В конце 1669 г. царь Алексей Михайлович решил жениться во второй раз. По устоявшемуся обычаю в Москву стали свозить девушек для смотра. Однажды, в начале февраля 1670 г., царь увидел в доме Матвеева Наталью Нарышкину. Девушка понравилась царю, но он продолжал смотр, надеясь найти еще более красивую избранницу.
Соперницей Натальи Нарышкиной стала Авдотья Беляева. Она была отобрана из числа многочисленных кандидаток, и царь два месяца колебался в выборе между двумя красавицами.
Не столько против Нарышкиной, сколько против Матвеева начались козни. Придворные боялись, что брак царя с Нарышкиной сделает Матвеева, который и без того пользовался благосклонностью Алексея Михайловича, поистине всемогущим человеком.
Царю подбросили письма, компрометирующие Матвеева. Подозрение в их составлении пало на Шихарева, дядю Беляевой. В его доме провели обыск, но ничего не нашли, кроме травы зверобоя. И хотя Шихарев клятвенно уверял, что лечится этой травой, его подвергли пытке. В те времена трав боялись, с ними связывали разные суеверия.
Выбор Алексея Михайловича остановился на Наталье Нарышкиной, но свадьба была отложена по той причине, что царю было сорок лет, он имел дочерей одного возраста с Натальей. Кроме того, тетки царя, пожилые девы и богомольные хранительницы старины, не терпели Матвеева и его родню за связь с иностранцами и склонность к иноземным обычаям.
Эти и другие причины могли затянуть брак, но не могли поколебать решения царя. 23 января 1671 г. Алексей Михайлович женился на 20-летней Наталье Кирилловне Нарышкиной. Опасения ревнителей старины оказались не напрасны: царь полностью подчинился влиянию Матвеева и молодой жены. Он называл Матвеева не иначе, как другом, и писал ему письма такого содержания: «Приезжай скорей, дети мои и я без тебя осиротели. За детьми присмотреть некому, а мне посоветоваться без тебя не с кем».
Матвеев вел себя благоразумнее прежних фаворитов. Хотя официально он управлял Посольским и Малороссийским приказами, однако носил звание только думного дворянина. По желанию царя он построил себе огромные палаты у Никиты на Столпах и по собственному вкусу украсил их на европейский манер: на стенах висели картины известных мастеров, покои были заставлены европейской мебелью. Даже в домовой молельне иконостас был сделан по итальянскому образцу. Матвеев никогда не держал взаперти «под домашним арестом» ни своей жены, ни своих родственниц и воспитанниц. В его доме звучала музыка и был устроен домашний театр, в котором играли немцы и дворовые люди.