Однако, несмотря на то что Симмаха официально признали Папой Римским, мир в римской Церкви был лишь кажущимся. Борьба двух партий продолжалась с неослабевающей силой. Провизантийская партия ждала лишь подходящего случая, чтобы свергнуть Симмаха и посадить своего кандидата на престол св. Петра. Но это могло удаться только в том случае, если бы Симмах был изобличен в весьма серьезных проступках, что автоматически повлекло бы за собой снятие его с должности. Долго-долго искали подходящие зацепки, которые позволили бы предъявить Папе обвинение и пожаловаться на него Теодориху. Первой такой зацепкой стало перенесение Симмахом дня празднования Пасхи в 501 году. Скрывая свои истинные цели, сторонники Лаврентия сразу же обратились с письменной жалобой на Симмаха к Теодориху (нам известно о существовании ряда других подобных документов, но, к сожалению, они до нас не дошли). По требованию короля Симмах прибыл в Аримин, узнал, в чем его обвиняют, и, беседуя с Теодорихом как с судьей, категорически отверг выдвинутые против него обвинения. В Риме его поджидали новые огорчения: будто бы он, нарушив все запреты, растратил церковное имущество. Его враги потребовали, чтобы король немедленно объявил о созыве Собора — который должен был начать суд над Папой — и назначил северо-итальянского епископа для проверки документации и проведения тщательного обыска. Все отвернулись от Симмаха; его, применив насилие, вынудили покинуть Латеранский дворец и, тем самым, старый Рим, после чего он вернулся в базилику св. Петра. Зимой 498 года вновь возникла кратковременная схизма. Получив согласие Папы Симмаха, Теодорих созвал требуемый Собор. Одновременно с этим он, несмотря на ожесточенное сопротивление провизантийской партии, поручил уже упомянутому выше епископу взять на себя вместо Симмаха, обвиняемого в столь тяжком преступлении, — управление римской Церковью. Ему было дано право исполнять в Риме обязанности Папы при условии строгого нейтралитета по отношению к обеим враждующим партиям; забегая вперед, скажем, что спустя весьма непродолжительное время этот епископ угодил в расставленные его врагами сети и Теодорих был вынужден сместить его с этого поста.
В начале июля 502 года состоялось первое заседание Собора, на котором присутствовал Симмах. Участники Собора высказались в его поддержку. Они отказались отдать Папу под суд, потребовав от короля устранения назначенного им епископа и возврата Симмаху отнятого у него имущества. Король отказался выполнить эти требования, сказав, что сначала нужно ответить на один вопрос: виновен Симмах или нет? И если они хотят обойтись при решении этого вопроса без судебного процесса, он не будет настаивать на нем, ибо участники Собора подотчетны в своих действиях только Богу. Однако Теодорих тут же добавил, что его совесть — и перед Богом, и перед людьми — будет чиста только в том случае, если члены Собора смогут убедить его в правильности принятого ими решения.
Возникшая ситуация привела к возникновению в Риме беспорядков, которые нарастали с каждым часом, в связи с чем участники Собора предложили королю либо перенести заседания из Рима в Равенну, либо приехать в Рим и принять участие в них. И вновь король отверг оба этих предложения, назначив второе заседание Собора на 1 сентября. Сторонники Лаврентия добились того, что на этом заседании было оглашено их обвинение, и потребовали выслушать показания рабов Папы как свидетелей обвинения. Тем временем волнения в Риме стали настолько сильными, что дальнейшая работа Собора оказалась невозможной: вызванный на заседание Папа чудом избежал гибели от рук своих врагов, в то время как многие его пресвитеры стали жертвами дикой толпы. После этого, несмотря на троекратный вызов и обещанную ему королем охрану, Симмах категорически отказался явиться на заседание Собора.
На третьем заседании, состоявшемся в середине сентября, епископы, оказавшиеся в большинстве — при ожесточенном сопротивлении меньшинства, — заявили, что при создавшейся ситуации они не в силах выполнить поставленную задачу и что дальнейшие заседания Собора также не смогут ее решить. Это — прерогатива короля, который должен прежде всего заботиться о сохранении порядка и мира в стране, и поэтому королю следует отпустить их домой, в свои епархии.
Однако Теодорих не согласился с такой постановкой вопроса. Едва сдерживая накопившееся раздражение, он ответил участникам Собора так: решение возникшей проблемы, скорее всего, затянется слишком надолго, если он будет заниматься ею единолично. И поскольку эта проблема является церковной, то он отныне дает им полную свободу действий; теперь у них есть одна, священная обязанность: при любых обстоятельствах всеми кажущимися им пригодными средствами — а он считает, что процесса над Папой так или иначе не удастся избежать, — обеспечить спокойствие и порядок в стране.