10 июля 1559 года король Генрих II скончался. Его преемником стал дофин Франциск, правивший как Франциск II, а Мария Стюарт отныне была королевой Шотландии и Франции. В Шотландии тем временем началась протестантская революция, которую безуспешно пыталась погасить вдовствующая королева Мария де Гиз, в 1554 году ставшая регентом Шотландии. Мария Стюарт не могла помочь матери, поскольку вдовствующая королева Екатерина Медичи, правившая Францией от имени своего сына, слабого характером и здоровьем, не хотела обострять отношения с Англией. 11 июня 1560 года Мария де Гиз скончалась, и вскоре протестанты победили. 6 июля 1560 года в Эдинбурге был подписан мирный договор, положивший конец противостоянию англичан и французов в Шотландии. Согласно одному из условий договора, шотландская королева Мария Стюарт должна была отказаться от претензий на английский престол и признать Елизавету I законной королевой Англии. Мария Стюарт отказалась утвердить договор. То был уже второй тревожный звонок после английских львов на супружеском гербе, гораздо более громкий…
5 декабря 1560 года Франциск II умер, не дожив совсем немного до своего семнадцатилетия. Его преемником стал десятилетний младший брат Карл, известный как Карл IX, а Марии Стюарт пришлось вернуться в Шотландию. Протестанты подготовились к ее приезду, законодательно оформив разрыв Шотландской церкви с Римом, а католики надеялись на то, что королева, подобно своей родственнице и тезке английской королеве Марии, вернет католичеству его былое величие.
Мария уподобилась капитану, которому во время шторма нужно было провести свой корабль между трех скал – радикальных протестантов во главе с одиозным женоненавистником Джоном Ноксом, умеренных протестантов, возглавляемых лордом Джеймсом Стюартом и государственным секретарем Уильямом Мейтландом, и католиков, лидером которых был Джордж Гордон, 4-й граф Хантли. Не следует думать, что католики стали надежной опорой для своей королевы-католички – в 1562 году граф Хантли поднял восстание, но был разбит Джеймсом Стюартом. Джеймс Стюарт был незаконнорожденным сыном короля Якова V от его главной фаворитки Маргарет Эрскин. На первых порах Марии Стюарт целиком полагалась на своего единокровного брата, который был горячим сторонником сближения Шотландии с Англией. Умеренные протестанты являлись главной политической силой в стране и ряды их постоянно росли за счет тех, кто отходил от партии радикальных протестантов (радикалы, выражаясь современным языком, были слишком «душными»).
Марии следовало развивать и укреплять отношения с умеренными протестантами, а заодно и с английской королевой Елизаветой, но она сделала «прыжок в сторону», выйдя 29 июля 1565 года замуж за Генри Стюарта, лорда Дарнли. Мать Генри Маргарита Дуглас была дочерью Арчибальда Дугласа, графа Ангуса, и Маргариты Тюдор, вдовы короля Якова IV Стюарта. Таким образом, по материнской линии Генри приходился Марии троюродным братом. Отец Генри, Мэтью Стюарт, 4-й граф Леннокс, был правнуком другой Марии Стюарт – дочери шотландского короля Якова II Стюарта.
Брак с Генри Стюартом имел два важных политических последствия. Во-первых, он оттолкнул от королевы умеренных протестантов, поскольку знаменовал выбор курса на самостоятельное правление. Во-вторых, он усугубил опасения Елизаветы – мало того, что строптивая Мария отказалась от союза с Англией и не желала признавать права Елизаветы на английский престол, так она еще и вышла за муж за потомка Генриха VII Тюдора и Якова II Стюарта. Ребенок, появившийся на свет от таких родителей, мог твердо претендовать и на шотландскую, и на английскую короны (и он в конечном итоге обе этих короны заполучил).
В августе 1565 года Джеймс Стюарт, тремя годами ранее получивший от Марии титул графа Морея, попытался поднять восстание, но Мария не дала пламени разжечься как следует, и Стюарт бежал в Англию. Разуверившись в протестантах, которые осмелились восстать против нее, Мария приблизила к себе католиков, но при этом старалась соблюдать определенный паритет. Большой ее ошибкой была благосклонность по отношению к незнатным людям и разным иностранцам – так королева пыталась создать некий «противовес», чтобы не зависеть от шотландской знати. Но «противовес» оказался недостаточно тяжелым, и вместо обретения самостоятельности Мария только разозлила своих лордов. А еще королеве стало понятно, что, поспешив выйти замуж за Генри Стюарта, она совершила крупную ошибку – Генри был родовит и хорош собой, но не умен и совершенно не годился на роль помощника в правлении. Единственным его достижением можно считать участие в появлении на свет сына Якова, будущего короля Шотландии и Англии.
