Однако, несмотря на всю политическую и государственную значимость этого первого успеха, Ёсимицу прекрасно понимал, что примирение двух императорских династий далеко не решает всех проблем, а главное — не может само по себе надежно гарантировать лояльность крупных феодалов в его собственном лагере, умерить их властолюбивые амбиции. Поэтому он решил провести ряд административных реформ, которые содействовали бы усовершенствованию государственно-административной системы, структуры политической власти и тем самым могли бы удовлетворить хоть в какой-то мере честолюбивые устремления не в меру тщеславных феодалов.
С этой целью была введена должность вице-сёгуна, или первого министра при сёгуне (канрё), которую попеременно занимали представители трех крупнейших феодальных домов — Сиба, Хосокава и Хатакэяма. Все они принадлежали к правящему клану на правах его боковых ветвей. И тем не менее даже они могли представлять скрытую оппозицию сёгуну, и Ёсимицу вынужден был с этим считаться. В новой администрации пост вице-сёгуна имел ключевое значение, поскольку тот, кто занимал эту должность, не только выступал своего рода посредником между сёгуном и влиятельными феодальными домами, но фактически руководил всей деятельностью военного правительства. По существу, это были те же регенты (сиккэны), что и при сёгунате Камакура, с той, однако, разницей, что тогда эту должность монополизировал дом Ходзё, а теперь на аналогичный пост назначались представители трех феодальных династий.
В системе правительственных служб особо важное место занимали три главных ведомства — административное (мандокоро), судебное (мондзюсё) и военное (самураидокоро). Первое ведало общими вопросами управления, в том числе финансами, на второе были возложены судебные и законодательные функции, включая дела, связанные с земельными отношениями, третье занималось делами самураев и исполняло военно-полицейские обязанности, обеспечивая, в частности, охрану столицы и общий порядок в ней. Это был самый важный правительственный орган, руководитель которого, министр (сёси), являлся одновременно и военным губернатором столичной провинции Ямасиро. Понятно, что этот пост могли попеременно занимать представители достаточно влиятельных феодальных домов, которые находились в особо доверительных отношениях с сёгуном, таких, например, как Ямана, Акамацу, Кёгоку и Иссики. Наряду с тремя самыми сильными и могущественными феодальными магнатами, которые удерживали в своих руках пост вице-сёгуна, эти феодальные дома тоже входили в небольшую группу феодалов, допущенных к кормилу правления.[18]
Большое внимание Ёсимицу уделял усовершенствованию системы военно-полицейского управления на местах, усилению контроля за провинциями. Он ясно осознавал, что от этих отношений в огромной мере зависят политическая стабильность в государстве, прочность центральной власти и благополучие самого сёгуна. Осуществление политики сёгуна и центрального правительства на местах возлагалось на востоке страны на генерал-губернатора района Канто, который именовался «Канто канрё» и находился в городе Камакура, а на юго-западе страны — на наместника сёгуна на Кюсю («Кюсю тандай») с местом пребывания в городе Хакага, на севере острова.
Кроме того, за общественный порядок в каждой провинции отвечали своего рода начальники полиции (сюго), которые назначались на эти должности правительством сёгуна и призваны были осуществлять военно-полицейские функции на местах как его представители. Часто они активно вмешивались в управление провинциями. Обычно на каждую провинцию приходился один такой сюго, но бывало, что его власть распространялась на две, а то и большее число провинций.
Сёгунат и все его службы внимательно следили за тем, чтобы на местах феодалы не наращивали свою военную мощь, что неизбежно могло повлечь за собой изменение соотношения сил между оппозиционно настроенными феодалами и сёгунатом, а это, в свою очередь, привело бы к резкому ослаблению центральной власти. Не доверяя полностью той информации, которая поступала с мест от своих же военных губернаторов, сёгун совершал частые инспекционные поездки, разъезжая по городам и весям. Посещая для видимости святые места, буддийские и синтоистские храмы и монастыри, Ёсимицу в сопровождении многочисленной свиты, добрую половину которой составляли профессиональные шпионы, старательно высматривал, какой реальной военной и экономической мощью обладает тот или иной феодал и насколько он опасен ему, Ёсимицу.
