В большей мере эта проблема проявилась уже в Омске, где командовать адмиралу приходилось сухопутными войсками, в которых он разбирался куда меньше. „В результате Колчак слишком часто доверял амбициозным генералам. Даже один из деятелей белого Омска Георгий Гинс в своих воспоминаниях написал, что в какой-то момент мы наблюдали, как Колчак слушал своих генералов, и поняли, что у нас нет Верховного главнокомандующего“.
Колчак не хотел разбираться и в причинах произошедшей революции. „Это, кстати, одна из причин поражения белых. Если у красных старались стереть некую грань между рядовыми и командиром, то у белых эта кастовость и сословность была очень сильной“.
Очень консервативно Колчак вёл и национальную политику: Финляндии он за помощь в борьбе с большевиками предложил рассмотреть вопрос их автономии, но только после окончательной победы „правительственных войск“ над большевиками и после последующего избрания нового состава Учредительного собрания, которое бы и рассмотрело вопрос о Финляндии.
В целом, считают историки, в рядах белых царила неразбериха.
Белые деятели в своих дневниках отмечали, что в Омске при Колчаке царят „мексиканские нравы“, южноамериканская атмосфера. Это тоже одна из причин поражения белых, так как зачастую на местах казаки и генералы не всегда подчинялись центру и проводили свою политику. Способствовало этому и свержение Директории — Временного Всероссийского правительства, образованного 23 сентября 1918 года в Уфе в результате компромисса антибольшевистских сил востока России (был упразднён после переворота 18 ноября 1918 года в Омске). Всё это, по сути, раскололо белые силы.
Разумеется, Колчак как признанный лидер белого лагеря Гражданской войны ответственен и за те преступления, которые совершались на подконтрольной его режиму огромной территории его подчинёнными или по его приказам. Были среди них и массовые убийства. Шла бескомпромиссная Гражданская война, стороны которой использовали все возможности для ослабления и уничтожения врага, в том числе казни пленных и заложников, беспощадную борьбу с партизанами и поддерживавшим их населением. Но то же самое, вероятно, в более широком масштабе относится и к советским лидерам, которых никто на этом основании юридически не осуждает.
По мере успехов армий Колчака, а они, достигнув Урала, уже подходили к Волге, почти все региональные белые правительства признали его Верховным правителем России. В Омске с нетерпением ждали, когда Колчака официально признают антантовские союзники. Но признания так и не последовало. Военное счастье изменило Колчаку: на своём Восточном фронте красные начали успешно наступать. Этим воспользовались временщики и просто бесчестные люди. Их было немало в окружении адмирала, да и в Омске правила мафия хищников и коррупционеров. „Людей, — в отчаянии взывал к окружению Колчак, — дайте, дайте мне людей!“
Уже к осени 1919 года омская власть вела войну фактически на два фронта. С запада наступала 5-я армия, на востоке, в тылу, разгоралась партизанская война, руководимая эсерами. В ноябре 1919 года правительство, а за ним и Колчак, покинули Омск. Но когда поезд Верховного правителя подходил к Иркутску, оказалось, что город уже в руках Политцентра — органа, совместно созданного эсерами, меньшевиками и большевиками. Чехи и союзники стремились теперь только к одному: поскорее эвакуироваться из России…
По соглашению, заключённому между представителями союзников и Политцентра, Колчак и находившийся при нём золотой запас были переданы Политцентру, а он, со своей стороны, обязался обеспечивать движение союзных и чешских эшелонов на восток. В окружении Колчака возник план ухода в Монголию. Но уходить, как оказалось, было не с кем: личный конвой таял на глазах. Последнее, что оставалось, — переодеться в солдатскую шинель и затеряться в одном из чешских эшелонов. Колчак отверг такой план.
15 января 1920 года чехи его арестовали и передали Политцентру. Чрезвычайная следственная комиссия Политцентра начала допросы, и пока они шли, власть в Иркутске перешла к большевистскому Временному революционному комитету — ВРК. Тем временем к Иркутску приближались сохранившие боеспособность части колчаковской армии под командованием генерала Войцеховского. Они выдвинули ультиматум: если им выдадут Колчака, они обойдут Иркутск. Находившаяся в одной тюрьме с Колчаком его гражданская жена А. В. Тимирёва сумела сообщить ему об ультиматуме. На это адмирал ответил: это лишь ускорит развязку.
Причиной смерти некоторые историки называют личное секретное указание В. И. Ленина, опасавшегося его освобождения спешащими на подмогу войсками Каппеля.
