Сказав это, Ленин углубился в какие то исписанные им листы бумаги на письменном столе. Но потом, вдруг обернувшись ко мне, произнёс: „Вообще, к интеллигенции, как вы, наверное, уже знаете, я большой симпатии не питаю. И наш лозунг „Ликвидировать безграмотность“ отнюдь не стоит трактовать как стремление к нарождению новой интеллигенции. Ликвидировать безграмотность следует лишь для того, чтобы каждый крестьянин, каждый рабочий мог самостоятельно, без чужой помощи читать наши декреты, приказы и воззвания. Цель вполне практическая — только и всего“».
Оппозиционно настроенных учёных и профессоров было решено депортировать. Бывший член Помгола Прокопович и его жена Елена Кускова были высланы за границу ещё в июне. К 10 августа Государственное политическое управление (ГПУ) при НКВД РСФСР составило три списка людей, рекомендованных к депортации: московский, петроградский и украинский. Попавшие в них представители научной и творческой интеллигенции, согласно декрету ВЦИК, подлежали высылке «за границу или в определённые местности РСФСР в административном порядке».
Эта спецоперация советской власти проходила под контролем и по указанию её вождя, отдавшего роковое распоряжение 19 мая 1922 года. За три дня до того, как перенёс первый инсульт.
«т. Дзержинский!
К вопросу о высылке за границу писателей и профессоров, помогающих контрреволюции. Надо это подготовить тщательнее. Без подготовки наглупим…
Всё это явные контрреволюционеры, пособники Антанты, организация её слуг и шпионов и растлителей учащейся молодёжи. Надо поставить дело так, чтобы этих „военных шпионов“ изловить, и излавливать постоянно, и систематически и высылать за границу.
Прошу показать это секретно, не размножая, членам Политбюро, с возвратом Вам и мне, и сообщить мне их отзывы.
Ленин».
Обыски в домах у «инакомыслящих» проводились с 16 по 18 августа, все, кто по мнению ГПУ мог скрыться, были арестованы. В конце месяца газета «Правда» опубликовала итоги «подготовки к избавлению» от русской интеллигенции. В статье сообщалось, что «по постановлению Государственного политического управления наиболее активные контрреволюционные элементы из среды профессуры, врачей, агрономов, литераторов, высылаются частью в северные губернии России, частью за границу». При этом ни одного имени в газете названо не было, но отмечалось, что среди высылаемых «почти нет» крупных учёных.
Далее следовал вывод, что принятое советской властью решение будет радостно встречено русскими рабочими и крестьянами, «которые с нетерпением ждут, когда наконец эти идеологические врангелевцы и колчаковцы будут выброшены с территории РСФСР».
Последним штрихом к подготовке операции по выселению стали обыски среди «антисоветского студенчества», в результате которых были арестованы 15 человек.
Первый пароход с «инакомыслящими» вышел из Одессы в Константинополь 19 сентября 1922 года. На его борту находилось 17 человек из украинского списка, включая историка Антония Флоровского и физиолога Бориса Бабкина. Через четыре дня Россию покинули ранее отстранённый от преподавания социолог и культуролог Питирим Сорокин и экономист Алексей Пешехонов. Также осенью на поезде Москва — Берлин уехал русский философ Фёдор Степун с женой.
29 сентября 1922 года из Петрограда в Штеттин отплыл пароход «Обер-бургомистр Хакен», на борту которого находилось около 70 представителей русской интеллигенции и членов их семей. Значительную часть депортационных списков составляли учёные-гуманитарии, в частности философы, поэтому весь процесс переселения «контрреволюционеров» за границу или в отдалённые районы советской России получил название «Философский пароход». Среди уезжавших были философы Николай Бердяев, Семён Франк, Сергей Трубецкой, Иван Ильин, Борис Вышеславцев, Александр Кизеветтер, Михаил Осоргин, Михаил Новиков, а также профессор МВТУ Всеволод Ясинский. 16 ноября по тому же маршруту отправился пароход «Пруссия», на котором принудительно уезжали из России философы Николай Лосский, Лев Карсавин, Иван Лапшин и ещё около 40 человек. 16 ноября отправился корабль «Пруссия», 18 декабря — итальянский пароход «Жанна» из Севастополя.
Больше половины из высланных во второй половине 1922 года «контрреволюционных элементов» составили люди гуманитарных профессий — педагоги, писатели, журналисты, экономисты, юристы. На пяти пароходных рейсах были высланы, по разным сведениям, от 228 до 272 «инакомыслящих» — профессора-философы Николай Бердяев, Сергей Булгаков, Михаил Осоргин, Питирим Сорокин, Сергей Трубецкой и ещё восемнадцать, а также писатели, журналисты, инженеры и другие деятели культуры, искусства и науки.
