Мальков взял машину, поехал на Лубянку и привёз Каплан в Кремль. Через некоторое время его снова вызвал Аванесов и предъявил постановление ВЧК: «Каплан расстрелять. Приговор привести в исполнение коменданту Кремля Малькову».
— Когда? — уточнил Мальков.
— Сегодня. Немедленно.
— Есть!
— Где, ты думаешь, лучше?
— Пожалуй, во дворе автобоевого отряда. В тупике.
Следом стал вопрос, где хоронить. На этот счёт было получено указание Свердлова:
— Хоронить Каплан не будем. Останки уничтожить.
Чтобы не привлекать внимание случайных прохожих, Мальков приказал выкатить несколько грузовиков и запустить двигатели. В тупик он велел загнать легковушку радиатором к воротам и поставить вооружённых латышей. В ходе подготовки к расстрелу Малькову попался Демьян Бедный, с которым он дружил. Узнав о предстоящей экзекуции, Демьян Бедный напросился в свидетели. Подумав, Мальков согласился. Ведь Демьян был по образованию фельдшером, мог пригодиться.
Фанни находилась в помещении Кремля и ни о чём не догадывалась. Она не удивилась, когда к ней вошёл Мальков, вывел наружу и приказал: «К машине!» Прозвучала ещё какая-то команда, но Фанни её не расслышала. Взревели моторы грузовиков и легковушки. Фанни шагнула к легковушке, и тут загремели выстрелы. Лично Мальков расстрелял в Фанни всю обойму. Демьяну Бедному пришлось составить акт о наступлении смерти. Он держался бодро. Потом его попросили помочь засунуть ещё тёплый труп в бочку и облить бензином. Мальков никак не мог зажечь отсыревшие спички, и Демьян предложил свои. Наконец, костёр вспыхнул. Когда запахло горелым человеческим мясом, Демьян упал в обморок.
— Интеллигенция, — усмехнулся Мальков и пошёл докладывать о выполнении задания. От Свердлова палач получил благодарность.
4 сентября 1918 года газета «Известия ВЦИК» шла нарасхват. Ажиотаж был из-за нескольких строчек в ней:
«Вчера по постановлению ВЧК расстреляна стрелявшая в тов. Ленина правая эсерка Фанни Ройд (она же Каплан)».
Простой народ ликовал. Бывшие же политкаторжане увидели в этом расстреле нарушение высочайших принципов, за которые они боролись. Мария Спиридонова послала Ленину письмо, в котором говорилось: «И неужели, неужели Вы, Владимир Ильич, с Вашим огромным умом и личной безэгоистичностью и добротой, не могли догадаться не убивать Каплан? Как это было бы красиво и благородно и не по царскому шаблону, как это было бы нужно нашей революции в это время всеобщей оголтелости, остервенения, когда раздаётся только щёлканье зубами, вой боли, злобы или страха и… ни одного звука, ни одного аккорда любви».
И что же Ленин? По свидетельству очевидцев Надежда Константиновна страшно тяжело переживала расстрел Фанни Каплан, она плакала. А Ленин мрачнел и не хотел говорить на эту тему. И понятно, почему. Он-то знал, что невинная душа этой бедной молодой женщины была принесена в жертву политической целесообразности спасения советской власти.
«Споры о том, что произошло 30 августа 1918 года, не утихают до сих пор. Версии выдвигаются одна фантастичнее другой: пули, попавшие в Ленина, были отравленными; убийство заказал Яков Свердлов, метивший на роль вождя; это была инсценировка, чтобы начать красный террор, Ленин договорился с чекистами, что те выстрелят в воздух, а он „театрально“ упадёт на землю… Порой доходит до абсурда — например, что покушение было местью Каплан за неудавшийся роман с Дмитрием Ульяновым…» — так президентская библиотека имени Б.Н.Ельцина предваряет на своём портале оцифрованные официальные материалы, связанные с покушением на заводе Михельсона.
В 1992 году растущее число вопросов к официальной версии перешло в новое, юридическое качество: Генеральная прокуратура России, «рассмотрев материалы уголовного дела № Н-200 по обвинению Ф.Е.Каплан», возобновило производство по нему с формулировкой «по вновь открывшимся обстоятельствам».
В постановлении о возобновлении скрупулёзно перечислены обнаруженные упущения: «Следствие проведено поверхностно. Не были проведены судебно-медицинская и баллистическая экспертизы; не допрошены свидетели и потерпевшие; не произведены другие следственные действия, необходимые для полного, всестороннего и объективного расследования обстоятельств совершённого преступления…»
Василий Малинин, автор очерка в журнале «Загадки истории», принимавший участие в расследовании Генеральной прокуратуры, пишет: «В самом Деле № 2162, которое расследовалось, о покушении на Ленина 30 августа 1918 г. отсутствуют листы 11, 84, 87, 90 и 94». Кто и когда изъял эти листы, непонятно. По всей видимости, человек, обладавший большой властью и боявшийся, что со временем правда будет обнаружена.
