Уже в первый день дивизии Войска Польского заблокировали украинские села. Части пограничных войск НКВД СССР перекрыли границу на востоке и на юге страны. Чехословацкая граница также была закрыта.
Войска окружили населенные пункты. В небе кружили самолеты и сбрасывали листовки. Тем, кого выселяли, давали на сборы, как правило, от 2 до 5 часов на укладку наиболее необходимых вещей и продовольствия. Люди перемещались под военным эскортом первоначально на так называемые сборные пункты.
С целью переселения польские власти заблаговременно поделили украинское население на три категории: А, В, С.
В первую категорию «А» входили лица, связанные с УПА. Их, как правило, арестовывали на месте. На протяжении двух недель польские следователи буквально выбивали из людей признания и показания. Признавшихся ожидал приговор военного трибунала, который был создан специально на время проведения операции «Висла». По его решениям было казнено 173 человека.
Тех, кого не удавалось сломить, отправляли на железнодорожные станции. Тут формировались транспорты, высылаемые в транзитные пункты, находившиеся в Люблине и Освенциме. Оттуда эшелонами их оправляли дальше. Только со станции «Освенцим», по неполным данным, в период с 19 мая по 23 июня 1947 года было отправлено 269 транспортов с депортированными украинцами.
После мая 1947 года УПА утратила всякое преимущество в инициативе; она была вынуждена реорганизоваться в малые отряды автономно действовавших сотен и чет, ибо куренная система развалилась. Связь и координация действий между отрядами были сильно осложнены, некоторые формирования вообще уничтожены. Большинство бункеров попало в руки правительственных войск, подступы к населенным пунктам перекрывались, что лишало боевиков источников существования.
Всего во время первого этапа операции «Висла» погибло более 900 боевиков, еще больше взято в плен. Несколько групп общей численностью до 200 бойцов перешли польско-чехословацкую границу и с боями пробились в американскую оккупационную зону в Германии и Австрии. Отряд в 100 человек перешел на территорию УССР, где влился в состав УПА-Запад. В Закерзонье остались отдельные разрозненные группы по 15–25 повстанцев и боевики, которые действовали почти автономно.
Таким образом, за время первого этапа операции все этнические украинцы были депортированы из приграничных с Советским Союзом земель и оставшиеся там бандеровцы лишились поддержки местного населения. После этого против них были начаты боевые действия на уничтожение. Курени «Байды» и «Рена», в результате боев, по оценкам польской стороны, потеряли до 80 % личного состава, а их остатки были вытеснены с территории ПНР в Чехословакию и частично в СССР. Сотни (роты) куреня «Зализняка» сократились до 15–25 человек, одна сотня была ликвидирована полностью.
Первую часть операции «Висла» поляки закончили в назначенное время — к 31 июля 1947 года. Всего к тому времени было уничтожено 623 боевиков ОУН-УПА, 796 взято в плен и 56 сдалось добровольно.
Во время второго этапа операции главный район боевых операций сместился на юг Люблинского воеводства. Главными задачами правительственных сил на этом этапе были депортация украинского населения и уничтожение отдельных отрядов УПА в оперативном районе «Бастион», где действовал батальон «Зализняк».
18 сентября 1947 года место дислокации батальона было обнаружено поляками, которые тут же атаковали и захватили его. Глава ОУН Ярослав Старух (псевдоним Стяг) и штабные работники покончили жизнь самоубийством в бункере. Командующий УПА Закерзонья Мирослав Онишкевич (псевдоним Орест) был арестован в Польше спустя четыре месяца. Ликвидация отдела «Зализняк» и руководителей УПА поставило жирную точку существования бандеровского движения на территории Польши.
Итоги операции «Висла» были весьма внушительными. За три месяца ее проведения на север и запад Польши были принудительно переселены более 140 тысяч украинцев. Официальные польские источники оценивают потери ОУН-УПА за период 1944–1947 гг. в четыре тысячи человек. Из этих четырех тысяч примерно полторы тысячи — бойцы УПА, остальные — члены ОУН и сочувствующее им «мирное» население. Польские потери составили 2196 человек, в том числе 997 военнослужащих, 600 милиционеров, 599 гражданских лиц.
Структуры УПА и ОУН(б) в Польше были формально распущены Р. Шухевичем как «полностью утраченные» в начале осени 1947 года. Последний из командиров М. Онишкевич («Орест», «Богдан», «Билый») был взят живым вместе с архивом 2 марта 1948 года.
Но борьба с украинскими националистами, оказавшимися за рубежом СССР, велась не только на территории Польши, но и в Чехословакии, куда постоянно вторгались отдельные рейдовые отряды Украинской повстанческой армии. На первых порах задача борьбы с ними обычно решалась силами частей МВД «Страж Народни Беспечности». В тех случаях, когда они не могли справиться с боевиками, в помощь им выделялись специальные подразделеия, сформированные из бывших чехословацких партизан и армейских частей.