После отставки Выговского новым гетманом, несмотря на юный возраст, все же был избран сын Богдана Хмельницкого Юрий Хмельницкий. Он родился в Суботове в 1641 году, долгое время проживал с матерью в родовом имении. По воспоминаниям современников, он не был лидером и не стремился к власти. Но она его настигла сама. Когда в 1658 году Выговский заключил с поляками Гадячский договор, Юрий Хмельницкий послал в Запорожье доверенного слугу своего отца, Ивана Брюховецкого, и просил запорожцев поддержать его кандидатуру на гетманство. На Раде, собранной возле Белой Церкви, Юрий Хмельницкий был провозглашен гетманом единогласно. Вслед затем на Раде, состоявшейся близ Ржищева, было постановлено ходатайствовать перед русским царем о расширении прав малорусского народа, в смысле усиления гетманской власти и утверждения самостоятельности малорусской церковной иерархии.
Русский воевода князь Трубецкой не принял этого ходатайства и потребовал созвать новую Раду в Переяславле, где снова был избран гетманом Юрий Хмельницкий. Но на этот раз российская администрация его сразу вынудила подписать так называемые Переяславские статьи, сильно ограничивавшие власть гетмана и автономию Украины. После этого положение нового гетмана стало чрезвычайно трудным ввиду предстоявшей войны с Польшей и разлада между старшиной и народом внутри сомой Малороссии.
Для того чтобы доказать свою силу, Юрий Хмельницкий решил провести военно-политическую акцию и занял столицу Чигирин, где находились склад казацкой артиллерии и казна бывшего гетмана Выговского. На некоторое время этот небольшой город становиться центром гетманской власти на землях Малороссии.
В 1660 году боярин Василий Борисович Шереметев выступил с большим отрядом из Киева против Польши. Юрий должен был принять участие в этом походе и шёл с казаками за русским войском. Но казаки не спешили, и вскоре русская армия была остановлена под Любаром, где воевода занял оборону, намереваясь дождаться подхода отрядов Юрия Хмельницкого. Но вскоре стало ясно, что Хмельницкий не придет. Тогда Б.П. Шереметев начал отвод своей армии к Чуднову, где рассчитывал соединиться с гетманом. Но на пути отхода под местечком Чудновым русские войска были окружены польско-татарской конницей. После этого поляки с татарами двинулись против гетмана и осадили его отряды под Слободищем.
Сын Богдана Хмельницкого оказался ненадежным союзником. Под давлением группы правобережных полковников во главе с генеральным обозным Тимофеем Носачом Юрий 15 октября вступил в переговоры с поляками и сдался им в плен, и даже принес присягу на верность королю. Капитуляция гетмана катастрофически сказалась на положении русской армии Шереметева, и 4 ноября она также капитулировала.
Когда слух о подданстве Юрия полякам распространился на левом берегу Днепра, дядя гетмана Яким Сомко поднял там казацкие полки. Борьба между ним и Юрием Хмельницким продолжалась с переменным успехом в течение всего 1661 года. Летом 1662 года Юрий Хмельницкий осадил Сомка в Переяславле, но на помощь тому двинулись русские полки из Слободской Украины под начальством князя Григория Ромодановского. Юрий решил отступить за Днепр и 16 июня в битве под Каневом потерпел сильное поражение от войск Сомка и Ромодановского.
В конце 1662 года Юрий Хмельницкий созвал в Корсуне Раду, отказался от гетманства и решил постричься в монахи. Он был пострижен в Корсунском монастыре и получил имя Гедеона. Затем по обвинению в заговоре казацкой старшины он был в 1664 году арестован, отвезен во Львов и посажен в крепость, откуда его освободили только в 1667 году.
Но в 1676 году, когда Пётр Дорошенко отказался от гетманства и отдался под власть России, на его место Турция решила поставить гетманом Юрия Хмельницкого, который к тому времени сбросил с себя монашескую рясу и сопровождал турецкое войско.
В 1678 году Чигирин был взят турками и разрушен, а русские войска ушли за Днепр. Правобережная Украина была разорена вконец. Юрий Хмельницкий поселился в Немирове и правил под надзором турецкого паши. В 1681 году Юрий Хмельницкий был отстранен от гетманства. На его место был назначен молдавский господарь Дука, но в конце 1683 года он был захвачен в плен поляками, а на его место снова был назначен Юрий Хмельницкий.
Но постоянные бесцельные казни и угнетения народа заставили турецкого пашу арестовать Юрия. В конце 1685 года он был привезён в Каменец-Подольский, приговорен к смертной казни, задушен, а труп его брошен в воду.
