Однако после того, как Россия заключила в 1667 году с Польшей Андрусовское перемирье на 13 лет, Брюховецкий также начал бунтовать против Москвы. В истории Украины записано: «
Петр Дорошенко
В 1665 году казаки гетманом Правобережной Украины выбрали Петра Дорофеевича Дорошенко. Он родился в 1627 году в Чигирине и получил хорошее по тому времени образование. Будучи реестровым казаком, Дорошенко выдвинулся в ряды казацкой старшины во время восстания Хмельницкого 1648–1654 годов против Речи Посполитой. Был при правлении гетманов Богдана Хмельницкого и Ивана Выговского прилуцким и позднее черкасским полковником. Он участвовал в подавлении восстания 1657–1658 годов против гетмана Ивана Выговского и Речи Посполитой, руководимого Мартыном Пушкарём и Яковом Барабашем. При гетмане Павле Тетере с 1663 года — генеральный есаул в правобережном войске. После бегства разбитого Дрозденко Тетери гетманство попытался захватить Степан Опара, поддерживаемый крымскими татарами; но последние скоро открыли его сношения с Дрозденко, захватили его в плен и предложили бывшим под его начальством казакам признать гетманом Дорошенко.
До 1665 года все население Слободской Украины было освобождено от всяких податей, но в последующем постепенно начало вводиться налоговое бремя. Правда, за верную службу отдельные казачьи полки (территории), в частности казаки Острогожского полка, от этих налогов освобождались.
В 1668 году во всех городах Левобережной Украины начали бить московских воевод, выгонять солдат «и уничтожать все следы московской власти». В этой борьбе Брюховецкий решил соединиться с гетманом Правобережной Украины Дорошенко. Но когда оба гетмана встретились, несколько казаков, которые враждовали с Брюховецким, набросились на него и убили (История Украины. Львов, 1991. С. 96–97).
Дорошенко «вскоре повел борьбу с Польшей и освободил из-под ее гнета Правобережную Украину. Но Москва и Польша, не желая возрождения украинской государственности, подписали в 1667 году Андрусовское соглашение, в соответствии с которым Левобережная Украина оставалась под властью московского царя, а Правобережная (кроме Киева) — польского короля. Запорожская Сечь должна была находиться под властью обоих государств. Этим, по выражению Дорошенко, «государи на части разорвали Украину» и положил конец надеждам запорожских казаков на полное объединение их края.