Драгоманов вспоминал: "В Галичині комедія з нігілізмом і соціалізмом стала тим жвавішою, що там у 1877 р. лучились два судові процеси проти соціалістів, кількох українців і одного поляка, прокураторія зробила кілька обшукань по хатах у русинів і навіть у деяких товариствах… Звісно, як деморалізована публіка галицька, польська й руська. Всі партії й партійки кинулись доносити одні на одних: ти, ви, мовляв, джерело соціалізму й нігілізму!.. Після арештів у Львові духовні сини церкви Шевченка так і такими словами почали одхрещуватись од нігілізму, соціалізму й революції і від тих, кого в ній обвинувачувано, одхрещувались раніше, ніж іще сказала своє слово прокураторія, що зарані передавали в руки прокураторії земляків своїх".
"Багато відомих у майбутньому громадських і культурних діячів пройшли Драгоманівську школу — і, слід сказати, школу вельми сувору. Так, І. Франко у листі до А. Кримського від 26 вересня 1898 р. писав: "Без сумніву, великий вплив мав на мене покійний Драгоманов, але вплив дуже своєрідний, більш негативний, як позитивний. Спеціально як белетрист я майже нічого не скористав від нього; він, бачилось, не звертав уваги на мою белетристику, а коли де на що й звертав увагу, то тільки лаючись. Посередньо і безпосередньо він пер мене до публіцистики, але й тут не любив думок інших, крім своїх власних. Ресумуючи все, що лишилося мені в пам’яті з його впливу, я сказав би, що він не був для мене батьком, добрим, ласкавим і вирозумілим на хиби поводирем, а радше батогом, що без милосердя, не раз несправедливо, а завжди болюче цьвігав мене. Се була важка школа, тяжча, як у дрогобицьких василіан".
Дрогобычские монахи-василиане были христианами, а Драгоманов — атеистом. Его атеизм брал начало еще с гимназической скамьи: самоуверенный гимназист никак не мог отстать от духа времени. Не менее самоуверенным был и студент, который не желал видеть никаких других мировоззрений, кроме своего. Отсюда его беспардонные обобщения: "Як усі російські студенти, ми були вільнодумці. Дехто з нас, що спеціально занімався історією, починали історично студіювати й релігії, в тім числі християнство… Вся наша атмосфера, яка проступала при всяких справах літературних, наукових, політичних, про які ми розмовляли, була рішуче вільнодумна, нехристиянська".
В своих антихристианских штудиях он широко использовал безбожные "надбання" своих предшественников. Например: "Поему Шевченка "Марія" я надрукував 1882 р. окремою брошуркою в оригіналі, але латинськими літерами, переважно для тих українців у Галичині та частково і в Росії, які не знають так званого кириличного алфавіту і залишаються цілком без українського читання з боку патріотів-русинів, які вважають русинами лише православних та уніатів, а потім перевидав у великоросійському перекладі 1885 р. У пояснювальних примітках до нової поеми, в якій Шевченко опрацював у своєрідній раціоналістичній формі євангельську легенду, я спробував популярно викласти наслідки світської історико-літературної критики Нового заповіту і палестинської цивілізації". Если кто-то из очень наивных людей считает эту поэму христианской, то Драгоманов прекрасно понимал, "що в поемі "Марія" Шевченко виступив за границю не тільки ультрамонтанства або католицтва, а й християнства!"
Свои религиоведческие познания "научный" атеист желал использовать для манипуляции духовной жизнью "темного" украинского народа. "Інтерес до історії релігій та церков супроводжував усю творчість ученого… Концептуальною основою драгоманівської реконструкції минулого української церкви була запропонована ним модель "української реформації", яка була складовою його національної історіософії. Михайло Петрович наголошував, що "українська історія ще більш обірвана, ніж московська, бо в ній нема навіть і поступу національного збору, й краєвої непідлеглості". У межах його загальної схеми доля реформаторських тенденцій в українському суспільно-політичному та духовному житті XVI — початку XVII ст. розглядалася як складова цього відриву від провідних загальноєвропейських тенденцій. Отже, можемо говорити про розуміння М. Драгомановим національних паростків реформаційних процесів як "обірваної реформації" в Україні… Михайло Петрович акцентував ті складові національної минувшини, які несли потенціал демократичних змін. Відповідно до цього він демонстрував власне прочитання церковної історії України, її позитивних і негативних рис, намагаючись "відділити національні та привнесені ззовні традиції, чітко наголошуючи на умовності такого погляду". "Четкая условность" — это что-то наподобие "условной четкости".
