Однако обстановка на фронтах и в первую очередь наступление Деникина на Москву требовали сосредоточения всех усилий на Южном фронте, что, следовательно, затягивало решение проблем в Туркестане. 13 октября, накануне отбытия Куйбышева из Астрахани, Туркестанский фронт получил телеграмму Ленина: «Директива Цека: ограбить все фронты в пользу Южного. Обдумайте экстреннейшие меры, например, спешную мобилизацию местных рабочих и крестьян для замены ими ваших частей, могущих быть отправленными на Южфронт. Положение там грозное»[116].
Соответственно изменялись и задачи Туркестанского фронта. Ленин как председатель Совета Труда и Обороны телеграммой от 18 октября потребовал сосредоточить усилия Туркфронта не на Туркестане, а на ликвидации угрозы со стороны уральских белоказаков[117]. Ближайшая задача, поставленная перед Туркестанским фронтом его командующим, состояла в том, чтобы отбросить противника к югу от реки Урал и оттеснить его в безлюдные степи Прикаспия.
В течение октября боевые действия на этом направлении шли с переменным успехом, но в начале ноября Туркестанский фронт перешел в наступление. Одновременно вооруженные силы Советского Туркестана должны были занять Красноводск, который служил базой английских интервентов и белогвардейцев и через который обеспечивалась связь с их силами на Кавказе.
На первом заседании Турккомиссии 20 октября (еще в Самаре) на Куйбышева были возложены обязанности по руководству партийными организациями и формированию вооруженных сил Советского Туркестана. Ему предстояло навести порядок в местных военных учреждениях и воинских частях на тех же принципах, которые были установлены в РККА. Как на члена Реввоенсовета Туркфронта на него также возлагалось обязанность в случае необходимости брать на себя военное командование.
В Ташкент 23 октября 1919 года была направлена большая часть членов Турккомиссии (кроме Фрунзе, который продолжал руководить действиями на фронте против уральских белоказаков). Фактически до перебазирования в Ташкент штаба Туркфронта руководство решением основных задач государственного и военного строительства в Туркестане, как и руководство боевыми действиями, легли на плечи Куйбышева как члена Турккомиссии и Реввоенсовета Туркфронта и Ф.Ф. Новицкого, заместителя командующего войсками Туркфронта.
4 ноября Куйбышев вместе с остальными членами комиссии добрался до Ташкента, и сразу приступил к работе. 5 ноября он выступил с приветственной речью перед выпуском местных курсов красных командиров, подчеркнув ту задачу, которую им всем вместе предстояло решить – построить Туркестанскую Красную армию на тех же основаниях, что и в РСФСР.
И среди первых задач, которые предстояло решить на этом пути, – не только свести полупартизанские формирования с неясной подчиненностью в регулярные части и соединения, но и определиться с ролью местного мусульманского контингента в вооруженных силах.
Была проведена реорганизация вооруженных сил в Туркестане. Приказом РВС Туркестанского фронта № 1 от 11 ноября 1919 года вместо Реввоенсовета Туркестанской республики был создан РВС Туркестанских войск, подчиненный РВС Туркфронта. Соответственно политотдел РВС Туркреспублики был реорганизован в политотдел РВС Туркестанских войск. В рамках этого политотдела был создан национальный подотдел, нацеленный на партийное руководство и политическое воспитание как мусульманских частей РККА, так и трудового населения в прифронтовых районах.