Тринадцатого июня 1580 года, приняв, что военные действия и вправду могут потребоваться, если он хочет стать правителем Лиссабона, Филипп созвал войско из 20 000 пехотинцев и 1500 конных под командованием уже пожилого, но всегда готового повоевать герцога Альбы. Спустя две недели Альба отдал войску приказ перейти границу Португалии. В составе его войска было множество повозок; не исключено, что это первое в истории массовое применение данных транспортных средств в ходе военной кампании‹‹478››. Колесные повозки в те дни использовались редко, разве что в больших городах, и даже в последних считались «германским поветрием»‹‹479››. Вообще коляски и прочие экипажи (coach) воспринимались как нечто загадочное, мадьярское, поскольку само слово восходило к венгерскому kocsi.
Несмотря на поражение на Азорских островах, приор Антониу объявил себя королем Португалии. Не вмешайся Филипп, Антониу наверняка основал бы новую королевскую династию. Основные города страны, Сетубал, Сантарем и даже Лиссабон, его поддержали. Важные события произошли в августе 1580 года, когда герцог Альба потребовал капитуляции городов дона Антониу. Португальцы отказались сдаться, и города были разграблены. Малое войско во главе с Антониу потерпело поражение под Лиссабоном‹‹480››. Столкновения переросли почти в полноценную войну, чего испанцы не ожидали, но все же герцог Альба успешно завершил кампанию и вся Португалия перешла во владение Филиппа. Сам дон Антониу сбежал, был снова разбит при Тершейре на Азорских островах, но оставался призрачной угрозой испанской власти в Португалии, пока он не умер в Париже в 1595 году. Король Филипп между тем объявил, что намерен править страной и ее империей через своих португальских подданных, аристократов и государственных чиновников, а не через испанцев, и в целом сдержал свое обещание.
Чтобы провести символическое бракосочетание двух королевств, Филипп прибыл в Португалию в апреле 1581 года, своим указом даровав свободу всем узникам, угодившим в плен после недавних боев, в городах, через которые он проезжал. Его вдобавок провозгласили королем Гоа и Цейлона, зависимых территорий Португалии. В Лиссабоне он и его любимый архитектор Хуан де Эррера, строитель Эскориала, взялись менять Пасу да Рибейру, большую площадь к северу от устья реки Тежу, с тем расчетом, чтобы окна домов смотрели на порт, и возвели увенчанную куполом башню Торреу. Филипп приказал установить распятие из досок испанского галеона «Лас Синко Льягас», который потерпел крушение и был брошен на лиссабонском побережье. Кстати, при постройке галеона использовалась древесина из Вест-Индии. Это распятие в итоге очутилось на алтаре в церкви Эскориала‹‹481››.
Последовали дальнейшие подтверждения обоснованности испанского правления. В марте 1581 года папа Григорий XIII, урожденный болонец Уго Буонкомпаньи, признал короля Филиппа правителем Португалии, а бывший португальский посланник в Риме Гомеш де Сильва (двоюродный брат принца Эболи) засвидетельствовал свое почтение папе от имени нового государя. Папа Григорий прежде был нунцием в Испании и потому успел узнать и оценить Филиппа как главу государства.
Филиппа провозгласили королем Португалии перед дверями церкви тамплиеров в монастыре Христа в Томаре, красивом городке на реке Набу. Он облачился в церемониальные одежды и жаловался на это (ему было в них неудобно) в трогательном письме к двум своим дочерям‹‹482››. Кортесы в Томаре настаивали на строгом разделении функций управления Кастилии и Португалии и даже запретили торговлю между Испанией и Португалией, однако купцы обеих стран давно привыкли к взаимовыгодному товарообмену.
Тем не менее когда весть о коронации нового португальского монарха достигла Манилы на Филиппинах, пришлось пересмотреть кое-какие планы по дальнейшим завоеваниям на Дальнем Востоке. Также возобновилась приостановленная было торговля шелком и фарфором из Макао в обмен на оружие и боеприпасы. Португальцы Дальнего Востока по-прежнему опасались испанских амбиций в этом регионе, а вот в Индиях новость об объединении корон встретили с энтузиазмом. Филипп же начал считать, что в его владении находится подобие вселенской империи, включающей Бразилию, Гоа, Малакку и Макао‹‹483››.