На протяжении всей войны непосредственным руководством зафронтовой борьбой занимались ВКП (б), НКВД-НКГБ и РККА. Однако их роль и значимость в партизанской войне в 1941–1944 гг. постоянно менялись. Например, на март 1942 г. на Украине этим занимались партийные органы, областные управления НКВД СССР, разведывательные и ОО, оперативные группы. Утверждение американского исследователя Джона Армстронга, что «навязанной партизанским отрядам системе управления действительно удалось сохранить очень высокую степень лояльности к режиму»[1049]. Сохранившееся с 1941–1942 гг. командное ядро партизанских формирований, а, следовательно, и отряды в целом были лояльны коммунистической власти. Суть системы контроля была в другом – поскольку она была многоуровневой, то позволяла более или менее адекватно оценивать ситуацию в отрядах, деятельность партизанских командиров и рядовых коммандос. В начале войны не существовало организованной системы руководства формированиями, абсолютное большинство действующих партизанских отрядов не было обеспечено радиосвязью, а связь через курьеров себя не оправдывала, т. к. большинство из них пропадало без вести. До создания Центрального штаба партизанского движения всю деятельность республиканских НКВД по созданию и руководству партизанскими отрядами координировал ст. майор ГБ П. Судоплатов. В его распоряжении в 1941–1945 гг. находились кадры и средства, не подотчетные республиканским наркоматам внутренних дел. Речь идет, в частности, о занимавшимся партизанской войной на оккупированной территории СССР ОМСБОН. Из состава бригады формировались самостоятельные отряды для действий на фронте, а также спецгруппы, засылаемые в тыл противника. Зачастую они обрастали там представителями местного населения, окруженцами и беглыми военнопленными. После разгрома немецких войск под Москвой в феврале-марте 1942 г. основное внимание командования ОМСБОН было направлено на развертывание борьбы в тылу противника. Отряды упомянутых структур назывались по-разному: «партизанами», «диверсантами», «разведчиками» и т. д. Но при разнице в приоритетах деятельности никакого принципиального, базового отличия между партизанами ГРУ, НКВД СССР, ОО не было. В документах и противников, и союзников этих формирований называли одинаково – «партизаны». В условиях отсутствия централизованного руководства партизанским движением, чтобы избежать ошибок и просчетов, Ставка ВГК приняла решение о создании комиссии по руководству партизанским движением. В ее состав вошли первый секретарь КП (б) Белоруссии П.К. Пономаренко, нач. Главного Политического управления РККА, зам. наркома обороны Л.З. Мехлис и ряд других лиц[1050].
Английские исследователи Чарльз Диксон и Отто Гейльбрунн не считали НКВД «партизанской структурой»: «Политическая полиция имела многочисленных своих представителей в партизанских штабах различных ступеней, и вместе с партизанами сражалось немало людей из НКВД. Однако у нас нет никаких данных, которые свидетельствовали бы о том, что НКВД был связан с партизанскими формированиями теснее, чем с каким-либо другим движением, проводившимся под его надзором»[1051].
На местах, как это было в Калининской области, 20 июля 1941 г. нач. УНКГБ, майор ГБ Токарев издал директиву нач. межрайонных и железнодорожных отделов УНКГБ о мероприятиях по формированию партизанских отрядов[1052]. В Ленинградской области была образована оперативная группа по руководству партизанским движением в оккупированных районах в составе секретаря обкома ВКП (б) Г. X. Бумагина, зав. военным отделом обкома М.Ф. Алексеева и сотрудника УНКГБ по Ленинградской области Л.И. Кожевникова. 27 сентября 1941 г. эта группа была преобразована в Ленинградский штаб партизанского движения во главе с секретарем обкома ВКП (б) М.Н. Никитиным. К 1942 г. уже действовали 287 партизанских отрядов общей численностью до 18 тыс. человек[1053].
С января 1942 г. в интересах организации партизанского движения в тылу противника началось более активное использование оперативных групп. Это было обусловлено тем, что во вражеском тылу не хватало организаторов партизанского движения, специалистов по агентурной разведке и диверсиям. Оперативные группы, как правило, состояли из командира, его зам., нескольких разведчиков и радистов.
До середины 1942 г. самыми слабыми местами в партизанском движении были плохая подготовка партизан и отсутствие четкого взаимодействия различных структур, упорядоченности и координации усилий в руководстве народной борьбой с оккупантами. В опубликованных дочерью сотрудника Разведуправления Генштаба мемуарах описывается случай, когда в первый год войны сотрудники НКВД расстреляли агентуру армейских разведорганов, завербованную последними среди полицаев-коллаборационистов[1054]. Даже после создания штабов партизанского движения зафронтовой борьбой все, описанные выше структуры, фактически действовавшие независимо друг от друга.