В начале апреля 1814 года вместе с основной частью сенаторов он голосовал за низложение Наполеона. После отречения императора Наполеона I перешел на службу к Бурбонам. Король Людовик XVIII назначил Периньона пэром Франции, наградил орденом Св. Людовика и поручил ему возглавить аттестационную комиссию по офицерскому составу бывшей наполеоновской армии (июнь 1814 года). В результате деятельности этой комиссии офицерский корпус был подвергнут основательной чистке, многие заслуженные офицеры были уволены из армии. После выполнения этой весьма неблаговидной миссии получил назначение на должность командующего 10-м военным округом (Тулуза).
Узнав о возвращении Наполеона во Францию (март 1815 года) и понимая, что армия не выступит в защиту Бурбонов, оставил вверенный ему пост и удалился в свое поместье.
Во время «Ста дней» Наполеона специальным приказом военного министра маршала Л. Даву от 10 апреля 1815 года, безусловно, выполнявшего волю императора, Периньон был исключен из списка маршалов Франции за то, что год назад голосовал в сенате за низложение Наполеона. Вместе с ним этим же приказом маршальского звания были лишены бежавшие с Людовиком XVIII за границу Бертье, Мармон и Виктор, а также обвиненные в измене императору в 1814 году Ожеро и Келлерман.
Никакого участия в событиях «Ста дней» разжалованный маршал не принимал. При 2-й Реставрации Бурбонов был восстановлен в прежнем звании и в августе 1815 года вновь назначен командующим (губернатором) 10-м военным округом. В 1816 году награжден командорским крестом ордена св. Людовика и переведен на должность командующего 1-м военным округом.
В 1817 году вместе с титулом маркиза получил Большой крест ордена Св. Людовика — высший знак отличия королевской Франции при Бурбонах. Кроме французских наград Периньон имел иностранные ордена — Железной короны (Италия) и Обеих Сицилий (Неаполь). Маршал Периньон был похоронен со всеми воинскими почестями на кладбище Пер-Лашез в Париже. Его имя увековечено в названии одной из улиц французской столицы.
Дворянин, увлеченный идеями революционного преобразования общества, Периньон с первых же дней Великой Французской революции встал в ряды ее вооруженных защитников. Активный участник Революционных войн, он отважно сражался с врагами Франции сначала в Пиренеях, а затем в Италии. Храбрый и мужественный офицер, бесстрашно водивший в бой полки и батальоны вчерашних санкюлотов, доблестный генерал революционной армии, несшей на своих знаменах знаменитый лозунг «Свобода, Равенство и Братство», герой войны в Пиренеях, Периньон особенно отличился в годы Революционных войн, когда командовал батальоном, полком, бригадой и дивизией. Однако как командующий армией он не смог проявить себя на должной высоте. Хороший тактик, сохранявший завидное хладнокровие и решительность в огне сражений, Периньон все же не обладал даром полководца, способного успешно решать крупные задачи оперативно-стратегического плана. Ему явно не хватало широты стратегического кругозора. Это был прежде всего хороший дивизионный генерал и не более того. Его дарований вполне хватало для успешного решения отдельных тактических задач на поле боя. При необходимости он мог с успехом увлечь своих солдат на подвиг личным примером и блестяще выполнить конкретную боевую задачу — это была его стихия.
Кампании 1793 и 1794 годов принесли Периньону заслуженную боевую славу и явились звездным часом в его военной карьере. Ничем примечательным на боевом поприще Периньон в дальнейшем себя не проявил. В годы Империи он в полном смысле этого слова оставался лишь «почетным» маршалом, не приняв участия ни в одной из наполеоновских войн.
Периньон никогда не входил в ближайшее окружение Наполеона и не принадлежал к знаменитой когорте спутников его боевой славы. Поэтому он оказался в стороне от тех громких побед, которыми прославилась французская армия под императорскими орлами. Присвоение ему высокого звания маршала Франции явилось своего рода компромиссом, на который Наполеон пошел, чтобы при установлении империи заручиться симпатиями не только своих бывших армий, которыми ему в свое время довелось командовать, но и других армий Французской республики, сражавшихся на различных фронтах. В данном случае Наполеон как глава государства — правопреемника Французской республики в лице Периньона отдавал должное заслугам перед Францией Пиренейской армии.
