Во время штурма отважный офицер был тяжело ранен (пулевое ранение) и замертво вынесен с поля боя. Врачи не ручались за его жизнь, но молодой организм победил, и Понятовский, хотя и с трудом, но выздоровел. Наградой ему за проявленные при взятии Шабаца героизм и мужество стал чин полковника, а император Иосиф II назначил его своим флигель-адъютантом (1788). В этом качестве Понятовский сопровождал своего монарха в его поездке в Россию на встречу с императрицей Екатериной II.
Громовые раскаты начавшейся в 1789 году Великой французской революции потрясли Европу. На исторической родине Понятовского, в Польше, новый подъем национально-освободительного движения начался еще в конце 80-х годов XVIII столетия. В 1788 году на выборах в сейм (Четырехлетний сейм 1788—1792 годов) победу одержала так называемые «Патриотическая партия», приступившая к проведению национально ориентированной политики и антифеодальных реформ, целью которых являлась ликвидация в стране пережитков феодализма, ограничение всевластья крупных земельных магнатов и сплочение народа под национально-патриотическими лозунгами. В 1789 году сейм Речи Посполитой обратился ко всем соотечественникам, служившим в различных европейских армиях, с призывом вернуться на родину и принять участие в борьбе за ее освобождение от иностранной зависимости. Исполненный патриотических чувств к своей родине Понятовский, не задумываясь, одним из первых откликнулся на этот призыв. Он подает в отставку, покидает Австрию и осенью того же года прибывает в Варшаву. Князь Иосиф (так теперь на польский манер стали называть его соотечественники) вступает во вновь создаваемое Войско Польское, получает чин генерал-майора (в 26 лет!) и назначается командующим гвардейской пехотой (октябрь 1789 года). Сделанный им осознанный выбор, по всей вероятности, кроме горячего патриотизма, объяснялся также приверженностью семейным традициям и неписаным законам родовой чести, согласно которым каждый шляхтич должен был служить родине, прежде всего, на военном поприще.
Понятовский был одним из наиболее активных участников создания Войска Польского. 3 мая 1791 года польский сейм принимает так называемый «Основной закон», явившийся по существу первой польской конституцией, закреплявшей осуществленные патриотами преобразования в стране.
Однако принятие конституции вызвало резкое недовольство со стороны различных группировок польских магнатов. Дотоле враждовавшие между собой, теперь они объединились и решили отстаивать свои права и привилегии с оружием в руках. Через год они образовали так называемую Тарговицкую конфедерацию и подняли вооруженный мятеж против короля и правительства[15]. На помощь им пришли Пруссия и Россия, направившие свои войска в Польшу. Через 2 месяца к мятежникам присоединился и король Станислав Понятовский.
С началом военных действий князь Иосиф был назначен командующим Южной армией, действовавшей на Украине, где находились основные силы мятежников. Сражался он отважно, умело руководил войсками, его боевые заслуги были отмечены золотой медалью «Виртути Милитари» — одной из самых почетных боевых наград Речи Посполитой. Однако долго противостоять объединенным силам мятежников и русских войск его малочисленная армия, большую часть которой составляли ополченцы, оказалась не в состоянии. Потерпев ряд поражений и разочарованный ходом событий в стране (переход короля на сторону врага, смятение умов и разброд в обществе, слабость правительства и, как следствие всего этого, капитуляция Польши и отречение короля), Понятовский сложил свои полномочия и вместе со многими своими офицерами эмигрировал в Австрию.
В январе 1793 года произошел второй раздел Польши, в котором приняли участие Пруссия и Россия. В марте 1794 года, когда возникла прямая угроза ликвидации ее независимости, в Польше вспыхнуло восстание против оккупантов и их приспешников, которое возглавил Т. Костюшко. Уже в апреле восстание охватило почти всю страну. Против Польши вновь выступили Пруссия и Россия, затем к ним присоединилась Австрия. Силы сторон стали явно несоизмеримы.
Пылкая любовь к Отечеству заставила Понятовского снова вернуться в Польшу и примкнуть к восстанию. Он принимает командование дивизией, прикрывавшей Варшаву с севера, которая в июле была осаждена прусскими войсками. Осада продолжалась до сентября, когда пруссаки были вынуждены ее снять. Но на других фронтах под ударами превосходящих сил противника поляки повсюду отступали, терпя одно поражение за другим.