Но на ход битвы это не оказало никакого влияния, а перелом в сражении наступил неожиданно. Половецкая конница развернулась было в лаву, пошла в атаку и выпустила по стреле в сторону войск Изяслава, но затем внезапно степняки развернули коней и обратились в бегство. Следом с поля боя побежал Святослав Ольгович, затем смятение охватило черниговские полки, и из сражения вышел Владимир Давыдович. Видя, что в одночасье всё рухнуло и положение уже не спасти, ударились в бега и Юрий с сыновьями. Оставшись без командования, стали разбегаться и простые ратники, и вскоре огромная рать Долгорукого превратилась в охваченную паникой беспорядочную толпу.
Но бежать было некуда, поскольку в тылу у войск Юрия протекала Великая Рута, чьи заболоченные берега таили в себе смертельную опасность для такой массы бегущих людей. Ратники просто завязли в грязи, где их и настигли преследователи. Произошло жесточайшее избиение беглецов, тысячи русских воинов были перебиты в болотине, а вместе с ними было вырезано множество знатных половцев. Кровавая жижа хлюпала под ногами воинов Изяслава Киевского, когда они шли через грязь к берегу реки, рубя направо и налево обессилевших ростовцев и суздальцев. Во время этой бойни и был убит черниговский князь Владимир Давыдович. Многие дружинники прямо на конях и в доспехах кидались в мутные воды Руты и камнем шли на дно, не имея сил выплыть. Река вздулась от проливных дождей и стала гибельной ловушкой для многих сотен бойцов.
По всему полю битвы бродили победители и собирали трофеи, добивая раненых и не способных сопротивляться врагов. Так двое киевлян и набрели на одного воина в богатом доспехе, который чуть живой лежал на земле. Увидев, что его заметили, он с трудом проговорил:
Битва при Руте как по количеству сражающихся, так и по своей ожесточённости является одной из крупнейших битв эпохи феодальной раздробленности. Юрий Долгорукий в борьбе за Киев потерпел сокрушительное поражение, и на его амбициях был поставлен крест. Впрочем, в таком плачевном исходе военной кампании был виновен только сам Юрий, и никто другой. Добившись крупной стратегической победы и сумев форсировать Днепр, он тут же совершил не менее крупную стратегическую ошибку, решив с ходу взять Киев. Вместо того чтобы сразу выступить на соединение с галицким князем и тем самым создать Изяславу Мстиславичу массу проблем, Долгорукий повел полки на столицу. Поражение на Лыбеди стало закономерным итогом этой авантюры. Дальнейшие действия Юрия были лишь судорожными попытками оторваться от шедших за ним по пятам войск Изяслава и прорваться на соединение с Владимирко. Но и здесь племянник полностью переиграл дядю, продемонстрировав свои блестящие качества военачальника.
Впрочем, у Юрия был шанс избежать сражения, но здесь он совершил уже тактическую ошибку. Суздальскому князю надо было бросить часть своего обоза и продолжать переправу через Великую Руту, а не разворачивать полки и идти спасать добро. За водной преградой можно было перевести дух и спокойно дожидаться подхода галицких полков. А так Юрий дал сражение в очень невыгодных для себя условиях, имея в тылу речку с заболоченными берегами и не имея возможности к отступлению. Что в итоге и привело к колоссальным потерям: