По характеру аварии предположили отказ системы управления, поэтому председателем аварийной комиссии назначили Пилюгина. По сложившейся традиции комиссию всегда возглавлял предполагаемый виновник. Результат расследования обескуражил: в программе управляющей ЭВМ обнаружилась ошибка, из-за которой рулевой привод при парировании неизбежных колебаний во время подъёма, например, от порывов ветра, разворачивал двигатель на слишком большой угол.
— Эта десятичная запятая едва нас всех не убила, — проворчал Пилюгин.
— А вы, Мстислав Всеволодович, тогда были правы, — констатировал Королёв. — Внедрение ЭВМ в систему управления исключает ошибки аналоговых приборов, но привносит другие ошибки, программные.
Назначили нескольких программистов, проверявших каждую программу, чтобы обеспечить многоступенчатый независимый контроль. Макет АМС, уведённый в сторону системой аварийного спасения, оказался почти невредим. На нём, на всякий случай, заменили часть наиболее хрупкой аппаратуры и заново проверили все электрические цепи. Параллельно уже готовили к старту следующую ракету. Её вывезли на старт в конце февраля. Запуск назначили на первое марта.
В этот раз всё сработало заметно лучше. Вздрючка, устроенная Королевым всем службам, подействовала. Серьёзных отказов не было — была масса мелких огрехов и неприятностей, но ракета на старт не вернулась — ушла по заданной траектории на орбиту. Сергей Павлович сомневался — сработает ли как задумано совершенно новый блок «Л»? Ему предстояло запустить двигатели над Гвинейским заливом, после нахождения в тени Земли, в леденящем холоде. Но теперь было одно отличие — вместе с эскадрой, ушедшей к Агадиру, в Гвинейский залив отправилось специальное судно управления. Его задачей был приём телеметрии с АМС, и, в случае несрабатывания программной автоматики — запуск двигателя по резервной команде с Земли.
Тщательные проверки совершенно нового блока всё же не смогли выявить всех недостатков. Двигатель завёлся своевременно, по команде программно-временного устройства, блок сохранил нужную ориентацию, однако орбита, на которую вышла станция, отличалась от расчётной. Анализ телеметрии показал, что двигатель блока «Л» отключился раньше времени, и станция недобрала по скорости.
Вновь начались тщательные проверки на стендах. При нормальной температуре всё работало как часы. Когда же блок поместили в охлаждаемую жидким азотом камеру, и сымитировали вибрации, передающиеся на конструкцию при работе двигателя третьей ступени, выяснилось, что один из клапанов периодически подмерзает и залипает от холода. Оказалось, что из-за вибрации отходят контакты в системе обогрева клапана, и обогрев из-за этого то работает, то не работает.
Пайку проводов начали контролировать на вибростенде. Повторные испытания в камере холода показали, что теперь всё работает, как часы. Провозились с повторными испытаниями весь март, запуск назначили на 15-е апреля. (в реальной истории в этот день собирались запускать АМС Е-3 к Луне)
12 апреля ракету — теперь уже «Союз-2.3», с дополнительными ступенями от Р-9 и пристыкованной к ней полноценной станцией «Зонд» готовили к вывозу на старт. Перед этим инженеры Валик и Брацлавец из НИИ-380 снова долго мучились с настройкой фототелевизионной установки. Плёнка из неё выползала вся в пятнах, мутная. Королёв организовал производство проявочного раствора прямо на космодроме (в реальной истории свежий раствор из Москвы возили на Ту-104 в Тюратам). Как только фотоустановку заправили свежим раствором, всё заработало, плёнка получалась отличного качества.
Черток с Богуславским мучались с радиолинией, пытаясь ещё усилить сигнал, увеличивая до максимума коэффициент бегущей волны. (см. Б.Е. Черток «Ракеты и люди»). Теоретики из МИАН предположили, что коэффициент падает вследствие ионизации пространства вокруг антенн.
Ночью на контрольные испытания в МИК пришли министр электронной промышленности Александр Шокин и зампред Госкомитета по оборонной технике Лев Гришин. Черток вместе с Рязанским и Богуславским объяснил им обстановку. Гришин предложил для устранения ионизации выписать испытателям спирт «для промывки окружающего пространства». Предложение было воспринято рядовыми испытателями с энтузиазмом, но по понятным причинам отвергнуто непосредственным руководством.
13 апреля ракету вывезли на старт, а в МИКе уже готовили ещё одну — резервную, на случай неудачного пуска. За два месяца старт модифицировали, пристроив к нему ещё два типовых стартовых стола для Р-9. Стартовый комплекс Р-9 на 51-й площадке стал модульным, теперь он позволял запускать и Р-9, и ГР-1, и «Союз-2.1» и «Союз-2.3». Чтобы избежать досадных неудач из-за недоработок и производственного брака, Королёв распространил на АМС и их ракеты-носители «Положение по 1К» — документ, устанавливающий систему качества для корабля 1К «Север». (В реальной истории — «Положение по 3КА», т. е. «Восток»).
