Следующим на «вылет» по предложению Ворошилова был командующий ВВС ЗабВО комдив Изотов. Его обвинили в том, что получив приказание усилить авиацию корпуса, вылететь самому на место событий, взять в свои руки командование всеми авиационными силами, не обеспечил выполнение этого приказания. Комдив перебросил в МНР 22-й и 38-й авиаполки без тыла и необходимых боеприпасов. По мнению Ворошилова: «Изотов проявил нерешительность, бездеятельность, мотался по аэродромам, но не командовал. Несмотря на мои неоднократные требования донести, как был организован бой и результаты боя, он уклонялся от донесения, представленные же донесения оказывались противоречивыми». В общем, грехов хватало и у комдива, он вместе с Фекленко покинул свой пост.
Ворошилов также предложил отстранить и командира 100-й авиабригады полковника Калиничева. В начале событий он растерялся. По донесениям Смушкевича он ничего не знает, только вредит делу и с самостоятельной работой не справляется. Полковник был назначен в МНР, а приехал туда только в апреле 39-го. Конечно, за несколько дней до начала конфликта он не смог ни в чём разобраться, а входить в курс дела, когда в небе господствует японская авиация, было уже поздно. Сталин уже в тот же день согласился назначить командиром корпуса комдива Жукова. Вместо Изотова командующим ВВС округа назначался комдив Шарапов. На следующий день Ворошилов получил из Тамцак-Булака короткую шифровку: «Командование корпусом сдал комдиву Жукову. 12.6. Фекленко» (24).
Сразу же после смены командования корпуса из Москвы последовало очередное указание наркома об активизации действий авиации. Нарком требовал усилить авиаразведку и в кратчайший срок установить местонахождение всех приграничных японских авиагарнизонов, авиабаз и полевых аэродромов. Такое указание было вызвано тем, что: «Японская авиация, поощряемая нашей бездеятельностью, обнаглела и почти ежедневно совершает свои разведывательные полёты над территорией МНР». Предполагалось, что после сосредоточения на монгольских аэродромах достаточного количества истребителей и бомбардировщиков будет нанесён массированный удар по японской авиации на земле. Уже 5 июня на разъезд 111-й Забайкальской железной дороги прибыли эшелоны с истребителями и бомбардировщиками. Опытный лётный состав, набранный из лётных частей западных пограничных округов, прибыл в Читу 10 июня. Ворошилов потребовал от командования ЗабВО немедленно подготовить самолёты и лётчиков для отправки Смушкевичу, который командовал ВВС корпуса. От него требовали: «Не уклоняться от боя с японской авиацией, как это было до последнего времени, а быть готовым к серьёзным боевым схваткам с японской авиацией и принять меры к прикрытию с воздуха своих баз, аэродромов и войск». Директива была отправлена 12 июня и под ней стояла подпись «Киев» — закодированная подпись Ворошилова (25).
Разрешение на поиск и уничтожение японских аэродромов советская авиация получила, но вместо того, чтобы выполнять это указание, занялась совершенно другим делом. Пришлось наркому посылать очередную директиву с требованием немедленно прекратить эту деятельность и начать выполнять то, что нужно в создавшейся боевой обстановке: «Такие налёты по пустому месту с большим количеством авиации приводят к напрасному сжиганию моторов и могут дать совершенно обратный результат». Дальше шло требование прекратить ненужные штурмовые налёты по неизвестным объектам и ограничиться разведывательными полётами на глубину до 10 километров за линией границы. Ну и, конечно, очередное предупреждение о необходимости прикрытия с воздуха своих баз, аэродромов и войск и требование: «в случае налёта противника уничтожить его в воздухе независимо от количества». Эта директива, так же как и предыдущая, была подписана Ворошиловым (26). В этот же день на командный пункт корпуса поступило очередное распоряжение наркома. Смушкевич должен был передать руководство авиацией Денисову и дать ему все необходимые указания и инструкции для действий в случае внезапности налёта противника (27). Войск на Халхин-Голе было уже много, и большинство их было сосредоточено на восточном берегу реки. А вот о надёжной противовоздушной обороне не позаботились. Не было в июне зенитных артиллерийских дивизионов ни на западном, ни на восточном берегу реки, и прикрывать войска от внезапных налётов японской авиации было нечем.
25 июня Ворошилов направил очередную директиву Военному совету ЗабВО. Для пополнения авиации корпуса Смушкевичу нужно было срочно направить 20 истребителей И-16 и 16 истребителей И-15, а также 19 опытных лётчиков. Забайкальцам сообщалось, что: «Взамен отправляемых лётчиков и самолётов пополнение для Вас направляется из Москвы» (28). Воздушные бои на Халхин-Голе велись активно, и за июнь советская авиация потеряла 46 истребителей (19 И-16 и 27 И-15). Поэтому и переправлялись истребители с забайкальских аэродромов на Халхин-Гол (29).