Товарков, вернувший в Москву, заявил великому князю, что только «меч может смирить новгородцев», а Иван III все медлил, будто сомневался в успехе задуманного дела. Нет! Он не сомневался. Зная, что будет пролито много крови соотечественников, он хотел – и исторически это желание вполне оправдано! – поделить ответственность за кровь и беды со всеми, на кого опирался в своей политике: с матерью и митрополитом, братьями и архиепископами, князьями и боярами, воеводами и даже с простолюдинами. Он собрал Думу, доложил об измене новгородцев, услышал единогласное: «Возьми оружие в руки!» – и после этого медлить и дожидаться хорошей для войны погоды не стал. Иван III действовал в данный момент взвешенно и осторожно, но, взвесив все, собрав практически всех князей, даже Михаила Тверского, он послал Новгороду складную грамоту, объявил республике войну.
И огромная армия двинулась к Новгородской земле. Республиканцы такого оборота дела не ожидали. В Новгородской земле, где много озер, болот, рек и речушек, летом воевать сложно. Неожиданное наступление противника озадачило сторонников Марфы Борецкой и короля Казимира. Войско Ивана III шло по новгородской земле несколькими колоннами. Псковская дружина захватила Вышгород. Даниил Холмский взял и сжег Русу.
Новгородцы заговорили о мире или хотя бы о перемирии. Но Марфа убедила сограждан, что нерешительного Ивана можно победить. Война продолжалась. Холмский разгромил под Коростыней, между Ильменем и Русою, внезапно напавшее на него войско новгородцев, состоявшее из ремесленного люда. Много ополченцев попало в плен. Победители, зверея от удачи, отрезали несчастным носы и губы и отправили их в Новгород.
Иван III приказал Холмскому подойти к Шелони, и 14 июля здесь состоялась решительная битва. С криком «Москва» бросились в бой воины великого князя. Они выиграли сражение, беспощадно расправились с побежденными.
Дружина Холмского и Верейского несколько дней грабила новгородскую землю, Иван III распоряжался судьбой пленников: кому-то из них, в том числе и сыну Борецкой Дмитрию, отрубили головы, кого-то посадили в темницы, кого-то отпустили в Новгород.
В те же дни Московское войско овладело Двинской землей, жители которой присягнули Ивану III. Одержанная в войне против Новгорода победа не вскружила великому князю голову. Договор, отраженный в нескольких грамотах, не соответствовал военным успехам Москвы. Иван III не упомянул в нем ни словом Марфу Борецкую, как бы простив слабой женщине ее проступок. Но в этом рыцарстве таилось нечто большее, чем мягкотелость сына Василия Темного: его уверенность в том, что дни новгородской вольницы сочтены, что сила Москвы уже неодолима.
Похоже, что ни Марфа Борецкая, ни ее сторонники не чувствовали великой угрозы со стороны Москвы и мудрейшего политика – Ивана III Васильевича.
В 1475 году он начал новый, на этот раз мирный поход на Новгород. Великий князь, а по сути уже царь всея Руси, воспользовался древним правом княжеского суда, прибыл в город, объявил о цели приезда, и к нему тут же потянулись жалобщики, которые, как этого и стоило ожидать, предъявили обвинения на тех, кто являлся организатором прошлой кровавой смуты. В суде участвовали посадники, представлявшие народ Господина Великого Новгорода, но рядил суд великий князь. Он вынес строгий приговор. Шесть человек были арестованы и вскоре отправлены в Муром и Коломну, в темницы. Все попытки смягчить приговор грозного повелителя успехом не увенчались. Других обвиненных Иван III отпустил на поруки, взяв с них в пользу истцов, в государственную казну по полторы тысячи рублей.
Затем Иван III попировал, не отказываясь от многочисленных подношений, и вернулся в Москву. Вслед за ним явились послы из Новгорода с богатыми подарками и просьбой смягчить приговор. Иван подарки принял, просьбу не выполнил. В Москву, нарушая древний закон о том, что все суды новгородцев должны происходить в городе, стали прибывать другие истцы. Иван III выслушивал их и отправлял своих московских слуг за ответчиками, что являлось грубейшим нарушением прав Господина Великого Новгорода.
И город взбунтовался. Вече казнило троих приставов Ивана III. Ответ последовал незамедлительно. Осенью 1476 года в Новгородскую землю, сильно пострадавшую шесть лет назад, ринулись войско великого князя, дружины других князей. Задача перед ними стояла простая: грабить поселения, убивать всех, кто окажет хоть малейшее неповиновение. Господин Великий Новгород, вечевая республика, скалой стоявшая на северо-западных рубежах Руси более 600 лет, был обречен на гибель. Он выслал к великому князю послов, и после некоторых, очень вялых со стороны Господина попыток отстоять хоть толику свободы, новгородцы согласились на все, и «15 января они были приведены к присяге на полное повиновение великому князю. На этой присяге каждый новгородец был обязан доносить на своего брата новгородца, если услышит от него что-нибудь о великом князе хорошего или худого. В этот день быт снят вечевой колокол и отвезен в Московский стан».
