М. Драгоманов и ряд старогромадовцев (Н. Зибер, С. Подолинский), нацеленных на общественно-политическую борьбу, пусть и ненасильственными методами, выезжают за границу. В. Антонович остается признанным лидером «Старой громады», которая с этого времени приобретает характер сугубо научного и культурно-просветительского объединения киевских национально ориентированных интеллектуалов.
Основным печатным органом громадовцев стал журнал «Киевская старина» (издавался в 1882–1906 гг., потом на его базе был создан журнал «Украша»), при финансовой поддержке меценатов Г. Галагана и В. Симиренко.
Основателем и первым редактором этого издания был киевский либеральный историк Ф. Лебединцев. Журнал публиковал основательные статьи по украинской истории, этнографии, археологии, литературоведению, освещал жизнь и творческий путь ведущих украинских писателей и мыслителей (Г. Сковороды, И. Котляревского, Т. Шевченко). В «Киевской старине», кроме В. Антоновича, регулярно печатали свои исследования Д. Багалий, М. Драгоманов, О. Ефименко, В. Иконников, А. Крымский, А. Лазаревский, Ф. Лебединцев, И. Лучицкий, И. Франко и многие другие — практически все передовые гуманитарии Украины последней четверти XIX века. Печатались в нем и российские авторы, в частности известный писатель Н. Лесков, долгое время живший в Киеве.
К этому времени окончательно определяются идейно-мировоззренческие позиции В. Антоновича, его взгляд на характер исторического процесса. Содержанием истории, по его мнению, является не развитие государственных структур, тем более не политические перипетии, а народная жизнь во всем многообразии ее проявлений. В этом отношении В. Антонович вполне следовал тому направлению, начало которому положил Н. Костомаров. Поэтому задачей историка является изучение жизни народа в его развитии, при особом внимании к узловым моментам эволюционного пути. Подчеркивая самобытность истории, общественных и культурных форм украинского народа, В. Антонович относил начало его формирования как отдельного целого к концу XIII — началу XIV веков.
Для объяснения исторических явлений В. Антонович, вместо «народного духа» романтиков (кирилло-мефодиевцев) как субстанции исторического развития, на первый план выдвигает особенности природной среды и исторического окружения. При этом ученый внимательно относится к антропологическим, психофизическим, хозяйственным, культурно-бытовым особенностям отдельного (в частности — украинского) народа. Подобное изменение научно-мировоззренческих подходов к пониманию прошлого наблюдаем и в Германии, и в Австро-Венгрии, и в России. Эволюционистский позитивизм с выразительными чертами материализма и географического детерминизма становится господствующим в Европе.
В последний период жизни В. Антонович все больше внимания уделял археологическим исследованиям Правобережной Украины, подытоженным в таких его работах, как «Раскопки в земле древлян» (1893), «Археологическая карта Киевской губернии» (1895) и «Археологическая карта Волынской губернии» (1902). Его стараниями в Киевском университете были созданы образцовые археологический и нумизматический кабинеты. В отличие от многих тогдашних археологов, Владимир Бонифатьевич смотрел на материалы раскопок прежде всего как на источник исторической реконструкции, основу для воспроизведения хозяйства, образа жизни и быта людей давних эпох. Именно он заложил отечественную традицию исторического воссоздания древности, опираясь на взаимное дополнение письменных, археологических и антропологических материалов, как это же делал в Германии Г. Коссина.
К концу жизни научные заслуги В. Антоновича были в полной мере признаны, что, в частности, выразилось в избрании его членом-корреспондентом Российской академии наук.
В. Антоновичу принадлежит огромная роль в воспитани плеяды выдающихся украинских историков. Среди его учеников видим М. Грушевского, Д. Багалия, П. Голубовского, М. Довнар-Запольского, И. Линниченко. Одним из них был и сын Владимира Бонифатьевича, Дмитрий, ставший известным искусствоведом и культурологом, а также политическим деятелем предреволюционных и революционных лет. Его научные таланты раскрылись преимущественно в эмиграции, в Праге.
В. Антонович и его ученики (которых объединяют в «киевскую школу» историков конца XIX — начала XX вв.) заложили основы всего лучшего, что было создано в украинской исторической науке вплоть до 30-х годов XX в. При этом В. Антонович принимал участие во всех наиболее значительных общественно-культурных начинаниях и проектах тогдашнего Киева, много печатался в городских журналах, особенно в «Киевской старине». Умер В. Антонович 8 (21) марта 1908 года и похоронен в Киеве на Байковом кладбище.
