Манихеи изменили облик государства. Внедрение новой религии повлекло за собой изменение письменности — появился новый алфавит, называемый уйгурским. Он происходит от новосогдийской письменности и отличается своей простотой и удобством. Строчки идут сверху вниз и слева направо.
Простые уйгуры также испытали на себе силу новой религии. Манихейский канон предусматривает постные дни, когда запрещено вкушать даже масло и молоко. Уйгурским пастухам и охотникам пришлось заводить огороды, чтобы не умереть с голоду. Таким путем начало распространяться земледелие в степи. В Уйгурии появились оседлые поселения, а столица каганата, Байбалык, стала похожа на настоящий город.
Сами проповедники манихейства свое удовлетворение достигнутыми успехами выражали такими словами: «Страна диких нравов, наполненная дымящейся кровью, превратилась в страну, где питаются овощами, страна убийства — в страну стремления к добрым делам». Сомнительно, чтобы эта декларация отражала действительное положение вещей. Природную воинственность уйгуров не умалили посты и молитвы, да и внешняя политика Уйгурии продолжала оставаться агрессивной. Торжество манихейства поссорило уйгуров со всеми соседями: мусульмане в Средней Азии, буддисты в Тибете, конфуцианцы в Китае, шаманисты в Кыргызском ханстве — все воспринимали новое учение как дикую извращенность.
В 780 г. манихейская община в Уйгурии совершила открытый государственный переворот; власть оказалась фактически в руках манихейских Избранных, которым по канону полагалось вообще-то только молиться. Террор против «неверующих» достиг своего апогея: как сообщают манихейские летописи, «по всей земле люди и живые существа, чистые и добрые, защищались, а злые — уничтожались». Гражданская война и непродуманные религиозные требования привели к катастрофическим последствиям. Неподходящий в условиях степи хозяйственно-культурный тип привел к эрозии почвы, пыльным бурям и неурожаям. В середине IX века ослабевшее государство попеременно терзали киргизы и китайцы; уйгуров практически всех уничтожили.
Остатки некогда могущественного народа вынуждены были бежать со своих исконных территорий и отказаться от манихейства в пользу буддизма.
Достаточно широкое распространение учение получило и на Западе. В течение IV века манихейство распространилось по всей территории Римской империи — от Египта до Рима, Южной Галлии и Испании. И христианская церковь, и римское государство подвергли манихейские общины жестоким гонениям. Император Диоклетиан в указе 296 г. велел проконсулу Африки преследовать манихеев, дабы «вырвать с ветвями и корнями» «отвратное и нечестивое учение», пришедшее из Персии. Его предводителей и проповедников полагалось сжигать вместе с их книгами, духовенство — обезглавливать, а последователей — отправлять на каторгу с конфискацией имущества. Активизация манихеев в Египте была связана с приходом, как они считали, второго Утешителя (первым был Мани) в лице проповедника Адиаманта.
Указ Диоклетиана подтверждался практически всеми его последователями. Жестоко боролась с ересью и христианская церковь в лице своего лидера Блаженного Августина. К концу V века чистое манихейство полностью исчезает с территории Западной, а в VI веке — и Восточной Европы. Однако в Африке, несмотря на все меры, ко времени вторжения вандалов манихеи все еще оставались.
Они попытались привлечь на свою сторону верхушку вандалов, и даже отчасти в этом преуспели. Но король вандалов Гунерик (477–484) счел манихейство опасным и в очередной раз расправился с его последователями: часть из них он сжег, а часть изгнал с территории королевства. Тем не менее, Григорий Великий в конце VI века продолжал считать Африку рассадником манихейства; эта репутация прочно закрепилась за ней вплоть до XI века.
Мистическое, интеллектуальное учение Утешителя серьезно повлияло на развитие философской и религиозной мысли Европы, Азии, Северной Африки. В книгах Римских философов, христианских богословов, арабских мыслителей можно найти массу идей, поразительно напоминающих манихейские. Следы законов Мани находят в мощнейших еретических движениях Средневековья: богомильстве, движении катаров, альбигойцев и др.
Манихейство навсегда осталось в истории как одно из наиболее последовательных и полных учений о двойственной природе мира, о борьбе Добра и Зла, Света и Тьмы.
