Гонения начинаются с повышенного внимания к издательской деятельности Н. Новикова в Москве. Одновременно правительство стало преследовать и благотворительную деятельность новиковского кружка, под покровительством которого строились школы и больницы. В январе 1786 г. появляется указ о передаче всех частных школ и больниц Приказу общественного призрения, которому также повелевалось наблюдать за всеми учреждениями новиковского кружка. Раздача Новиковым хлеба простому народу в голодном 1787 г. послужила толчком к более энергичным мерам: последовало запрещение печатать в светских типографиях книги, относящиеся к церковному или священному писанию, запрещена их продажа в частных лавках, наконец, последовало запрещение предоставлять Новикову университетскую типографию, что грозило совершенным прекращением издательской деятельности.
В начале 1790-х годов Новиков был арестован, его допрашивали сначала в Москве, а потом доставили в Шлиссельбургскую крепость. Одновременно началось следствие в отношении других членов новиковского кружка, которое в Москве вел князь Прозоровский. Допросу подверглись Гамалея, Поздеев, куратор Московского университета М. М. Херасков. Конфискованные книги в количестве более 18 тысяч экземпляров были сожжены. Новиков провел в Шлиссельбургской крепости 15 лет.
Работы в масонских ложах в это время прекратились и возобновились только по восшествии на престол императора Павла I, который в бытность Великим князем благоволил к масонам и даже был посвящен в высокие степени. На второй день после смерти Екатерины он освободил Новикова и всех замешанных в этом деле; князь Куракин, князь Репнин, Баженов, Лопухин были вызваны ко двору и щедро вознаграждены.
В начале царствования Александра I деятельность масонских лож была полностью легализована. Но Новиков и его последователи более не присоединялись к открыто действовавшим двум крупнейшим союзам — Великой Провинциальной Ложе и Великой Ложе Астрея.
В 1822 г. масонство вновь было запрещено.
Только после октябрьского манифеста 1905 г. вновь появилась возможность свободно объединяться, создавать ассоциации. В 1906 г. ученый Максим Ковалевский получил разрешение Великого Востока Франции на создание в России лож. Были открыты ложи «Возрождение» в Москве и чуть позднее — «Северная Звезда» в Санкт-Петербурге. В 1910 г. русские ложи формально отделились от французских, начав самостоятельную деятельность. Все они находились под надзором полиции, поэтому не могли вести протоколы собраний и другие записи, ложи были малочисленными, связи между ними не поддерживались — члены одной ложи могли не знать названия другой.
Новое русское масонство было тесно связано с интеллигенцией, а следовательно и с кадетской партией, хотя лидер кадетов П. Милюков к масонству не имел никакого отношения. Идеологические постулаты партии — конституционное правление и власть закона — в наибольшей степени подходили масонам, мечтавшим о гармоничном, рациональном устройстве общества.
В первом составе Временного правительства было несколько человек, появлявшихся в ложах вольных каменщиков.
После октября 1917 г. движение франкмасонов постепенно сошло на нет. Какие уж могли быть тайные общества в Советском государстве?
В 1926 г. были арестованы и отправлены в лагеря последние два десятка русских вольных каменщиков.
Они вновь начали свои работы в начале 90-х годов прошлого века. В апреле 1991 г. Великим Востоком Франции была учреждена первая в новой России ложа. Сегодня вольные каменщики собираются в Москве, Санкт-Петербурге, Воронеже, Архангельске. «В тиши своих импровизированных храмов они продолжают издревле заповеданный им труд духовного зодчества».
Первой украинской ложей стала киевская ложа «Бессмертие». Она была основана в 1784 г. российскими офицерами, но вместе с тем связана была не столько с российским, сколько с польским масонством, поскольку подчинялась Великому Востоку Польши. В тот же период появляются первые ложи и в Галиции, в частности ложа «Новая Польша». Во второй половине XVIII века на Украине было около 10 лож. После того как в 1794 г. Великий Восток Польши прекратил свое существование, масонство на Украине на некоторое время замерло.
Активизировалось украинское масонство в начале XIX века. Появляются две больших ложи — в Киеве (Ложа Соединенных Славян) и Полтаве («Любовь к Истине»). К полтавской ложе, которую основал начальник канцелярии князя Репнина Новиков, имел отношение автор знаменитой «Энеиды», писатель Иван Котляревский. Многие украинские ложи поддерживали тесные контакты с российскими братьями. Интересно, что ложи здесь были запрещены раньше, чем в России — в 1819 г.
