В гражданскую войну Шапшал бежал в Турцию и прославился там уже в качестве идеолога пантуранизма, как интеллектуал, оказывавший заметное влияние на окружение Ататюрка. При этом он продолжал борьбу с сионизмом в среде египетских караимов, адресуя тем соответствующие послания. Позже Шапшал избирается духовным главой караимов Польши и в 1936 г. устанавливает контакт с управлением СС по расовой чистоте (институт «Аненрбе»). От указанного ведомства ему удается получить документ, согласно которому караимы семитами не являются. (К этому же времени относится описанный в начале раздела эпизод с опросом трех еврейских ученых.)
Шапшал встречает Красную Армию в Вильнюсе в 1939 г., снимает с себя духовный сан и заявляет о своей лояльности к советской власти. В 1941 г., с приходом немцев, он снова принимает духовный сан и предоставляет нацистам поименный список всех караимов Восточной Европы.
В 1944 г. советская власть в Прибалтике восстанавливается и Шапшал снова слагает с себя титул гахама. Затем он организует в Литве караимский колхоз и заканчивает свои дни уже как старший научный сотрудник Института истории и права Литовской Академии наук. Его усилиями в Большой советской энциклопедии появляется следующая формулировка: «Караимы считаются потомками тюркских племен, входивших в Хазарский каганат». Многие советские караимы носили эту вырезку из БСЭ вложенной в паспорт, устраиваясь на работу или добиваясь продвижения по службе.
Не всем караимам удалось избежать расправы, были и такие, что погибли в Бабьем Яру. В Новороссийске и Краснодаре нацисты не стали разбираться, кто есть кто и расстреляли караимов вместе с евреями. Однако народ в целом избежал этой страшной участи.
После войны некоторые караимы вместе с крымскими татарами были депортированы сталинским режимом в Сибирь и Среднюю Азию. (Собственно, активные контакты с немецкими оккупантами, как было сказано выше, действительно имели место, хотя это не может служить оправданием для геноцида целого народа.) Не все затем вернулись на историческую родину.
Таким образом, при советской власти были практически полностью ликвидированы караимские общины и религиозные структуры. Караимов практически лишили возможности изучать родной язык, историю и культуру. Не удалось сохранить компактное проживание. В плачевном состоянии оказались караимские святыни — крепость Чуфут-Кале и ее храмы, караимское кладбище, кенасы Евпатории; уничтожены либо разрушены многие памятники. Последний караимский храм в Евпатории был закрыт в 1959 г. Сохранились здания кенас в Харькове, Киеве, Симферополе, Бахчисарае, но использовались они не по назначению.
Впрочем, надо отметить, что забывание караимской культуры было связано не только с действиями властей. Народ постепенно ассимилировался, переезжал в более крупные города, искал учебу и работу; заключались межнациональные браки. Это в немалой степени и привело к тому, что численность караимов постоянно падала.
В России (включая Крым) караимское вероучение исповедовали крымские (соответственно, и литовские с украинскими) караимы-тюрки (самоназвание народа — карайлар) и русские — выходцы из казачьих станиц Северного Кавказа и Астраханской губернии.
Некоторые особенности караимской религии были описаны выше. Повторим, связаны они с буквальным толкованием Торы и отрицанием Талмудической и устной традиции.
Караимские храмы — кенасы — ориентированы алтарем на юг. В северной части здания — зарешеченный балкон для женщин с отдельным входом (до замужества женщины не посещали кенаса). Храм убирают коврами. К нему примыкает дворик с виноградной беседкой. Перед молитвой совершают омовение. В храм входят без обуви. Молятся утром и вечером, стоя или преклонив колени. Словесному раскаянию предпочитают добрые дела, следуя мудрому изречению «Путь на Небо начинается с Земли».
В народе Бога называют именем древнетюркского божества — Тенгри. Иисуса Христа и Мухаммеда почитают великими пророками. Основу литургии, как и у христиан, составляют псалмы Давида. Из праздников, предписываемых Ветхим Заветом, особо почитают Хыджи тамбыларнын (Пасха) и Хыджи афталарнын (Пятидесятница, отмечается в воскресенье, соответствует Троице). Караимы соблюдают посты. Пост в память усопших заканчивается днем курбан (жертва).
Детям караимы давали как тюркские, так и христианские — ветхозаветные — имена.
Духовный и светский глава — гахам — и священники-газзаны выбирались. Гахам возглавлял Караимское Духовное правление. В его ведении в позапрошлом — начале прошлого веков было около 40 общин в России. В XIX — начале XX веков Крым являлся всемирным центром караизма, поставлял духовных пастырей за рубеж. В Евпатории находилось Александровское караимское Духовное училище. Издавались «Известия Духовного Правления».
