Однако в стране зрело духовное возрождение. Наиболее дальновидные люди понимали, что очень важно в условиях разрушения сохранять на новой основе и возрождать духовную силу народа, армии, флота. Одним из символов этой силы был крейсер с именем Ф.Ф. Ушакова. Неожиданно к решению проблем корабля подключился депутат Государственной Думы В.Н. Лопатин. В прошлом сам бывший североморец (офицер морской авиации) он развернул кампанию в центральных органах власти по сохранению корабля с патриотическим именем. В кампанию были вовлечены депутаты Федерального Собрания, власти и общественность Республики Мордовия, Архангельской области, Москвы и других регионов. В результате этого удалось добиться принятия решения о постановке крейсера в судоремонтный завод «Звёздочка» и подготовки его к ремонту. В сентябре 1999 года корабль под командованием капитана 2 ранга С. Б. Попова был переведен в г. Северодвинск.
Инициативная группа депутатов и общественных деятелей добилась того, что 14 октября 1999 года – в день Покрова Пресвятой Богородицы, совпавшим с днём памяти Ф.Ф. Ушакова – Совет Федерации РФ принял Постановление «О сохранении в боевом составе Военно-Морского флота тяжелого атомного ракетного крейсера «Адмирал Ушаков».
Для ускорения ремонта решено было организовать сбор средств у населения. С этой целью В.Н. Лопатин инициировал создание Благотворительного фонда по восстановлению и модернизации крейсера «Адмирал Ушаков». По подсчетам на выполнение работ требовалось в 1999 году 2 млрд. рублей. В обращении к гражданам говорилось: «Если каждый взрослый россиянин за 3 года (за период ремонта корабля) перечислит 30 рублей (в то время эквивалентно ~ 4 долларам) или 1 рубль в месяц на ремонт, то мы сможем сохранить имя адмирала Ушакова во флотских списках, а для Родины – мощный боевой корабль». Однако идею не удалось воплотить. Надежды на ремонт постепенно таяли. Сначала ещё верилось, что государство где-то изыщет необходимую сумму. И даже когда крейсер исключили из состава ВМФ, экипаж все ещё надеялся на лучшее. Надеждам не суждено было сбыться.
В 2004 году командование ВМФ принимает решение: славное имя с тяжелого атомного крейсера приказом главнокомандующего ВМФ России перенесли на другой корабль – эскадренный миноносец. Тоже боевой, тоже достойный, с не менее славным именем – «Бесстрашный».
Таким образом, можно утверждать – не везет пока в России кораблям с именем Ушакова на борту. Ситуация с крейсером отражает ту суматоху и сумбур, которые были в стране в девяностые годы – даже принятое решение высшего законодательного органа не выполнялось. Тем не менее, общественные акции многих россиян принесли и другие плоды в деле увековечения Ф.Ф. Ушакова и обретения в его лице настоящего символа русского духа.
Как известно, в 1996 году страна отмечала 300-летие Российского флота. На государственном уровне было проведено значительное количество мероприятий, в том числе, в честь этого события были выпущены юбилейные монеты. Две монеты отразили «ушаковскую» тематику. На первой из них на одной стороне изображен орел – символ российской державности, а на другой – самый яркий символ побед российского флота на море – овладение крепостью Корфу. Кроме самого штурма, на монете изображен бюст адмирала Ушакова. Вторая монета посвящена непосредственно Ушакову. На ней изображен бюст флотоводца и обозначены годы его жизни.
В 2002 году Балтийскому военно-морскому институту в Калининграде присвоено почётное наименование «имени адмирала Фёдора Фёдоровича Ушакова» (ныне Филиал ВУНЦ «ВМА имени Адмирала Флота Советского Союза Кузнецова», имя из названия учебного заведения исчезло).
В Санкт-Петербурге на 10-й линии Васильевского острова открыта мемориальная доска на месте дома, где жил Фёдор Фёдорович в последние годы службы. Его имя давно носит мост через реку – Малую Невку, а теперь (с 1989 года) и набережная, на которой стоит Военно-морская академия – от набережной Черная речка до улицы Академика Крылова, а также построенная транспортная развязка.