Тем временем французы действительно «рассеяли» войска неаполитанского короля и начали стремительное наступление вглубь королевства, угрожая в конечном итоге захватить весь полуостров и даже остров Сицилию. Для королевства это были критические дни. Нельсон со своей эскадрой не справлялся со стабилизацией обстановки. Да и не мог справиться, поскольку главной своей задачей считал удержание господства на море, а не на суше. Французы же действовали именно на суше и практически не зависели от морских коммуникаций. В своем письме Ушакову в самом конце декабря английский флотоводец предлагает оставить блокаду Корфу и идти к Анконе. Образно говоря, соединённые русско-турецкие эскадры начинают «рвать на части». Русский же посланник в Турции В.С. Тамара требует от Ушакова не оставлять блокаду и ни в коем случае не расставаться с турецкой эскадрой. Думается, что это было излишнее предупреждение, Ф.Ф. Ушаков был не тот военачальник, который бы пошел на столь безрассудные действия: не выполнив одну задачу, броситься выполнять другую. Вместе с тем, наступление французов на юг Италии создавало угрозу с северо-запада для сил, блокирующих Корфу и требовалось как-то эту угрозу нейтрализовать.
Как раз к тому моменту на усиление русской эскадры из Черного моря пришли два 74-пушечных корабля под командованием контр-адмирала В.П. Пустошкина. Их Ушаков и отправляет для крейсерства в Венецианский залив с двумя целям – перехватить французов, вышедших из Анконы на помощь гарнизону Корфу и оказать помощь, при необходимости, неаполитанцам. И уже 11 января такая помощь потребовалась – нужно было доставить из Бриндизи в Триест французских принцесс и министра иностранных дел Королевства маркиза де-Гило, бежавших от французов из Неаполя, что и было сделано.
К началу февраля 1799 года под контролем Неаполитанского короля оставалась Калабрия (самый юг Апеннинского полуострова) и остров Сицилия, где он находился под прикрытием англо-португальской эскадры. Король запросил помощи сухопутными и морскими силами в Санкт-Петербурге. Одновременно непосредственно к Ушакову на Корфу он отправляет на фрегате своего военного министра Мишеру с просьбой направить к Мессине отряд кораблей, так как у Нельсона кораблей недостаточно. Мишеру просит также отряд русских войск для обороны Мессинской крепости. В свою очередь сам Нельсон в середине февраля вновь обращается к Ушакову с просьбой о помощи кораблями и войсками. Просит прислать «… сколько будет возможно». По стилю писем ощущается крушение всех английских и неаполитанских планов.
Возможно, «не завязни» Ушаков у Корфу, он бы и выделил немедленно корабли и войска на помощь Неаполитанскому королевству. Но в тот момент блокада Корфу достигла своего апогея, и готовился штурм крепостей.
Только после взятия Корфу, 26 февраля, Ф.Ф. Ушаков сообщает королю, В.В. Мусину-Пушкину-Брюсу и Г. Нельсону впервые свой замысел дальнейших действий. Он извещает, что готовит для помощи половину русской эскадры (4 корабля, 3 или 4 фрегата и несколько малых судов) и половину оттоманской (2 корабля, 3 фрегата и малые суда). Задержать подготовку может отсутствие провизии, поэтому просит подготовить в Мессине 5448 пудов «соленых мяс» и занять денег для нужд эскадр. Предварительно Ушаков предполагал освободить провинцию Апулия (юго-восток полуострова), а затем проследовать к Мессине.
Пока осуществлялась подготовка кораблей, а велась она явно неторопливо, поскольку не было ещё прямых указаний царя; не было ясности с возможной задачей переброски корпуса войск с албанского берега на Апеннинский полуостров, для чего могли потребоваться корабли в большом количестве; не было продовольствия – возникла новая задача. На этот раз помощи эскадр просили австрийцы. В конце марта (23 марта) полномочный русский министр при австрийском дворе граф А.К. Разумовский сообщил Ушакову, что австрийское правительство именем своего императора просит об отделении некоторой части сил «очень необходимых в настоящих военных действиях в Италии». Речь идет о действиях союзной армии под руководством графа А.В. Суворова на севере Италии. Силы эскадры нужны для наблюдения за гаванью Анконы и препятствию выхода из неё французских кораблей, а также «для прикрытия и покровительства продовольствия» итальянской армии, доставляемого из Венгрии Адриатическим морем. Для последней задачи достаточным считалось назначить 1–2 фрегата в Триест или в Венецию, где они соединятся с австрийскими канонерскими лодками. Аналогичная просьба последовала и от самого А.В. Суворова.