Однако в самом начале июня становится известно о входе французского флота из Бреста в Средиземное море и о возможности соединения его с испанским флотом. Естественно, предполагалось, что объединенный французско-испанский флот идет в Средиземное море, чтобы завоевать тут господство, деблокировать египетскую армию Бонапарта и обеспечить с моря её продвижение в Индию. В это время эскадра Нельсона, взаимодействуя с «армией веры» кардинала Руффо, готовилась освободить Неаполь. 2 июня Нельсон принял в Палермо на корабли эскадры наследного принца Неаполитанского королевства генерала Актона и 1500 человек войск и направился к Неаполю. Однако на следующий день, получив сообщение о движении французского флота, он вернулся в Палермо, высадил принца и войска и бросился на поиск и перехват флота противника. Заметим, что именно в эти дни русский десант под командованием капитан-лейтенанта Г.Г. Белле, высаженный в начале мая на юго-востоке Италии, соединился с частями «армии веры» и начал движение к Неаполю, куда подошел и, практически, освободил город 9 июня. (Подробнее о действиях отряда – ниже).
В связи с входом французского флота в Средиземное море и необходимостью собрать все боеспособные силы на о. Корфу, а затем следовать на соединение с Нельсоном, Ушаков в начале июня снимает блокаду крепости Анкона, осуществляемую с конца мая эскадрой П.В. Пустошкиным. (Документы, т.3, док.19).
Эскадры контр-адмирала Пустошкина от Анконы и капитана 2 ранга Сорокина от Манфредонии прибыли на о. Корфу только к 22 июня 1799 года. Однако уже к середине июня стало известно, что французско-испанский флот покинул Средиземное море. Возвращение Пустошкина и Сорокина оказалось напрасным. Более того, оно нанесло огромный вред. Французские войска вновь овладели ситуацией в провинциях вокруг Анконы. Были потеряны наметившиеся высокие темпы наступления, так как не удалось реализовать известный принцип оперативного искусства – принцип эксплуатации победы.
К тому времени англо-португальский флот продолжал блокировать противника: в районе Александрии, на о. Мальта, в Картахене, в Кадиксе, на генуэзском рейде. Нельсон узнал о том, что флот противника покинул Средиземное море значительно раньше Ушакова и продолжил выполнение задачи по освобождению Неаполя.
Когда стало ясно, что угроза со стороны объединенного французско-испанского флота миновала, 29 июня Ф.Ф. Ушаков отдает указание о возобновлении блокады Анконы, теперь уже эскадрой под руководством Н.Д. Войновича (3 русских фрегата и бригантина, а также один фрегат, один корвет, и малое турецкое судно). Некоторые историки недоумевают – зачем Ушаков сменил командование и корабли. Однако они не учитывают, что из-за недостатка и плохого качества провизии на вернувшихся кораблях контр-адмирала Пустошкина очень многие матросы болели цингой. Так, с корабля «Симеон и Анна» было свезено на берег 130 человек, а с другого – 70 человек (Документы, т.3, док.37). Ушаков опасался, что и в походе к Мессине: «Худая провизия непременно сделает всю нашу команду больною, что с означенными двумя кораблями и случилось».
Ушакова в этот период беспокоили не только проблемы со снабжением и болезнями. Он видел и низкий моральный дух личного состава. В своем письме русскому посланнику в Блистательной Порте В П. Томаре в июле он писал: «За Корфу я и слова благодарности никакого не получил… рекомендованные мною (представленные к награде – прим. авт.) также; что всему причиною не знаю. После сего целое Неаполитанское Королевство нами освобождено, Анкона блокируется, Венецианский залив весь очищен, вся турецкая граница со стороны неприятеля приведена в безопасность. Мы действия свои простираем уже в отдаленных местах… За всем тем не замечаю из Санкт-Петербурга приятного виду и благоволения…, напротив того, замечаю в подчиненных моих уныние». Вот такова горькая оценка…
В связи с неожиданно стремительным наступлением русско-австрийских войск на севере Италии, в середине июля возникла необходимость морской блокады Генуи русско-турецкими эскадрами. Об этом к Ушакову обратился Суворов, сообщая, что дальнейший путь его армии будет лежать к Генуе. С той же просьбой он обратился и к Нельсону, а также к неаполитанскому королю (Документы, т.3, док.47 и 48). 17–19 июня состоялось сражение при Треббии. Стало понятно, куда наступать далее – в направлении Генуи, а оттуда вторгнуться на территорию Франции.