19 июля 1799 г. Ушаков получил разрешение Павла I отправить в Ахтиар для ремонта два корабля «Богоявление Господне» и «Св. Троица». Однако к тому времени «Богоявление Господне» без кренгования (кренгование – наклон судна без выхода киля из воды, применяемый для чистки подводной части от обрастаний: ракушек и т. п., и для мелкого ремонта обшивки корпуса) и ремонта на месте выполнить самостоятельный переход уже не мог. А через несколько суток, дождавшись провианта, соединенные русско-турецкие эскадры (не в полном составе), немедленно направилась к Сицилии (24 июля). Вот как об этом сообщал Ушаков русскому посланнику в Блистательной Порте В. С. Томаре (Документы, т.3, док.64): «Вашему превосходительству донесть честь имею: получа на сих днях необходимо надобные провианты, присланные из Николаева на транспортных фрегатах «Поспешный» и «Николай» (выделено нами), с вверенной мне эскадрою в числе шести кораблей, трех фрегатов, трех авизов и одного пленного малого требакула вместе с турецкою эскадрою, состоящую в четырех кораблях, трех фрегатов и одного малого судна, сего числа из Корфу отправились к Сицилии, а оттоль к Неаполю в соединение с аглицкою эскадрою контр-адмирала Нельсона на общее действие против неприятельских флотов». На о. Корфу оставались линейные корабли «Богоявление Господне», «Св. Троица» и захваченный у французов «Леандр», который позже по решению Двора придется отдать англичанам.
Важно было подчеркнуть, что Порта не поставляла провианты для данного похода, очевидно, давая тем самым понять своё нежелание участвовать в нём. Из второй части выделенного текста следует, что Ф.Ф. Ушакову вверена была только русская эскадра и не более того. Поэтому утверждение о том, что именно Ушаков был назначен в Константинополе главнокомандующим «объединённой эскадрой» никакими документами, в том числе и этим, не подтверждается.
Прибыли в Мессину 3 августа, где пополнили запасы продовольствия, в том числе и с русских транспортов, прибывших туда из Николаева.
Таким образом, на подготовку эскадр к предстоящим действиям потребовалось, по крайней мере, около 5 месяцев. За это время был освобожден Неаполь, в том числе и с участием русских войск (см. ниже). Однако главную роль в данной победе сумели себе присвоить англичане. В этот период была решена проблема угрозы объединенного франко-испанского флота в Средиземном море и сделано это было без Ушакова, хотя его просили о помощи. Последнее обстоятельство, естественно, нанесло ущерб репутации соединённых русско-турецких эскадр в глазах союзников (англичан и неаполитанцев), да и российского императора тоже. В итоге следует констатировать, что эскадры не смогли в тот период в полной мере проявить себя в важнейших событиях – освобождении Неаполитанского королевства и в борьбе за господство в западной части Средиземного моря. А по некоторым косвенным предпосылкам (поведению самого Ушакова) – возможно, и не хотели проявлять. Однако в период подготовки основных эскадр на Корфу часть сил все же весьма активно действовала на адриатическом побережье Апеннинского полуострова и в частности в провинции Апулия. По существу, к середине мая было завоевано господство соединённых русско – турецких эскадр в Адриатическом море, что сковало французские войска и оказывало поддержку с юга наступлению русско-австрийских войск под руководством Суворова на севере Италии.
Освобождение провинции Апулия («пятка» и «каблук» Апеннинского полуострова) началось в апреле 1799 года отправлением к её берегам эскадры кораблей под командованием капитана 2 ранга А.А. Сорокина (1 апреля). В состав эскадры входили 4 фрегата и шхуна из русской эскадры, корвет и 4 канонерские лодки из турецкой эскадры, а также неаполитанский фрегат. На последнем находился военный министр Неаполитанского королевства Мишеру. Действия были санкционированы рескриптом царя от 27 марта. В нем были сформулированы задачи предстоящих действий: «…обеспеча плавание своё взятие Корфу (не безопасность Порты, а плавание своё – прим. авт.), можете вы ныне гораздо большим успехом исполнить данное от нас повеление (непонятно – о каком повелении идет речь – прим. авт.), равно прикроете от покушений французских турецкие берега, взяв возможную осторожность от оставшихся в Анконе кораблей, делая над ними поиски, и стараться, чтобы не могли они выйти; равномерно пресечь по всему Адриатическому морю плавание для французских судов, препятствуя собираться в какое – либо место транспортным их судам для помещения десантных войск; словом стараться совершенно обеспечить от извергов сих все берега соединенных держав». Отметим, что на данном этапе пока остаются общие интересы между Россией и Портой. Освобождая Апеннинское побережье от французов и пресекая действия их флота в Адриатическом море, флот действительно отодвигал опасность вторжения на территорию Порты. Турецкие силы вместе с русскими безропотно приступили к выполнению поставленных задач.