В это же время (29 марта) на Корфу вновь прибывает военный министр неаполитанского короля, «… чтобы быть при эскадре». Он сообщил состояние военно-политической обстановки в королевстве. Обстановка оставалась сложной. Французы численностью до 10 тысяч человек занимали линию, начиная от границы столицы, то есть Гаэту, Капуя (провинции) и Неаполь. Округ Абруца, вся провинция Пулия были верны королю. Кардинал Руффо, наместник королевский на территории не занятой французами, предводительствуя над армией в 24 тыс. человек очистил от французов провинцию Калабрию (юг полуострова) и продвигался к провинции Салерно. Эскадра Г. Нельсона во взаимодействии с неаполитанскими кораблями блокировала Неаполь, но только с моря. Король, находясь на Сицилии, рассчитывал, что соединённые русско-турецкие эскадры и выделенные российским императором 12–15 тысяч войск для оказания помощи Королевству направятся прямо в Неаполь. Он считал, что войска к тому времени уже сосредоточены в Заро или Рагузе (восточное побережье Адриатического моря).
На месте министр предлагает свой вариант действий – высадить русский десант в Манфредонии (юго-восточная провинция Королевства), куда должны подойти войска «армии веры» кардинала Руффо, а кораблям русско – турецких эскадр идти к Неаполю.
Таким образом, Ф.Ф. Ушаков к концу марта стоял перед сложным выбором. Было несколько просьб о действиях эскадр, но не было задач. Не было целей. Цели и задачи приходилось формулировать себе самостоятельно, угадывая по отрывочным и запоздалым (на 1,5–3 месяца) сведениям намерения и действия политиков и дипломатов. В этих условиях требовалась величайшая осторожность и предусмотрительность. Однако затягивать и далее принятие решения о последующих действиях уже не представлялось возможным. Поэтому 30 марта он докладывает Павлу I о просьбах, докладывает свой вариант действий, сообщает, что ждет известий о войсках Германа (откуда их придется доставлять – из Заро, Триеста, Венеции?), что остро нуждается в десантных войсках, просит указаний, где действовать ему и войскам. И уже через сутки подписывает ордер первой эскадре кораблей – следовать в Бриндизи для оказания помощи Неаполитанскому королевству. С остальными силами по-прежнему остается на Корфу.
В итоге, дипломатическая подготовка Итальянской кампании заняла около пяти месяцев. В ней, прежде всего, участвовали правительства и высшее руководство России, Неаполитанского королевства, Австрии, а также дипломаты и командование соединённых русско-турецких эскадр и англо-португальской эскадры. Очень часто участники событий принимали решения в условиях значительной неопределенности, возникающей из-за несоответствия темпов реальных событий и темпов принятия решений (основная причина – длительность доставки информации и доведения решений).
Наиболее четко и ясно формулировали свои цели в отношении эскадр неаполитанцы и австрийцы. Англичане чаще всего явно стремились ослабить силы эскадр у Корфу. Российский же двор проявил в данной ситуации в очередной раз колебания, нетвердость позиции. Дальнейшая, после Корфу, цель действий ясно и четко так и не была сформулирована ни царем, ни Адмиралтейств-коллегией. Ф.Ф. Ушакову пришлось её выбирать самостоятельно. Возможно, в данном случае сказалось отсутствие ясной стратегической цели всего пребывания соединённых эскадр в Средиземном море после освобождения Ионических островов. В ходе подготовки к Итальянской кампании, практически, не участвовали турки. И это не случайно. Цели Порты были достигнуты, а бороться за неаполитанцев, они, очевидно, не очень желали. Может быть, уже тут следует искать истинные причины более позднего ухода турецкой эскадры из Палермо в Константинополь.
Как следует из письма Ушакова Суворову от 28 апреля 1799 года, в планы эскадр входили действия по освобождению восточного побережья Италии, затем совместно с английской эскадрой – освобождение Неаполя (столицы Неаполитанского королевства) на западном побережье Италии и, возможно, позже – освобождение о. Мальта. У русско-турецких эскадр перед этими действиями существовало несколько проблем: недостаток десантных войск; неисправные корабли; отсутствие запасов провианта. Поэтому требовалось время для их решения.
В середине мая Ушаков решает сначала собрать на Корфу все корабли, которые должны следовать в Палермо для соединения с англо-португальской эскадрой.