Российское командование оказалось между двух огней. Сложность положения дала себе знать с первых же дней. Крестьянство некоторых островов восприняло подход эскадр как сигнал к расправе с нобилями. Типичные в этом смысле события произошли на Закинфе и Кефаллинии в октябре 1798 года. На первом ещё до подхода эскадр отряды вооруженных крестьян разгромили дома тех, кто проявлял симпатии к французским властям. Схожие, но, пожалуй, более крупные по масштабам сцены повторялись и на Кефаллинии. К капитану 2 ранга И.С. Поскочину обратились за помощью депутаты городов Аргостолиона и Ликсури, просившие послать войска «для защищения городских жителей от поселян, кои под видом мщения и наказания тех из них, которые держались якобинских правил, готовились разорить и разграбить «домы богатых дворян», для «обуздания наглости и буйства многочисленного народа, устремляющегося на расхищение домов их». Поскочин направил в Аргостолион и Лискури небольшие отряды и обратился к населению: он «объявляет похвалу деревенским жителям», но одновременно предлагает, чтобы, они «возвратились бы ко своим жилищам и никто бы в городе, кроме избранных к тому людей, оружия с собой не носил». Но тем дело не кончилось – Поскочину сообщили, что крестьяне собираются совершить нападение на оба города, дабы под видом наказания за якобинство ограбить богатых дворян. Тогда Поскочин направил к Аргостолиону и Ликсури фрегаты.
Для стимулирования выступления широких слоев местного населения против французов, как уже отмечалось, на каждый остров были направлены воззвания от имени командования и патриарха. Воззвания возымели действие и население практически всех островов выступило на стороне союзников. Самыми сильными стимулами для населения явились, содержащиеся в обращениях, обещания амнистии и предоставления самостоятельности при выборе будущей власти. Французы несли с собой лозунги свободы и многие жители, не разобравшись в ситуации, пошли вслед за ними. Теперь оккупантов помогли прогнать и можно было расправиться с местными «якобинцами».
Уже на первых освобожденных островах пришлось выполнять обещания. В октябре – ноябре 1798 года было установлено временное местное управление на островах Корфу, Кефаллиния, Св. Мавры на принципе максимальной автономии и относительного равноправия граждан первого и второго классов. На Занте были избраны 44 судьи: по 22 от каждого из двух классов. Кроме того, в состав президенцы – органа исполнительной власти – вошли также представители обоих классов. На о. Св. Мавры во главе населения был поставлен преданный человек – А. Орио. Однако ему было рекомендовано установить на острове власть по образу Занте. На Кефаллинии, охваченной к моменту освобождения волнениями, в том числе и на внутренней борьбе нобиле и остальных жителей, союзное командование утвердило депутацию (законодательную власть) и президенцию. При этом в состав последней вошли только представители нобилей. И тут Ушаков рекомендовал в конечном итоге установить власть по образу острова Занте.
В общих чертах устройство власти на островах было ясно Ушакову ещё в конце 1798 года. Он хотел примирения на островах на основе общего прощения и предоставления значительных прав не только нобилям, но и другим сословиям. В частности, он считал необходимым разрешить участвовать в выборах органов власти представителям всех классов. Устройство временной власти на такой основе в декабре того года было одобрено Портой.
Сразу же после освобождения Корфу была опубликована обещанная и долгожданная прокламация (21 февраля), которую подписали Ушаков и Кадыр-бей. В ней объявлялась амнистия представителям всех классов, предоставлялись гарантии уважения религии, собственности и прав личности, забвения прошлого, призыв к прекращению внутренней борьбы и восстановлению спокойствия (ничего не изменилось за двести лет – сейчас для разрешения многих конфликтов указанные условия обязательные.). Прокламацию, естественно, поддержало духовенство, поскольку и патриарх в своих посланиях обещал подобное. Выпуск прокламации был оговорен и в акте капитуляции гарнизона крепости. Однако амнистия (прощение) могла наступить только после раскаяния.
Когда пала крепость Корфу был назначен губернатор города и комендант крепости. Губернатором стал патрон (контр-адмирал) Шермет-бей, комендантом – подполковник Скипор. Очевидно, нет необходимости сомневаться, что реальной власти больше оказалось не у губернатора, а у коменданта, поскольку у последнего была сила. Местное управление на острове первоначально составили временное правительство из представителей двух классов, заменённое через несколько дней на ассамблею глав дворянских фамилий (по не выясненной нами причине). Ассамблея избрала управление (депутацию) из одних нобилей. Депутация собрала дворянский Генеральный совет.