Как видим, реконструкция политических событий показывает, что однообразия, общего подхода в установлении власти на островах не существовало. Попытки приписать Ушакову наличие такого подхода, т. е. единого замысла относительно структуры власти, вступают в явное противоречие с самими событиями. Реально получилось, что на Занте, на Кефаллинии, на Св. Мавры, на Корфу – везде власть установлена по разному.
16-18 мая 1799 года командование соединённых эскадр разработало и опубликовало «План о учреждении правления на освобождённых от французов прежде бывших венецианских островах и об установлении во оных порядка», широко известный сейчас как «Временный план об учреждении правления». План устанавливал тип государственной власти создаваемой Ионической республики. В нём содержалось определение её государственного устройства. Определялись политические права; разряды населения, получившего эти права; органы центральной и местной власти; порядок избрания этих органов власти; нормы представительства в них от отдельных островов и сословий.
Центральные органы власти создаваемой республики должны были избираться после сформирования всех местных органов власти. В их состав входили: Генеральный совет острова (законодательная власть), президенция острова (исполнительная власть – 6 президентов на каждом острове, которые избирались генеральным советом), Малый совет (конклав) каждого острова (судебная власть – 40 судей на каждом острове). Малый совет состоял из верховного суда по гражданским и уголовным делам, аппеляционного суда, гражданского и уголовного трибуналов первой инстанции, общего гражданского и уголовного трибуналов по маловажным делам. Таким образом, налицо классические три ветви власти демократического государства. Однако вся проблема была в той роли, которую хотели играть те или иные сословия в данной классической системе власти. Нобили желали сохранить существовавшую ранее преобладающую роль, другие сословия, ободренные союзным командованием и своим значительным реальным вкладом в освобождение островов, со своей стороны претендовали на повышение собственной роли. Вокруг этого и развернулась жестокая борьба.
Центральная власть по замыслу организаторов должна была состоять из Сената на Корфу. В состав Сената должно было входить 15 членов, избранных генеральными советами островов по ранее установленным квотам. От Корфу, Кефаллинии и Занте по три человека (2 из нобилей и 1 от второго класса), от Итаки, Корфу и Паксоса – по одному человеку (нормы для классов не устанавливались). В качестве исполнительной власти Сенатом избирался Президент Сената (не из членов Сената).
Выборы в Сенат прошли в первой половине мая. Президентом Сената по рекомендации Ф.Ф. Ушакова был избран упоминаемый выше А. Орио, вице-президентом – С. Г. Теотокис. Орио был венецианцем – католиком, однако пользовался уважением командования флота и ему было поручено разработать проект новой конституции республики. Уже 16 мая вариант конституции был одобрен Сенатом.
Надо особо заметить, что политические права на островах получали только христиане.
Выборы в Сенат не только не успокоили, бушевавшие ранее социальные страсти, но ещё более их обострили. Вспыхнули с новой силой волнения на Кефаллинии.
По договоренности с Портой конституцию создаваемой республики должны были одобрить высочайшие Дворы в Константинополе и в Петербурге. В начале лета островитяне выбирают своих депутатов, которые должны отправиться за одобрением сначала в Константинополь, а затем в Петербург. Вокруг выборов депутатов и определения их полномочий вспыхнула новая борьба. Депутатов возглавил А. Орио.
В это время в Константинополе продолжались переговоры между Россией и Портой о будущем международном статусе республики, о внутреннем устройстве власти. До июля обсуждался в предварительном порядке вариант, одобренный в декабре предыдущего года. Однако в июле Порта вносит свой новый вариант, который идет вразрез с тем, что было предложено ранее Ушаковым. Она предлагает республике статус княжества по образу и подобию своего Дунайского княжества.
Как помним, именно в июле Ушаков с основными силами эскадр уходит в Неаполь.
В сентябре 1799 года после прибытия в Константинополь депутатов с островов Порта выступает против предложенного Ф.Ф. Ушаковым Временного плана. В течение всей осени в Константинополе продолжаются российско-турецкие переговоры, в которых принимают участие депутаты. К концу года в процесс вмешиваются англичане, рекомендуя на островах власть максимально близкую той, которая была при венецианском владении.
На самих островах началась кампания за переизбрание на посту президента Сената А. Орио. В октябре 1799 года состоялось решение Сената о замене Орио в составе делегации в Петербург. Однако реально это сделать не смогли, поскольку депутаты уже убыли. Сам Орио сумел в Петербурге покорить не только правительственные круги, но и императора. И все же позже – в июне 1800 года вместо Орио был переизбран Теотокис.