Проблема снабжения возникла, как было отмечено ранее, уже на этапе подготовки русской эскадры. Экстренная подготовка закончилась тем, что эскадра ушла из Ахтиара без достаточного количества продовольствия (соленого мяса и «коровьего масла»). Личный состав не получил жалованья с сентября 1797 года, а обер-офицеры – порционных денег. Экипажи не получили обмундирования за 1798 год, не говоря уже об обмундировании на предстоящий период. Обо всем об этом Ф.Ф. Ушаков докладывал рапортом в контору Главного командира Черноморских флотов сразу же по прибытии в Константинополь. Он просил направить всё необходимое к эскадре на попутных судах.
Но самое удивительное состоит в том, что, как следует из документов, эскадра направилась к Босфору, не имея никаких указаний по организации снабжения, а также по организации ремонта кораблей. Такое безрассудство, очевидно, было возможно в то время только в российском флоте. Оно изначально обрекало командование эскадры на мучительный поиск источников и приемлемой организации снабжения уже в ходе кампании, а экипажи – на лишения и страдания. Так оно и оказалось в конечном итоге.
Ф.Ф. Ушаков, очевидно, осознал окончательно своё положение лишь в Константинополе. Чтобы оперативно решить проблему снабжения, он начинает действовать по нескольким направлениям с целью урегулирования вопросов снабжения. С одной стороны, он направляет ряд рапортов Главному командиру Черноморских флотов Н.С. Мордвинову. С другой – через русского посланника в Константинополе В.С. Томару пытается донести свои трудности до правительства. Кроме того, он отправляет запросы в Государственную адмиралтейств-коллегию. При этом, характеризуя положение в эскадре, прибегает к таким выражениям: «…находясь в иностранных местах, от стыда избежать не можно при таких неимуществах». То ли ещё будет! 6 сентября о положении дел Ф.Ф. Ушаков доносит рапортом императору, заключая: «Осмеливаюсь вашего императорского величества всеподданейше просить высочайшего повеления, на каком основании во всех продовольствованиях жалованьем, провиантом, порционными деньгами и обмундированием служителей и впрочим эскадру содержать определено будет».
Как отмечалось выше, в середине сентября был подписан указ Павла I об отпуске денежных средств на содержание эскадры. Определялись одноразовые выплаты на каждый корабль и каждому адмиралу. Указ не устанавливал систему выплат на длительную перспективу, т. е. не снимал проблемы в целом. Пока эскадра находилась в Константинополе, Ф.Ф. Ушаков всеми возможными способами сумел получить от В.С. Томары определенное количество денежных средств на пополнение израсходованных запасов. Кроме того, из Ахтиара было доставлено небольшое количество имущества для ремонта кораблей (с кораблями, которые были возвращены с перехода Черным морем).
В ходе конференций в Константинополе Порта приняла на себя обязательство снабжать соединённые эскадры, а также предоставить верфи для ремонта кораблей. Этим шагом она приобрела возможность реально регулировать их деятельность, а Россия такую возможность утратила. Ибо, тот, кто предоставляет ресурсы, тот реально управляет действиями.
На первых порах Ионической кампании, пока не было затруднений в освобождении островов, проблемы снабжения для Ф.Ф. Ушакова отодвинулись на второй или даже третий план. Однако уже 10 ноября, установив блокаду Корфу и поняв, что блокада может затянуться, главнокомандующий понимает: соединённые эскадры попали в тяжелое положение. К концу месяца должно было закончиться продовольствие на кораблях даже с учетом самой строгой экономии. Поступления обещанного продовольствия из Константинополя и из Мореи нет и не предвидится, как и обещанных турецких войск для взятия Корфу. Местное турецкое начальство, оправдывалось тем, что продовольствие не заготовлено. Попытка забрать на берегу для эскадры хотя бы скот, принадлежавший ранее французам, не удалась. Жители его не отдали. Как выяснилось позже, продовольствие в Морее к тому времени действительно не было заготовлено. В Константинополе только в середине ноября оно было закуплено и частично загружено на нанятые русские и турецкие транспортные суда, отправляющиеся в Морею, к Корфу и к Александрии. В Патрас, где должна была быть организована заготовка продовольствия ещё даже не прибыл уполномоченный турецкого правительства.
3 декабря, в одном из многочисленных посланий с просьбой о помощи, Ф.Ф.Ушаков писал: «Мы терпим совершенный голод и бедствие». Осажденные же в крепости Корфу французы ничего подобного не испытывали. Однако именно в этот день из Патраса пришло первое купеческое судно, которое доставило на эскадры сухари (на 3 дня).