Не все дуалисты в последующие века разделяли убеждения Маркиона. Тонкости дуалистического богословия отличались в разных регионах, и большинство групп развивали свои собственные особенности. Кроме того, оставалось значительное число тех, кто придерживался более умеренного, но менее логичного мнения, что Демиург изначально произошел от Бога. Тем не менее, после Маркиона все дуалисты имели два общих фундаментальных момента. Первым из них была вера в создание материи дьяволом, или Демиургом, и, следовательно, в желательность полного воздержания и крайнего аскетизма. Второй, вытекающий из этого, был церковной организацией, которая делила своих членов на практикующих и верующих, разделенных внушительной церемонией посвящения. Отсюда различие между гнозисом, знанием посвященного практикующего, и пистисом, верой обычного верующего. Идея церемонии посвящения и очень часто используемые слова были заимствованы из практики ранней Церкви, которая обычно откладывала крещение на поздний период жизни. Святой Августин был крещен в возрасте тридцати трех лет, император Константин — только на смертном одре. Дуалистические секты просто сохраняли идею духовного избрания долгое время после того, как ортодоксальная Церковь отказалась от нее в пользу крещения младенцев.
Как ясно показывает Плиний в своем знаменитом письме императору Траяну, именно их сектантские наклонности вызвали подозрение римских властей по отношению к ранним христианам. Эта подозрительность к замкнутым сектам, все еще была очень жива в христианской империи, и она, естественно, была направлена на те группы, как маркиониты, которые обозначали пропасть между собой и остальным обществом церемонией посвящения. Антисоциальная тенденция гностицизма стала еще более очевидной в случае самой знаменитой из всех дуалистических сект, манихеев, которая в IV веке охватила христианский мир, а в Западной Азии просуществовала как основная Церковь в течение шестисот лет. Манихеи получили свое название и доктрины от перса Мани, который начал свою проповедь в Ктесифоне в Месопотамии в 242 году и, вызвав гнев зороастрийских священников, был замучен в 276 году в Гондишапуре на юго-западе Персии. Хотя Мани называл себя апостолом Христа, он жил и умер в зороастрийском царстве Персии, и совсем не очевидно, что его следует считать христианином. Мани считал всех великих духовных лидеров посланниками истинного Бога. Его причудливая теология включала в себя элементы буддизма и зороастризма, а также классический христианский дуализм, который приглянулся и молодому Августину. Самые строгие последователи Мани шли на крайние меры, избегая любых контактов с материальным миром, отказываясь работать, воевать или жениться. Все это во многом объясняет, почему манихеи стали одними из первых христианских еретиков, подвергшихся постоянным преследованиям со стороны государства. Хотя вклад Мани в историю дуализма был гораздо меньше, чем у Маркиона, дурная слава, которую его последователи заслужили своими анархическими взглядами, распространилась на все дуалистические секты. На протяжении всего средневековья слово манихей применялось к еретикам, из которых мало кто слышал о Мани, а некоторые даже не были дуалистами.
Ересь, как и само христианство, имела тенденцию двигаться с востока на запад. Но только в VIII веке дуализм впервые прочно укрепился на европейской стороне Босфора. Источником инфекции была Армения, где с V века существовала крупная дуалистическая община, известная как павликиане. Армяне были агрессивной, беспокойной расой, чье подчинение Византии порой было не более чем номинальным. В VIII веке император Константин V переселил их колонии во Фракию, где, как он надеялся, их воинственность пригодится для защиты балканской границы. Другие последовали за ними примерно в 975 году и поселились в районе Филиппополя. Эти армянские колонисты принесли с собой не только свои военные навыки, но и еретические убеждения. К концу IX века миссионеры павликиан уже проникли в соседнее Болгарское царство.
