Ему нравилось трудиться в совнархозе. Работа в нем многому научила, особенно принципам управления сразу несколькими отраслями. В крае заново были созданы газовая и сахарная отрасли, расширилось машиностроение, обновилась пищевая промышленность, значительно увеличился выпуск шампанских вин, заработали предприятия искусственной кожи и хлопчатобумажных изделий. Приобретенный здесь опыт впоследствии очень пригодился Байбакову в период его деятельности в Госплане СССР.
Выявились и недостатки в деятельности совнархозов, которые тянули «одеяло» каждый на себя. Это было порожденное децентрализацией «местничество», ведущее к хаосу, а в горбачевско-ельцинские годы - к распаду.
Хрущев довольно быстро понял свою ошибку, «рассыпав» единое хозяйство на составные элементы. В 1962 году было принято решение об укрупнении совнархозов. На Северном Кавказе вместо шести совнархозов создали один, руководить которым было поручено Байбакову.
Байбакову вновь довелось руководить Госпланом СССР в 1965-1985 годы.
Он вспоминает, что в августе 1965 года его вызвали в ЦК к Л.И. Брежневу, где уже находился А.Н. Косыгин. Брежнев сразу объявил:
- Возвращайся в Госплан.
Байбаков попытался отказываться, на что Брежнев заметил, что его ранее сместили с этого поста не оттого, что не справился с работой, а потому, что его взгляды разошлись с хрущевскими. Далее он рассказал о трудном положении в стране, о том, что нужно усилить централизацию управления и планирования, о предстоящей ликвидации совнархозов и восстановлении министерств.
Затем Косыгин ввел Байбакова в курс предстоящих ответственных дел Госплана по определению направлений развития всей советской экономики, поиску наиболее эффективных путей решения возникающих проблем.
Байбаков впервые общался с Косыгиным так близко. На него произвели сильное впечатление простота и сдержанность, неторопливые слова и вдумчивые обобщения, глубина экономического мышления Косыгина. Это был самый крупный и эрудированный государственный деятель из всех, кого знал Байбаков. Он обладал многогранными знаниями в экономике и планировании, финансах, легкой и пищевой промышленности.
Вспоминая о работе Госплана по реализации реформы Косыгина, улучшению управления, совершенствованию планирования и усилению экономического стимулирования, Байбаков писал, что до конца довести реформу не удалось. Главная причина крылась в отсутствии поддержки со стороны большинства в Политбюро.
В итоге реформы заработная плата стала расти быстрее, чем производительность труда.
Вместе с тем, восьмая пятилетка стала самой динамичной не только в промышленности, но ив сельском хозяйстве. Развитие экономики в ней происходило более высокими темпами, чем в последующих пятилетках.
Особое внимание Косыгин постоянно уделял деятельности Госплана. Это генеральный штаб страны в области экономики, - говорил он. Особенно важна его роль в обеспечении пропорционального развития народного хозяйства. Повышение уровня сбалансированности плана способствовало росту
производства. Он был последовательным сторонником планирования развития научно-технического прогресса.
Косыгин строго следил за работой Госплана, скурпулезно изучал представляемые документы, требовал соблюдения правильного соотношения роста производительности труда и заработной платы. Он не раз говорил Байбакову:
- Ты, председатель Госплана, до принятия решения взвесь все позитивные и негативные стороны дела. Ошибка директора предприятия может обойтись государству в тысячи рублей, ошибка министра - в миллионы, оплошность же председателя Госплана или Совмина - в миллиарды рублей.
Сам он тщательно готовился к рассмотрению вопросов на совещаниях в Совмине. Жестко выражал свое недовольство, если перед ним «финтили», изворачивались, стараясь прикрыть свою неосведомленность. Был внешне суров, редко улыбался, но никогда не был грубым, предвзято настроенным, не допускал оскорблений. Был сдержан, спокоен в общении, не любил панибратства. Весь смысл жизни Косыгина заключался в работе.
Госплану предстояло разработать проект восьмого пятилетнего плана на 19661970 годы. Перестраивалась структура Госплана. Создавались новые отраслевые, функциональные и сводные отделы. Подбирались кадры, имеющие обширные познания в соответствующих отраслях и сферах экономики, эрудированных в различных сферах деятельности, обладающих опытом практической работы, умеющих находить общий язык со специалистами других отраслей и министерств, республик, областей и предприятий, с работниками аппарата ЦК, Верховного Совета и Правительства.
Чтобы работать председателем Госплана, нужно иметь глубокие и разносторонние знания. Один человек обладать такими знаниями не может. Поэтому Байбаков всегда старался привлечь профессионалов, создать в коллективе обстановку товарищества, а при обсуждении насущных проблем выслушивать внимательно все мнения, смело высказывать любые предложения. В результате почти всегда находился ключ к решению любой проблемы.