В 1892 году Боас оставил работу в Университете Кларка, став главным помощником Патнема в отделе антропологии на Всемирной выставке 1893 года в Чикаго. Этот шаг был оправдан как тем, что в Университете Кларка исследователи работали в определенных рамках, так и размахом антропологических мероприятий Чикагской выставки, на базе которой вот-вот должен был появиться постоянный исследовательский музей. На самом деле это была единственная выставка, которая действительно способствовала широкомасштабному сбору данных и исследованиям и привела к появлению замечательного научного учреждения, – Филдовского музея, в течение многих лет известного как Колумбийский. Патнем вернулся в Гарвард, а в 1894 году – в Американский музей в Нью-Йорке, оставив Боаса куратором антропологии в зарождающемся Филдовском музее. Внутренняя напряженность, если не сказать разлад, похоже, присутствовали с самого начала. Все, что произошло, теперь будет трудно и, пожалуй, невозможно выяснить. Боас впоследствии никогда не сомневался в правильности тогдашней своей позиции, да и протестовали почти все сотрудники. Но когда дело дошло до увольнений, жертвой пал он один. Какими бы ни были предшествующие события, нет сомнений, что отступать он не собирался. На должности куратора антропологии его сменил Холмс, а затем Дорси. Боас остался без средств к существованию.
Последовало трудное время, но в этот период он подружился с У.Дж. Макги, пока Патнем, человек совершенно иного темперамента и интересов в науке, но научившийся ценить способности Боаса, не предложил ему в Американском музее должность куратора отдела этнологии и соматологии. По имеющимся сведениям, эта работа началась в 1896 году, но вполне возможно, что и годом раньше. Во всяком случае, летом 1896 года к этому назначению добавилась должность преподавателя физической антропологии в Колумбийском университете, к чему приложил руку Кеттелл. Впервые у Боаса появилась твердая почва под ногами как в материальном, так и в профессиональном плане. Он поселился в доме на 83‑й улице, недалеко от музея, где проводил бóльшую часть своего рабочего времени. В 1899 году в Колумбийском университете он стал профессором антропологии, а в 1901 году в Американском музее его назначили куратором в связи с отъездом Патнема из Нью-Йорка ввиду получения им должности директора в Калифорнии. Связь с музеем прервется несколько лет спустя, но на эти десять лет пришелся самый большой всплеск антропологической деятельности этого учреждения в области изысканий, исследований и сбора материалов – экспедиция Джесупа и множество более мелких экспедиций. Притом что эту экспедицию возглавлял Патнем и, вероятно, установил необходимые контакты с попечителями и самим г-ном Джесупом, на языке которого он изъяснялся лучше, чем пылкий молодой немецкий ученый. Именно Боас предусмотрел все трудности экспедиции, сформулировал программу, нашел необходимый штат в России, Германии и Америке и фактически руководил ее работой. Наряду с этим крупным предприятием он способствовал проведению исследований среди эскимосов, изучению современными методами индейцев равнин и Калифорнии, первым строго этнографическим полевым исследованиям в Китае, сбору новых антропометрических данных везде, где это было возможно, и языковым исследованиям как дополнению к этнологической методологии. Были открыты новые залы, зональное расположение экспонатов принципиально расходилось с эволюционной точкой зрения и проблемами, подчеркиваемыми старым тематическим расположением. В этом Боас был неутомим; многие тома оригинальных каталогов поступлений в музей написаны им.
