Сотрудничество с Американским музеем прервалось в 1905 году после резких разногласий с новым тщеславным директором, который сам несколько лет спустя вступил в аналогичный конфликт с председателем. Опять же спорные вопросы сейчас не очень ясны и не особенно важны, но существовал сознательный план по замене и увольнению Боаса, что было очевидно из применяемых подходов. В некоторых кругах этот эпизод был истолкован в основном как борьба за власть между отдельными личностями. В какой-то мере так оно, безусловно, и было. Но со стороны Боаса это была также борьба за сохранение контроля над программой развития науки, которая принесла великолепные плоды и приостановка которой было несомненной потерей не только для науки, но и для музея. Показательно, что его отставка сопровождалась уступкой в том, что он должен был сохранить за собой должность редактора и контроль над определенными фондами экспедиции Джесупа. Боас, вероятно, заранее знал исход столкновения с вышестоящим начальством, но, как всегда, он непоколебимо боролся до конца: ему не было свойственно ни сожалеть о поражении, ни ликовать по поводу успеха. Исход не встревожил его так, как мог бы потрясти менее сурового человека, хотя некоторая горечь осталась: он нелегко прощал то, что считал немотивированными нападками. Впрочем, Ф. Боас предвидел, что полноценная работа в науке и в музее, по-видимому, в долгосрочной перспективе будут несовместимы. Несколькими годами ранее, консультируя молодого коллегу по поводу схожей ситуации в его начинающейся карьере, он недвусмысленно выразил это мнение и добавил, что при необходимости выбирать отдал бы предпочтение науке.
Начав больше работать в Колумбийском университете, Боас отказался от дома на 83-й улице и построил себе дом по адресу Франклин-авеню, 230, в Грантвуде, штат Нью-Джерси, откуда до университета было легко добраться на пароме из Форт-Ли. Большой участок был засажен дубами; удобный дом; и он оставался там до конца жизни. Позже, когда дети выросли и разъехались, к нему переехала его старшая дочь с мужем и детьми, так что дом всегда полнился голосами, а ужинать одному ему не приходилось. Кабинет Боаса располагался сразу за входной дверью. Это была большая комната, полностью заставленная книгами, с одним большим письменным столом и кожаными креслами. Однако если посетители не приходили специально по делу, их принимали в гостиной вместе с другими членами семьи. Гостей всегда встречали радушно. Летний дом на Лейк-Джордж, с видом на озеро над Болтон-Лэндингом, был приобретен через посредничество д-ра Якоби. Здесь семья обычно жила в течение трех месяцев, за исключением довольно частых летних поездок в Европу, в ходе которых надо было навещать родственников и друзей.
Примерно в 1910 году Боас встал у истоков Международной школы американской археологии и этнологии в Мексике, в деятельности которой, помимо мексиканских учреждений, принимали участие Колумбийский университет, Гарвард, Пенсильвания, Общество испанистов, а также – формально – Берлинский университет. Предусматривались директор-резидент и несколько стипендиатов. Среди ее участников были Боас, Селлер, Тоззер, Мейсон и другие. 1911–1912 года были потрачены главным образом на языковедческую и археологическую работу. Помимо чтения лекций были многочисленные отчеты и статьи, несколько на испанском, которым Боас в достаточной мере овладел. Именно под его руководством М. Гамио обнаружил остатки древней культуры в Ацкапоцалько. Но работа была подорвана революциями в Мексике и напряженными отношениями с правительством Соединенных Штатов и в конечном итоге была прервана Первой мировой войной.
Когда Боасу было 56 лет, жизнь послала ему испытание, но он принял вызов со свойственной ему стойкостью. У него развился рак, хирургическое удаление которого потребовало разрыва главного лицевого нерва, что привело к параличу левой стороны лица и немного повлияло на четкость речи. Он испытывал относительно небольшие неудобства и, разумеется, не испытывал никаких нарушений здоровья; но изменение внешности породило множество необоснованных слухов среди тех, кто не знал его раньше, – об инсульте, увечьях на дуэли и тому подобном. За почти тридцать лет жизни, которые ему оставались, рецидивов болезни не было. Неустрашимый, он, уже перенеся операцию, отправился на полевую работу в Пуэрто-Рико, продолжавшуюся в течение шести недель.
