Здесь для истории Гражданской войны небезынтересна и позиция самого войскового атамана. Еще в конце мая в станице Манычская на встрече с генерал-лейтенантом А. И. Деникиным, настроенным проантантовски, атаман Краснов, имея чин генерала от кавалерии, отказался признать его верховное командование над Донской армией. В ходе встречи не удалось достичь соглашения о вхождении белых донцов в состав Добровольческой армии и о совместных действиях против Красной Армии.
Начальник штаба Донской армии «Красновского времени» генерал-майор И. А. Поляков в своих воспоминаниях о той позиции войскового атамана белого Дона рассказывает так:
«…Когда был поднят вопрос о подчинении генералу Деникину не только армии, но и Войска с его населением и средствами, генерал Краснов ответил на это категорическим отказом.
Он заявил, что Донская армия может подчиниться Деникину, но только как самостоятельная и через атамана. Идти на большее подчинение Краснов противился.
И не только оттого, что условия на Дону и психология казачьей массы не допускали этого или, что мелочность характера генерала Деникина, его высокомерность и резкая прямолинейность, переходившая зачастую в неуместную властность, оттолкнули от него донское командование, но еще и потому, что ни донской атаман, ни донское командование не считали генерала Деникина талантливым организатором, способным улучшить положение, а скорее его ухудшить.
Передать всецело в руки генерала Деникина хрупкий донской организм, по мнению генерала Краснова, было равносильно развалить все то, что с такими нечеловеческими усилиями было сделано. Свои опасения он основывал на сравнении организации Донской и Добровольческой армий и методов борьбы, применяемой каждой.
Действительно, за короткий сравнительно срок Дон был очищен от большевиков, армия, реорганизованная на основе точных штатов в стройную систему, успешно выдерживала натиск нескольких многотысячных советских армий.
Уничтожена была всякая партизанщина, а взамен создана образцовая Молодая армия и введены уставы.
Несмотря на тяготу военной службы, Дон процветал. Использованы были все производительные силы края, и борьба с большевиками приобрела народный характер…»
После официальной капитуляции Германии 11 ноября 1918 года в Первой мировой войне и прибытия на Дон представителей союзных держав Антанты (английского генерала Пуля и французского капитана Фуке), которые поддерживали концепцию единого командования силами белых на Юге России, Краснов согласился прибыть на новую встречу с Деникиным и его штабом. К тому времени Донская армия потерпела поражение под Царицыном, а немецкие войска покинули Область войска Донского.
Встреча состоялась 26 декабря на станции Торговая. На совещании командующий Донской армией генерал Денисов и начальник его штаба генерал Поляков резко выступили против единого командования. Однако войсковой атаман выступил за подчинение Донской армии (при сохранении ее автономии) в оперативном отношении главнокомандующему Вооруженными силами Юга России А. И. Деникину.
К тому времени численность Донской армии достигла своего пика в 76,5 тысячи человек. Но она быстро стала сокращаться из-за эпидемии сыпного тифа и дезертирства. В Верхне-Донском округе в январе 1919 года несколько полков отказались сражаться. Казаки северных станиц расходились по домам, припрятывая оружие. Начались переходы на сторону красных.
Большой войсковой круг на бурном заседании 2 февраля 1919 года потребовал отставки командования Донской армии в лице генералов Денисова и Полякова. В ответ на это войсковой атаман заявил, что это недоверие распространяется и на него, и подал в отставку. Отставка, вопреки его ожиданиям, кругом была принята. Новым войсковым атаманом был избран А. П. Богаевский.
6 февраля генерал от кавалерии Петр Николаевич Краснов, добровольно сложивший с себя атаманство, покинул Новочеркасск и выехал с Дона в Грузию, в портовый Батум (Батуми). К концу года он окольными путями оказался в Эстонии, которая являлась тылами белой армии генерала от инфантерии Н. Н. Юденича.
Краснов, которого часть отечественных историков обвиняет в казачьем сепаратизме, стал одним из главных инициаторов образования так называемого Юго-Восточного союза. Собственно говоря, договор об его образовании был подписан на официальной конференции, проходившей во Владикавказе, еще 20 октября 1917 года. Уже тогда стало ясно, что Россию, месяц назад единое государство, охватила удручающая анархия:
«Как только упал тяжкий пресс самодержавия, все полезло по швам: народы поползли в разные стороны, как катится картошка из развязанного мешка».
Донской атаман летом 1918 года предложил новую конституцию Юго-Восточного Союза. Согласно ей государство на юге рухнувшей Российской империи должно было называться «Доно-Кавказский союз» и состоять из Всевеликого войска Донского, Кубанского и Терского казачьих войск, Союза горцев Северного Кавказа и Дагестана. В красновском проекте о создаваемом «государстве» говорилось следующее: