Союзное командование Антанты уже планировало эвакуацию своих войск с Русского Севера, а лучшую часть русской Северной армии, тысяч десять, перевезти на своих кораблях к Юденичу и Деникину. Миллер же был убежден, что ликвидация Северной области равнозначна измене Белому делу. И что это будет сильным моральным ударом для других белых армий.
Миллер брал всю ответственность за судьбу белой Северной армии на себя. Чтобы прикрыть эвакуацию союзников, он проводит наступательную операцию на Северной Двине, начавшуюся 10 августа. Она увенчалась полным успехом: противник здесь понес полное поражение, потеряв только пленными 3 тысячи человек и всю артиллерию в числе 18 орудий разных калибров. Три канонерки красных получили серьезные повреждения. Потери русско-британских отрядов генерала Садлер-Джексона, внезапно атаковавших неприятеля, составили всего 145 человек убитыми и ранеными. Наступление Красной Армии на Архангельск было приостановлено.
6 августа Миллер вступил в должность главнокомандующего войсками Северного фронта. Начальником его штаба стал генерал М. Ф. Квецинский, прибывший из Англии. Со своими обязанностями он в силу многих лет не справлялся и ситуацией на фронте не владел. Тем временем союзники заканчивали последние приготовления к эвакуации. В 4 часа утра 27 сентября караван их судов начал вытягиваться с архангельского рейда. Вместе с войсками Антанты Северную область покидало от 5 до 6 тысяч беженцев и 1845 русских военнослужащих, большей частью из состава Славяно-британских легионов.
Затем, 12 октября, иностранные экспедиционные войска эвакуировались из Мурманска. Здесь тоже с ними покинуло Отечество немалое число беженцев.
Эвакуацией войск Антанты руководил прибывший по такому случаю из Лондона фельдмаршал Г. С. Роулинсон, командовавший в Первой мировой войне армией. После успешного решения эвакуационных дел он вскоре получил должность командующего британскими войсками в Индии.
Экспедиционные войска Антанты уходили с Русского Севера не без большого урона. Так, общие потери англичан составили 106 офицеров и 877 нижних чинов, в том числе убитыми 41 офицер и 286 нижних чинов. Американцы потеряли только убитыми в боях 109 человек, умершими от ран, болезней и случайных причин – 135 человек.
Покидая Архангельск, союзники старой России по Антанте по-своему распорядились с тем военным имуществом, которое они увезти с собой не могли. Немалое число его, в том числе «лишние» артиллерийские орудия, снаряды и патроны, были уничтожены. Или, говоря иначе, утоплены в водах Северной Двины и Белого моря. Уничтожение таким образом запасов оружия делалось из соображения, чтобы оно не досталось красным.
Миллер и его войска остались без союзников и без всякой материальной помощи. Главнокомандующий стал принимать крайние меры для защиты Архангельска. 1200 человек из числа «большевистских элементов» высылается на Мурман, в Иоканьгу. Городское ополчение доводится до двух тысяч человек. Из штабных офицеров и военных чиновников формируется офицерская рота. В день ухода союзников в Архангельске объявляется осадное положение.
Обстановка на Севере накалялась. 15 сентября на острове Мудьюг произошло восстание заключенных, воспользовавшихся малочисленностью охраны. При подавлении его было убито 11 человек, 13 – расстреляны по приговору военного суда. Бежало 53 человека, большинство из которых вновь арестовали. Лишь небольшой группе мудьюгских узников удалось добраться до расположения красных войск на Пинеге.
На Пинеге произошло восстание в 8-м Северном стрелковом полку. Жертвами восставших солдат оказались несколько офицеров, часть которых, оказавшись в безвыходном положении, покончила с собой, взорвав себя ручными гранатами. Восстание в полку было сурово подавлено верхне-пинежскими белыми партизанами-крестьянами.
В конце сентября красные войска начали наступление на Двинском рубеже. Чтобы переломить ход событий, Миллер назначает командующим Северной армией генерал-майора И. А. Данилова. Тому удается в октябре на железнодорожном участке Северного фронта (на вологодском направлении) провести ряд удачных операций в районах Мезени, Печоры и Пинеги. Но это был лишь временный успех. Начавшаяся снежная зима с ее морозами на время приостановила активные боевые действия.
О той последней наступательной операции белой Северной армии в конце 1919 года генерал-лейтенант Е.-Л. К. Миллер писал в апреле 1926 года в Париже следующее:
«…Северная область не запятнала себя дезертирством, изменой святому делу борьбы за освобождение России; она нашла в себе силы молчанием ответить на соблазнительные, шкурные зазывания английского командования. Слабые духом под разными предлогами уехали, а оставшиеся сомкнули ряды и в энергичном наступлении нашли выход своим сомнениям.