Между тем в Польше, после смерти короля Сигизмунда-Августа, прекратилась династия Ягайла, и сейм установил за собой право на избрание королей. На том же сейме было сделано постановление о полной свободе вероисповедания в государстве. После этого в Польше появились в большом количестве иезуиты для борьбы с протестантством и другими вероучениями, распространявшимися в то время повсюду. В конце XVI столетия иезуиты появились в столице Литвы Вильне, затем, при короле Стефане Батории, в старом Полоцке и, наконец, проникли в южную Русь. Они занялись воспитанием юношества, и король поддерживал их в этом, сознавая недостаточность просвещения в Речи Посполитой. Заводя всюду школы, иезуиты не брали за учение денег, довольствуясь разными приношениями и подарками родителей. Стремясь сравняться в образовании с поляками, литовские и русские шляхтичи и аристократы отдавали детей в иезуитские школы, так как своих не было ни в Литве, ни в Руси. Вообще при столкновении с образованными людьми в Польше и в особенности в Западной Европе, литовцы и русские увидали и почувствовали всю темноту и невежество своей родной страны. Как протестантскому, так и католическому духовенству нетрудно было соперничать с православным, которое, помимо полного невежества, начало утрачивать в то время и прежнюю строгость нравов. Подражание внешней роскоши в жизни польских панов проникло не только в русскую и литовскую шляхетскую среду, но также и в среду православного духовенства. Полный произвол по отношению к массе трудящегося народонаселения и продажность в получении светских и духовных должностей процветали повсюду. А иезуиты пользовались всем этим и с успехом распространяли католичество. Мало-помалу большинство русской и литовской знати отпало от православной церкви, и незаметно создалось понятие о православной вере как о холопской, соединенной с темнотой, невежеством и убогой жизнью.
Вначале иезуиты действовали очень осторожно, вполне сохраняя внешнее уважение к догматам греческой церкви и внушая только мысль о соединении ее с римской, под властью единого главы — папы, без нарушения этих догматов. Мысль эта не противоречила учению православной церкви, постоянно молящейся о соединении всех церквей. Многие разделяли эту мысль, как, например, князь Константин Острожский, который часто беседовал о соединении церквей с иезуитами.
Православному духовенству иезуиты рисовали картины уважения и почета, каким оно будет пользоваться наравне с католическим духовенством. Они указывали на несообразность подчинения православной церкви константинопольскому патриарху, рабу турецкого султана, так как Константинополь был в то время уже во власти турок. Но Стефан Баторий, сохраняя хорошие отношения с иезуитами, не поощрял их стараний ввести унию, он говорил так: «Мы хвалим Бога, что, прибывши в Польское королевство, нашли русский народ великий и могучий в согласии с народами польским и литовским. У них один промысел, одно равенство, они уважают друг друга. Между ними нет зачатков вражды. В римских костелах и греко-русских церквах отправляется богослужение равно спокойно и беспрепятственно. Мы радуемся этому согласию и не считаем нужным принуждать к соединению с римской церковью русскую церковь. Мы не знаем, что из этого может выйти и что вырастет впоследствии, но думаем и предвидим, что, вместо единства и согласия, водворим раздор и вражду между Польшей и Русью и поведем их обеих к беспрерывным несчастиям, упадку и окончательной гибели».
